90 計算条件の検討と計算
80 数理生物学入門・７章担当（１０月１日）
80 セミナー・研究経過報告予定（１０月８日）
70 モデルについてアウトラインをかき始める
70 イントロダクションについてアウトラインをかき始める
60 第21回個体群生態学会シンポジウム 10月24日（金）〜26日（日）
20 『ECOLOGICAL MODELLING 3rd ed.』
20 『Ecological Niches』
10 Benard流を組み込んだモデルの設計と評価
10 地形の複雑性についての検討
− プリントサーバの構築
本日で９月も終了。
あまり進捗がなかったように思うが、うーむ堂々巡りだ。
早起きして蔵王へ。
計算詰まりを吹っ切るのと生活サイクル強制修正を兼ねて６時におきてそのまま青根→蔵王→青根と往復。いつもどおり山形へ抜けて回ってこようかと思ったのだが、頂上付近はひたすら寒くさらに霧。根負けして頂上で折り返してきた道をそのまま引き返す。帰路途中、西道路にて北海道のときのシフトペダルが紛失。１０時ごろ帰宅。
昼頃バイク屋へよって、交換用のペダルを注文(通算４本目)。ボルトを固定してとりあえずまた応急処置。またも出費で痛い。
計算結果
二次元にすると途端に結果が悪くなる。拡散性の問題か？
発表構成のアウトラインなど。
結果が出ていないとはいえ何もしないのでは話にならないので、思いつくまま紙に書き出してみる。割合に時間を喰ったが、後は資料探しと…結果だけ。
午後過ぎに起床
どうにもキリが悪いので自宅で作業するかと思っていると、クマキ氏より「さっさとマシンの入れ替えしてしまえボケ」という旨の脅迫状が。研究室にて夕刻より二台ほど入れ替え。夕飯を挟んで完了。
計算結果
やはりミジンコ単体だと影響力が低いのだろうか。藻類は今のところ1,2種しか残らない。で、しょうがないので前のモデルを引っ張り出してきて空隙率を変えつつ二次元で計算中。占部さん帰国まで後二日。間に合うのか。
また徹夜で作業とか。
いい加減生活リズム目茶目茶なので止めようと思いつつ。
で、もうどうにも疲れたのと呼び出し食らったので、入れ替え予定のマシンは放置して帰宅→街へ。
計算結果。
微妙な結果が続いている。ざっとデータを眺めるに、ミジンコに食われていない藻類が多すぎるのが原因っぽい。そいつらが他の連中をみんな駆逐しているカンジ。ミジンコを滅びず満たずな状態においてなおかつ塊のままバラけない状況を作ればよさげ。ということでまたまた初期条件を弄って計算開始。
openGLのススメ。
セルラ・オートマトン系(というか格子モデル系)によくありがちな、いる/いないで塗り分けた模様になっている領域図（たとえば九州大佐々木さんの例）を作りたい場合にどうするか。
必要なのは時間経過なのだが、何より上記の例などを一見するだけでもカッコいいじゃない、ての主な動機。
既存のツールでぽいぽいと出来ないものかと考えて、実際にそういう図を良く使っているタケウチ君＠オランダ在住にメールで質問してみる。彼の返答に曰く、openGL製の専用作図装置で出力しているとのこと。この際だから、学会明けに手を出してみようか(といってるとやらないような気が…）。
計算結果。
初期条件に対する感受性がえらく強い。まあそれはさておき、とりあえずよさげなデータを手探りで探している。微妙な不毛感が辛いところ。
救いなのはこれまでの計算に較べて遥かに計算量が減っているので、それなりの格子数の領域計算でも割と短時間で決着がつくことか。以前のものは100×100格子で10,000日なんてやろうものなら終わるのは数週間後かという感じだったけれど、同じ条件の計算が高々2日くらいでできそうな勢いである。ということは早めに条件を徐々に変えつつ流し打ちで総取りのスクリプトを書いたほうがよさげ。
徹夜でコーディング。
朝方寝て起きたら昼過ぎてたので徹夜とは言わないか。昨日のアイデアの奴。基本構成イメージは固まったので後は手を動かして走るところまでをいかに速く持って行くかが勝負だ。９月も残すところ後４日、厳しくなってきた。
とはいえ今作っているモデルのほうがシンプルで面白いのでモチベーションは高め。
午後から夕刻まで雑用
たまっていたメールの返答を片付けたり、その他私用を済ませる。その後はコーディングの続き。
空隙率の結果のほうは妥当だけどやや面白みにかけるのがぼちぼち。救いといえばミジンコのパッチサイズに対しているところ/いないところの比率だけが効いている訳ではなくて、パッチ自体の大きさもかなり重要になってきそうな感じがちらほら見え隠れというところ。
新アイデアのほうで任意の率でランダムに空隙を作るモジュールを作るから、それを流用して二次元拡張してやると面白くなるかなあ？ そもそも新アイデアで面白い結果が出たら廃棄でも良いか。
新モデル完成
現在日付が変わって２時過ぎ。まああらかた完成して後は計算条件周りの整備だけ。
今度のモデルは格子あたりの栄養塩供給量に注意が必要で、今までのデータが一格子の容量を1litterで固定していたのだが、新モデルではミジンコ一匹がぎりぎり存在する程度の容量なので、これまでと同じままだと過剰供給なのは明らか。とりあえずは格子あたりの供給量で記述しているが、per litter換算をするほうがreasonableではある。
午前中お仕事、午後研究、夕刻輪読会。
今週で輪読会の本が終了、来週は次の本選び。
計算結果
至極真っ当な結果が出ているのだが、あまり面白みがないのと過程に若干無理があるのがなんとも。
午前中そんなことをうだうだと考えながら歩いている(のが仕事…)ときに、面白そうなアイデアを思いつく。格子あたりのミジンコが一個体という如何にもIBMっぽいのを思いつく。これなら空隙がどうのとかそういうのを気にする必要があまりない。よりマイクロスケールな問題になるが、モデル系としてはLehman and Scavia(1982),Science(216),pp729-730.のレポートに近くなるはず。結果がどうなるかは今のところちょっと分からない。
何よりタイムリミットまで一ヶ月をきり、締切りまであと一週間無い状況で新しいアイデアを思いつくのがなんともはや。
ギルティギアの新作が発表されてたらしい。
なんか前作より胸が大きくなってるよーな気が。…いやいやいや、まさかね。まあ持ちキャラであるところの羽の人は健在のようなので安心。
新キャラは不明だが新システムとして乱戦なるいろいろとヤバゲなのが追加。協力次第では瞬殺やら無限段やら色々できそうで、どうなることやら。 組む相手がいないと袋叩きにされそう。とはいえ近頃はゲーセンに行く時間も(お金も)ほとんどない。
午前中セミナー。
ゴトウ君が研究経過報告、プロジェクトできっちりと動く研究室スタイルにのっとった報告。カワタ研では見られないし事実他の面々はやや訝しげな顔をしているように見えたが、こういう進め方は確実に成果が溜まっていく堅実なアプローチだと思う。研究室として確立した系を持って無いとできない方法ではある。
ヤマモト君が論文紹介、いろいろと突っ込みどころの多い論文だった。
午後、数理生物セミナーが休み。
私用で町に出た後、計算条件を変えて様子を見たり打ち合わせと発表のための構成を考えつつ資料集め。
計算状況
15x1の空間で上端一格子のみミジンコが存在しないときの結果。一次元計算用にプログラムを書き換えたほうが良いような気もするが当面はお預け(などと云ってるとまず最後までやらないわけだが)。まずはこのままミジンコのパッチサイズと藻類の共存種数の関係を出してみる。
計算結果
間抜けな関数の入れ間違いで午後いっぱい時間を浪費。さておき、藻類多種共存のための条件は相当極端な条件で、拡散性かなり低めで空隙率かなり低め。でも拡散性なしだったり空隙なしだと共存種は激減(=1or2種)になる。
裏返して、ミジンコの個体群がpatchyだと藻類は多種共存できないもんねという趣旨にする…か？
数理生物セミナー延期
欠席者多数のため来週（１０／１）に延期。１０月に入ったら占部さんとカワタ先生とで話をしないといけないが、まあ何とかなるだろう。
数理生物７章レジメ作成。
やたら簡素な割に時間ばっかり掛かっている始末。
計算結果
計算中。ようやくそれっぽい結果は出始める。「ミジンコがパッチ状に」ではなく「ミジンコのいないところ(空隙)がパッチ状に」なっていると結構な種数が残る。ミジンコがいないところではひたすら増殖できるので、ミジンコがいるところが空間的に少ないときには種数が減るということか。
自宅の本を整理、処分。
133冊ほど古本屋に持っていって一万円弱。買い叩かれたなあ(聞くと、こういうものらしい)。それでも部屋にある本のうちの１／３が捌けた程度。
『マルドゥック･スクランブル(2)(3)』読了。
２巻中盤から３巻中盤までがカジノギャンブル編となっており、各種のギャンブルを通じてヒロインの成長が描かれるのだが、この成長が急激かつ圧倒的で実に面白い。ゲームを介した人間同士の心理戦の描写が非常にわくわくする。
ヒロインは基本的に所謂ダークヒーローのはずなのだが、描写の端々が可愛らしくてそこもまた良い。
計算結果を眺めたり、モデルの改造案を考えたり。
午前中から午後過ぎまで読書。夕刻文献を読み返したり。
計算結果。
ミジンコがstaticでpatchyだと短期的にはそれなりな結果が出る（＝5000日過ぎても何種か残っていたりする)。もともとは自己創発的にミジンコのパッチ構造ができて…というカンジだとかっこよいかなと思ってはじめたわけだがどうも難しいようだ。
午前中お仕事、午後研究、夕刻輪読会。
いよいよ通常業務なかんじ。いそがしー。
午前中セミナー、午後勉強会。
合間に数理生物学7章の演習問題を解き終えたので清書。
計算結果
駄目。空間構造を導入したときの常として、局所的な振動は緩和されてしまうために系全体で最適な比率の種が勝ちやすくなってしまうというオチに。
数理生物続き。
とりあえず７章の演習問題の答案だけ作成。
Amazonより本。
『Ecological Stoichiometry』(Sterner and Elser), Prinstopn 2002.と、『サイエンティストゲーム』(カール・J・シンダーマン)。ま、ぼちぼちと。
「日本語ボキャブラクイズ」。
計算待ちに最近ハマっている。正答数が6〜7を超えることがほとんどなくて悲しいが、非常に勉強になる。
昼までいろいろと。午後過ぎに研究室。
本当は晴れていた快晴だった早朝から午前中にかけて山にでも行くかと考えていたのだが、寝坊して挫折。意志弱すぎ。
夕方まで数理生物を眺めたり。夕食後研究室の後輩から研究についての相談。
自分のことを棚に上げておいて偉そうな事を喋るのは実に心苦しいものだ。自分の修論のときのようなことにならないことを切に祈ってます、と。
夜、数理生物の解読の続き。
なかなかスパッとすぐさま終わるものでもない。しかし、数日中に何とかしないと研究のほうに響く。急いで片付けよう。
計算結果のほうは案の定といったところ。
もう少し極端な条件下で計算させてみて、それで駄目ならあきらめてミジンコを固定させたほうのモデルを進める。時間的な余裕ももうあまりない。
SCOからの公開書簡とそれに対するESRとPerensの返答、Linusの返答なんてのが載っている。
虫の息といった感のあるSCOの最後の足掻きといったところなんだろうか。もともと自分の方の物を見せないで「お前のはパクリだ」といわれたって怒るしかないだろう。ESRにしてもLinusにしてもけちょんけちょんな返答だ。役に立ったかというアンケートが支持投票みたいな様相を呈しているのも面白い。
早起きして読書。午前中第21回個体群シンポジウム、ポスター発表要旨を送る。
相変わらず滑り込み。10月はじめにでも一度打ち合わせを設けるという話をしつつ、カワタ先生からの手直しはなくそのままメールにて送信。あとは学会の年会費だが先立つものが無いので如何ともし難い。
『マルドゥック･スクランブル(1)』(冲方丁)読了。
少女とネズミの交流が次第に良い雰囲気になって行くのが愉しい。後半のアクションもスピード感あふれていて良い。次巻以降が楽しみ。
『ストーム・ブリング・ワールド(1)』(冲方丁)読了。
この作者の本は上記マルドゥックと『ピルグリム･イエーガー』の原作ということしか知らないのだが、がりがりにシリアス物を書くよりもこういうライトな描写が大目の方が好み。カルドセプトの世界観やゲームシステムをうまく取り込んでいて、ゲームのファンとしてはうまい使い方をしている部分(通行料やクリーチャーの配置など)もうれしくなってしまう。とはいえストーリー自体はゲームとは独立していて世界観だけを借りた形になっているのも良い。久しぶりにゲームのほうをやりたくなってしまった。
どちらも続きが気になるので早速注文。『ストーム・ブリング・ワールド』のほうは次で第一部完とあるが、第二部の予定とかあるんだろうか。(追記：喜ばしいことに作者のサイトに新展開決定とある。)
昨日の計算結果。
初期条件の影響が少なくなった時点からある程度の期間の結果が取れれば十分なのだが、空間なしでも超長期(10000日超)計算だと時間が掛かる。
栄養条件が極めて富栄養なとき(つまり、振動の上下幅がやたらに大きいとき)には、空間がなくても数種から二種(または一種)に落ちるまでに長い時間がかかる。これは藻類のバイオマスが極端に低下した時点で仕切りなおしになるようなものだから、ある意味反則ではある。さて、これに空間構造を加えるとどうなるか？
もう一件、ミジンコが移動せず空間的にいるところ･いないところをあらかじめ作ってやる案を試してみるのが良いかもしれない。
いろいろと雑用な日。
私用を済ませて午後遅くに研究室。珍しく皆出払っており人影も疎ら。雑用だけ片付けて、思いついたアイデアを計算だけ仕掛けて夕刻帰宅。
午前中、リアブレーキのディスク交換。
スタンドのボルト留めと合わせて７４００円。ブレーキディスク代が５４００、工賃２１００、ボルト代は負けてくれた。けど出費には違いない。
リアブレーキは目一杯踏んでもロックしないので結構怖い。新品だからだろうか？ 暫く使い込んでみるまで様子見。フロントカウルのほうは交換となると結構掛かりそうな雰囲気、問題ないのではないかという話でとりあえずそのままにしておく。のだが、低速時の共振は結構気になる。
午後読書。『第六大陸(2)』(小川一水)読了。
完結編。SF版プロジェクトＸと言おうか。様々な人々が幾多の障害に立場を越えて向かう姿は熱い。最後のマスドライバーのくだりは、付加的にプラスに作用する要因が増えて、これからも増えつつある描写だと思うが、、個人的にはあくまで地球の人々が自力だけでやり遂げる内容でも良かったような気もする。ここいらは好みの分かれるところか？ そもそもの建設目的とされていた「友達探し」として、内側で完結しないためにもう一押し欲しかったのだろう。
あえて難を言えば、主人公の指摘によるヒロインの葛藤と父親との和解に至る過程が随分とあっさりしている点。指摘された直後にヒロインが倒れてしまい、次に目を覚ましたときには憑物が落ちたように読める描写は、ほんとに月面に結婚式場作るほどの原動力だったの？と言いたくなる。もっとも指摘され自覚したこと自体が解決である、と言うことなのかもしれないが。この部分にはもう少し紙面を割いて欲しかったように思う。
人間関係から技術･経済･政治面に至るまでうまく行き過ぎの感さえあるほどハッピーな大団円で、それは心地よい。
要旨案についての返答の催促。
17日からシンポジウムがあったり10月に入るとアメリカに行ったりと何かと出張に事欠かず、だいぶやつれた上に挙動がなにやら悲壮感を帯び始めているような気がするところ、まことにすいません。
それでも好きなもの(サッカー)は譲らないあたりに漢気を感じつつ、カワタ先生にどうなりましたかとお伺い。まだ読んでないが締め切りまでには返すとのこと。
午前中読書、午後研究室の大掃除など。
午後過ぎに学部学生のときの同期だったヤマダが来る。懐かしい顔であった。近況を話したりなど。
なんやかんやとあって集中できず。
数理生物入門の７章に目を通す。一応は自分の専門の研究分野であるから目立って困る部分はない。とはいえ個別の式の導き方なんかは丁寧に読まないとまだなんともいえない。
午前中寝坊にて10時過ぎ起床。午後過ぎまで読書。
注文しておいたリアブレーキディスク入荷したとの連絡あり。５千円くらいとのこと。スタンドのボルトは在庫なしで時間がかかるとのこと。土曜日にでも行こうかと思う。
個体群学会より入会用の会費初年度分の請求と振込用紙が届く。
10月に入るまで来ないかと高を括っていたのだが。上の部品代工賃と合わせて1万円くらい。
夕刻輪読会。
昨日の宿題。
占部さんより『Resource Competition and Community Structure』,Timan(1982),PRINSTON. をお借りする。さすがにもとの本には非常に詳しく解説が載っている。各初期供給点からの軌道が書かれた図(pp.78-80, Figure.25, 26)も載っている。昨日の説明できなかった主要因は、供給ベクトルと消費ベクトルのバランスについての失念と、ゼロ等値線(ZNGI)付近でのバイオマス減少による消費ベクトルのスカラ量の減少に対する理解不足。
各消費者の消費ベクトル上を始点とするときの挙動に若干疑問が残るので、この件はもう少し継続しておべんきょ。
進捗状況の報告
併せて、ここまでの結果状況の報告と新しいアイデア(かなり苦し紛れの奴)について相談してみる。あーそうというリアクションであまり芳しくない。悲観しても仕方がないので、占部さんがノルウェー（だっけ？）から戻ってくる９月末までに結果を纏めるスケジュールで動くように進行。
午前中セミナー、研究計画発表(ツダ君)。
目的と方法までは分かるとして、目標(具体的にどんな結果を目指すか？)・意義(何が分かるのか？)・新規性(これまでの研究との違い･オリジナリティ)の見通しの悪い発表だと感じていたら再度発表しなおしを食らってしまった。南無。自分もやりがちなので注意しないと。
昼頃にかけて個体群シンポのよう試案を書いてミカミ氏に校閲してもらった後、河田先生に目を通すようお願いする。午後勉強会、後、町に私用。
ようやく通常タスクワークに復帰という感じ。
セミナーと勉強会のそれぞれで当番が当たったのでメモ。
深夜、Tilman(1982)の二種の資源競争についての消費ベクトルモデルについて、それぞれの領域から始めた軌跡はどのようになるのかという質問をされる。
うまく答えられなかったので宿題。
enqueue TODO stack：
＋ セミナー・研究経過報告予定（１０月８日）
＋ 数理生物学入門・７章担当（９月２４日）
午前中読書。
『第六大陸(1)』(小川一水)読了。極限状況でのプロフェッショナルの仕事を書かせるとこの人の右に出るものはいない。今回は土木業、月での建設事業がテーマ。当初ヒロインが幼すぎるのではないのかとも思ったが、この部分の処理にはなるほど巧いことを考えるものだと感心した。熱い情熱を持った各分野ののプロたちがヒロインのエゴに引っ張られながら一つのものを成し遂げていく、と書くと身も蓋も無いが、読んでいて実にスリリング、かつスピーディな展開であっという間に読みきってしまった。全二巻予定ですでに八月中に完結巻も出ている様子。実に楽しみだ。
午後過ぎまで、昨日より続きのRBLの残務処理。
必要なRBLに削除申請を出したり、上位管理者の田嶋さんと河田先生に報告メールを書いたりとかで夕方前まで掛かる。ウイルスと不正中継の因果関係は不明で、正直非常に気持ち悪い。ウイルスの所為なのか偶然重なったからなのか分からないので、暫く定点監視継続。
昨日、河田先生に尋ねられたメールアドレスの表示方法についての返答メール。
下記のサイトを紹介しただけ。自分では＠だけを実態参照に置き換えているが、最近はmailto:部分を含めてメールアドレスの文字全部を変換するスクリプトもある。
午前中から夕方まで、ウイルス(MS_BLAST.A)に感染していたマシンの処置やその対応などに追われる。
北海道に行っている間に感染した模様。さらに同じマシンがDSBLにリストされており、上位の管理者である田嶋さんとメールのやり取りで助けていただきつつ、そちらの対応で夕方まで掛かる。やれやれ、疲れた。こういうトラブルが何件か続くとほんとに研究に手がつかない。
10時過ぎ仙台港着、11時ごろ自宅着。
大量のメールを処理した後、午後よりバイク屋へ。
フロントカウル周りを点検、チェーンオイル購入、リアブレーキパッドとスタンドのボルト(ひとつ外れていたらしい)を注文。後でオイルを注すときに見ると、カウル周りのネジが少し緩いままになっていた。次回、店を覗いたときにでも言っておくことにしよう。
チェーンオイルを注油したあと少しぶらぶらと走らせて見る。音はあまり変わったような気がしない。相変わらず擦過音が生じるエンジン回転域がある(ような気がする)が、クラッチを切ると音がしなくなるので別問題かもしれない。注油によって乗り味自体はかなり丸くなった。自分としてはもう少しシャープな方が好きなのだが、これはバイクには良くないのかもしれない。
北海道、島牧村山中にてヒメマイマイの角張り形質についてのフィールド調査(サンプリング)のお手伝い。
高速道路、中距離一般道、ダート、雨、霧とフルコースのバイク旅行となった。転倒も一回し、SVお約束のシフトペダル折れ。親切な自動車修理工場の方々に助けていただいた、非常に感謝。
一日目(９月３日)
午前１１時に苫小牧港着後、駅前で河田先生と合流し高速道路(苫小牧西〜長万部)などを使い調査地の島牧まで移動。途中有珠山SAで昼食、鰊うどん５９０円。その後時間があるので、ユースに荷物をおいた後で丸型形質のものをサンプリング。
二日目(９月４日)
朝７時にユース発、角張り形質のマイマイのサンプリングを行った後、丸型と角張り型の交雑帯にあたる川を上流に向けて調査。川渡り、藪漕ぎなど結構キツイ内容。
三日目(９月５日)
朝７時にユース発、交雑帯の山中を調査、藪漕ぎ。前日川で滑って何度も転けた所為で膝が上がらず苦戦し疲労もピークに。午後過ぎに千葉さんと合流、さらに藪漕ぎ。
疲労に併せて細かい砂利道の上り下りの連続で転倒し、シフトペダルが折れてしまった。自身に怪我は無し。調査から離脱し、応急処置だけでも講じるために下山。ユース向かいのガソリンスタンドのおばちゃんに自動車修理工場があることを教えてもらい、そちらへ向かう。修理工場の人たちに事情を説明したところ、シフトペダルの折れた部分のゴムとボルト、ワッシャ、ナットで修理をしてくださった。心から感謝。非常にしっかりとしたものを作って下さり、ギアのシフト感も非常に良い。問題が出ない限り、このまま使い続けようと思う。
四日目(９月６日)
朝八時にユース発、苫小牧に向けて一般道で帰ることに。走り始めの海沿いで細かいい雨に降られ、そのまま山道に入ってきりに見舞われる。
正午頃に苫小牧着。時間が大分あるのでそのまま支笏湖に足を伸ばす。遅めの昼食、ジンギスカン定食１２００円。研究室への土産など買ってのんびりと散歩など。夕刻苫小牧港18時乗船、19時発。
本日夕刻より北海道。
7日午前中まで仙台にいません。
本日より九月。
今月は北海道に行ったり用紙の締め切りがあったりと色々ある。
午前中私用。
個体群シンポジウムの振込みやらなにやらと。
計算結果など。
結果を見る限りでは、やはり最大４種でさえ達成されるのは非常に困難という感じ。困った。
