90　進捗レポート提出(6/2まで)
--　状況報告(6/3)
80　ZP-IBMモデル案の検討と整理(6/6まで)
60　陸水学会申し込み
40　Benard流を組み込んだモデルの設計と評価
40　sink→resourceモデルについて調べ物と検討。
30　ECOLOGICAL MODELLING 3rd ed. 適当にサマライズ。
？　プリントサーバの構築

　午前中お仕事、午後私用の後お仕事。

　徹夜明けのまま仕事をしたせいで論文を読みながら寝てしまいそうだ。今日は止めにする。明日は台風のせいで雨らしいから、一日閉じこもって積み本と論文の消化に明け暮れることにしよう。

　忘れないようにやることと予定をメモ。週明け火曜日に研究の経過報告。よって月曜日までにレポートを出しておく必要がある。加えて来週中にモデルのアイデアを持って行くのがタイミング的にもベターだろう。次にZP-IBMモデルが軌道に乗った時点で年次計画と博士課程の研究計画をまとめて提出。やることは山ほどある。

TODO stack：
＋　進捗レポート提出(6/2まで)
＋　状況報告(6/3)
＋　ZP-IBMモデル案の検討と整理(6/6まで)
＋　年次計画と博士課程の研究計画の作成

　午前中寝坊、夕刻輪読回。
　午後は計算機のトラブル対応とか論文読んだりとか。雑用多いなあ。
質問を受けて数値計算の際の乱数の取り扱いについて議論。精度を目指す方法と速度を目指す方法について一般的な手法をきちんと答えられなかった。勉強したはずなんだけど再勉強が必要か。

　ひたすら論文読み。そのわりに消化数が少ない。
Lehman and Scavia(1982), Science(216), pp729-730を読む。培養系では攪拌があまりないときには動物の周りに排出した栄養塩隗ができ、そのパッチにぶつかった藻類が取り込むことができる。つまり栄養塩に関して空間的にheterogeneityができてこれがマイクロスケールでの藻類の競争と共存に影響する可能性があるという話。今進めているモデルのストーリー構成の上では柱のトピックになりそうだ。

　午前中セミナー。午後勉強会。

　夕刻からも雑用。件のWindowsマシンは問題が解決してしまった。よって交換案は却下。
共用端末の置き換えをアナウンスしておかないと。

　午前中お仕事。五月いっぱいで火曜日の分は終了、残りは秋から。
午後授業の聴講。わずかに新しいトピックもあったものの基本的にはこれまで聞いてきたものとあまり変わらない。しかし基本に帰るという意味では良いかもしれない。

　夕刻より用意した資料を使って研究のモデル案について打ち合わせ。きわめて有意義な内容であった。概略としては第一案について詰めて第二案については当座保留という形。
　忘れないうちに大雑把にメモ。

・ZPについて移動速度と要求N/P(=成長)に制約(トレードオフ)を設けるべきである。Kondoh.M.,(2001),P.Royal.Soc,pp269-271が参考になるかもしれない。

・ZPのステージ構造についての検討が必要。最初はステージなしでやって、その後で幼生と成体とか段階分けした方が良い。

・ZP-PPの種数の関係性をとるときにZPが複数種になったときの組み合わせ形質によるサンプリングエフェクトが問題になるかもしれない。サンプリングエフェクトとそれ以外の効果を分離する上ではLoreau M. and Hector A.,(2001),Nature(412),pp72-76が参考になるかもしれない。（組み合わせたときの最大PP種数）／（ZP一種のときの最大PP種数の平均）の値の比較で評価するとサンプリングエフェクトがキャンセルできて良いかもしれない。

・格子空間とZP個体の移動を加味したモデルで、ZP一種のとき共存可能な最大のPP種数について、物質拡散速度と移動性ZPのN/P要求比率の影響性を調べる。これを第一段階とする。ここで得られた結果を以降のコントロールとして用いる。

・第一段階で得られた結果を元に以降の詳細なプランニングを行う。

　モデルのアイデアが纏まった時点で再度打ち合わせの予定、期限未定。陸水学会の申し込み期限までには何とかしたい。明日からも忙しくなりそうだ。次回打ち合わせまでにやることは、

１．各要素に用いる基本式の決定。特にZPは移動やトレードオフのためにできるだけ簡略化する。
２．トレードオフに関するまとめ。何に対して掛けるか、どのように掛けるか、理論的に整合性がとれているか、など。 ３．実験に用いるPPとZPの形質セットについての検討。特にPPについては最強の一種でおしまいとなっては面白くも何ともないのでそこらを何とかする。

　午前中都立大のひとたちとの合同セミナー。午後実習の手伝い(最終)。整理した結果と考察の発表。学生の数が多いのでそれなりに面白い考えもちらほら見かけて感心する。が、さすがに９班でほぼ同じ内容なので最後の方は些かつらかった。

　夕刻より雑用と資料の細かい手直し。先日のWindowsマシンの問題はまだ解決しない。ほったらかしにしておいたところ某氏が隣で頑張ってくれている。計算機の一番へたれなマシンと交換してみる案を打診したところＯＫが出たので交換の予定。計算機がわずかでも速いのと置き換わるのは個人的にはありがたい。

　夕刻より昨日の資料の手直し。寝ぼけたまま資料を作ると粗ばかり目立つ。もう一日あるし細かいところについて補足と修正は可能だろう。

　今日はお休みにしてアウトロースターを見ながらだらだらと過ごす。無茶苦茶だけど今見ても面白い。

　又聞きを半年振りに更新。

　午前中お仕事、午後そのまま流れで色々と。夕刻より研究室。

　他の研究に使われていた計算機を学生用の共用端末に流用するためにOSの再インストール。日付頃まで掛かってグラフィックのドライバがうまくインストールできないまま頓挫。原因が良くわからない。ドライバのCDを使ってダメなので最初から入れなおすべきか。

　夜明けまで掛かって研究計画案を書き起こす。個体ベース化案と湖の形と大きさの案は簡単にアウトラインを作成。たいした量でもないのに時間ばかり掛かる。打ち合わせの資料としては甚だ貧相である。
資料は打ち合わせの後、作業開始後にでも置いておくことにします。

　午前中お仕事、なのだがよりにもよって大幅遅刻してしまう。気が緩んでいる証拠である。昨日の反省は何ら意味をなさなかったものと見える。叱責どころか心配されてしまったのが逆に申し訳ないやら恥ずかしいやら。

　教官より現在の研究についてアドバイスを受けに行くよう指令、火曜日夕刻よりのアポイントをとりにいく。簡単な話だけしたところ、個体ベース化のアイデアは好感触だったと思う。流れのモデルの方に関しては最初からあまり複雑な事をしすぎてもいいことはないとやんわりといわれたような気がする。セストンについてモデルを解析的に云々という話を聞いてくる。直感的に分かるんだけどという話だったのに考え込まないとわからなかったのが悔しい。
帰り際に流れ関係の論文（Limnol.Oceanogr.,48(3),2003,971-982;983-994）を紹介される。同じチームによる論文で湖における水平の物理輸送を扱った研究で、著者はもともとそっち方面の専門とのことらしい。いつも思うことながら、プロの物理屋さんにこの種の研究をされるとキビシイ。目を通しておくことにする。

　上のような理由で、最優先で火曜日までにいま思いついている研究計画案をあるだけ全部まとめて文書化する必要が出てきた。大まかに分けて４案、うち即時実現可能性の高いのが１(IBM化)、勉強しだいなのが１(湖形とサイズの効果)、見通し不明が２(垂直構造案と吹き溜まりモデル)。結構大変だがようやくアップトリムというカンジで気分は悪くない。

　昨日の個体ベース化について勘案の続き。
動物プランクトンを個体ベースに置いて、個別の種類のZP(cope,daphなど)が格子を好き勝手に排泄しながら動き回るモデルを考えている。それによって局所的な栄養条件が異なりPP/ZPについての多種共存系ができるかもしれない。
　同じ構成の生物群を無次元のモデルで計算させれば制限となる資源が２種なので極端な戦略を持つ2PP(もしくは最適な1PP)と最適な1ZPになることが予想されるわけで、空間構造の有無についての比較から多種共存の可能性を示唆してみるのは面白いアイデアではないかと思う。

TODO stack：
＋　研究計画案の資料作成

　午前中寝坊、午後からセミナー、夕刻より輪読回。セミナーに遅刻、要反省。
輪読会の後研究室のサブプリンタを買いにヨドバシへ。3万ちょっとの物であるが速くて静かである。プリントサーバを立てることになっているのだが時間がない。６月には何とかしたい。

　研究がほとんど進んでいない。やるべきことは山ほどありモチベーションもけして低いとは思わない。ただ速さが足りない。
先日より引き続きで生態学会のときのアイデアを羅列。修士のときのモデルのうちZPに関する部分を個体ベースにできないかどうか検討中。それらしいキーワードで文献を検索してみるのだが何も掛からない。面白そうなテーマだと思うのだが誰もそれらしいことをやっていないのだろうか。本気で検討してみる価値はあるかもしれない。

TODO stack：
＋　プリントサーバの構築

　午前中寝坊。午後勉強会。

　前回の打ち合わせのとき、地形の複雑性やサイズの効果について考えてはどうかというアイデアが出ていたのを記録し忘れていた。計算するときに用いる領域のフラクタル性（？）で議論できるのだろうか。要勉強である。
　それとは別に資源のheterogeneityを扱うモデルとして、生態学会のときのアドバイスを元にモデル化してみようかと考える。アイデアをきちんと纏めておく事にする。実装はさほど手間ではないだろう。3月の終わりのアイデアを実際に行動に起こすまでここまで掛かってしまった。

　午前中お仕事、のはずがお休みに。丁度良いので溜まっていた雑用をこなす。

　軽く出掛けようと二口まで。少し休憩していると意外に車がくる。二口峠が通れない事を知らない人が多いということだろうか。
そのままなんとなく蔵王に行ってしまう。こういうときだけ決断と行動がすばやいのもどうかと思う。山形１３号経由関山峠で帰宅。蔵王の雪の壁というのを見られたのでよしとする。
西道路→本砂金→二口→本砂金→青根→蔵王→山形１３号→笹谷峠→本砂金→湯元→折立→駅前。216km/4h。

　日曜日は一日倒れていた。夕刻再起動するも体調が上がらず本などを読む。気づかないうちに相当疲労が蓄積していたのだろうか。適度に休息を入れた方が結局トータルの仕事量は上回るかもしれない。

　夕刻より簡単な打ち合わせ。結果の方については｢それで？｣というレベルなので言及なし。目的について、工学的な方向に話を持っていくには現実味を欠いていると言われる。うーむ。教官の言うことも理解できるので、前回書いたの目的部分をまずは生態学的な方向に少し軌道修正。まずは。いずれ見ておれと心の中でこっそりと誓う。
これまで生態学的なモデル研究では湖のサイズや流れというものが細かいところまで考慮されてこなかった、でもこれらの要因は系の動態を決定する上で大きく関ってくる、というような話にしようかと考える。生態学的なモデルにあえて湖の地形や水の流れ、湖のサイズなどを考慮することについての動機付け(意味付け)に関して煮詰めていく必要がある。また資料集めやらなにやらと…。

　至近レベルの研究の進め方についてのプランニング。現状のモデルでこれ以上できることは限られているので、5月中は新しい要素についての検討を行う。 追加する要素案として考えに挙がっているのは、垂直構造、土壌からの栄養塩回帰の二つ。

(1) 垂直構造の導入について(検討着手中)
・重力の影響と熱対流に関する流体についての学習と実装
　→Benard流体による熱対流と輸送のモデルが利用できるのではないか。
・光の減衰についての導入
　→Huisman(1995)などが、ベースモデルとしては適当だと思われる。

(2) 土壌からの再懸濁を考慮に入れたsink→resourceモデル
　富栄養化に対する湖沼の生産性の応答では、栄養塩の滞留時間が大きくかかわってくる。つまり、栄養塩の流入量が大きくても湖に留まる量が少なければ、富栄養化の問題は軽減されているとするらしい。
　水平方向についての流れを扱うモデルを考えると、流れによる[プランクトンの吹き溜まり]が栄養塩の滞留には大きく影響することが予想される。従って、沈降→プール→栄養塩回帰という時間的なワンクッションを考慮する必要がある。

　一方で新しい要素を追加していく繰り返しではいつまでたっても論文が見えてこない。最終目標とは別に中間地点での目標設定が必要だろう。上の話と相俟ってなるべく早く考えるべき問題である。

TODO stack：
＋　垂直構造についての検討(６月迄)
＋　栄養塩再回帰についての検討(６月迄？)

　研究報告の作成、メールで提出。打ち合わせは月曜の夕刻よりに延期してもらうことに。今年の目標のひとつに期日を必ず守るを挙げておきながらいきなりずれる。
やりのこした計算と考察、今後の方針についての計画は明日書くことにする。

　9月に開催される日本陸水学会68回岡山大会の案内が掲載されている。講演申し込みの締め切りが7月の頭なので６月の頭までには一通りの結果の纏めをしておく必要がある。頑張らねば。

TODO stack：
済　計算結果の整理
済　進捗状況レポートの提出
＋　研究打ち合わせの準備(5/19迄)

　午前中仕事、午後過ぎより夕刻まで仕事。最近はちょくちょく日付が変わるころまで研究室残っているので改めたいところだが、五月中の平日は夕刻-深夜しか研究時間がないかも。

　今日中に結果の纏めとキチンとした解説を書いたレポートを作成せねば。 目的を含む研究計画は土曜日に提出(予定)となっているのでこちらも急ぐ必要がある。念のために留意点をもう一度箇条書きにしておく。
　（１）明確な目的と研究意義。
　（２）空間(流れ)の有無での結果の比較。
　（３）各個所のちゃんとした説明

　今回のメインは第一項。第二項に関しては今回計算が間に合わなかったのでパス。第三項については前回から増えたのは植物プランクトン一種による生産性の違いの計算結果が出ているのでそれを含めて解説を書く。

　午前中私用。午後実習の手伝い。本日は夕刻の輪読回はお休み。

　夕刻よりレポート用資料集めと結果の解析。結果の方はざっと眺めただけ。
資料に関しては国連環境計画(UNEP)のサイトにある"Water Quality: The Impact of Eutrophication"というのと、同じサイトにある"Planning and Management of Lakes and Reservoirs: An Integrated Approach to Eutrophication Abridged Version- A Student's Guide> "というのが目次を見る限りよくまとまっているように見えるその他、利水と水質に関する日本国内の法律をあれこれ眺めたりする。

　このサイトを置かせてもらっているサーバが死んでいたらしい。まだ不調なので芝楽したらまた一時停止するかもしれません。

　午前中セミナー発表。紹介論文に対する反応は今ひとつ。教官からも厳しいコメントをいただく。個々の変数間の関係性を考慮しないで予測のみするという手法は個人的には斬新だったのだが…。論文紹介するなら自分の研究にとって大きな意味のあるものか、メンバー全員へインパクトのある物にすべきといわれる。確かに自分の興味本位だったが、どうにも納得は行かない。説明不足とプレゼン構成のまずさは猛省。
セミナーで用いたスライド、レジメをアップして置きました。

　午後実習の手伝い。明日までと月末の纏め会（発表のようなものをするらしい）でおしまい。

　１７日の提出に向けて本格的に中間レポートの容易を始めなければいけない。
空間のない条件での系の動態をコントロールとして用意しておく必要だったことを思い出す。早めに条件を算出して計算をかけることにしよう

　Benard流を組み込んだモデルの設計と評価を今月中にやるとか言ってしまったような…。

済　セミナー担当(5/14)

　午前中お仕事、午後実習の手伝い。

　夕刻より１４日の発表用資料作成。メールにてアナウンス。｢趣味的だ｣等いろいろ言われる。日付が変わるころに完了という事にして帰宅。web版は後ほど。

　午後実習の手伝い。実物のプランクトン(動物･植物共に)いろいろと観察させてもらう。これだけでも十分に甲斐があったといえる。

　週末から朝セミナー用の論文紹介の準備。結局,Karul et al(1999)に変更。Diehl(2002)は分量が多すぎて25分で全部紹介しきれないというのと準備自体が間に合わないのが理由。ニューラルネットワークを使って湖沼の富栄養化の予測を行うモデルを作りましたという研究なのだが、結果がいまいち。Introであれだけ強気(に見える)なことを言っておいてそれかというカンジ。
これからレジュメ作成、明日中(実はもう日付は変わっているのだけれど)に発表用の資料を完成させないといけない。発表前にゴメンナサイしとくべきかもしれない。

　ひどい風邪により体調が最悪。日ごろの不摂生の所為だろうから反省しようと思うのだが、治ればまた不摂生になるのもいつものことなわけで。

　午前中私用、午後論文読みとか研究室のサーバの設定のための調べものとか。自分で手を動かさないため少々もどかしいが、これ以上背負い込むわけにも行かないので仕方ない。夕刻より輪読会。

　朝セミナーの準備が順調に遅れている。考えたらそれでなくても長いEcologyを２本は厳しかったかも。準備不足で消化不良だけは絶対に避けたい。

　生態学会で使ったポスターについて、pptファイルしか置いていなかったことに気づく。htmlファイルを生成しておいて置く。

　午前中から午後に掛けて実習の手伝い。午後過ぎより遅刻にて数理生物の勉強会に合流。合羽は無駄になったが天気が崩れる前に終わって何より。
夕方、先生から「もしかしたら」の条件付でセミナーで発表しないかといわれる。結果をまとめて一度整理しなければいけない時期で、しかし研究室のセミナは論文紹介にすることに決めたので、yesと答えておく。良い機会だろう。が、実際には回ってこないような気がする。まあいずれにせよペースメーカーにさせてもらうことにする。

　セミナーで紹介する論文を選ぶ。Diehl(2002a,b:Ecology,83(2),pp386-398,399-411)を紹介することにする。光と栄養塩の鉛直分布についての研究。前者(a)が理論モデルによる予測と野外での調査方針の検討、後者(b)がその予測を元に野外で検証を行うというもの。仮説検証型の研究のお手本のような例といえるだろう。４年生とかが入ってきたばかりのセミナーであるし、丁度良いのではないだろうか。
今日明日中に通読、今週中にレジュメ、週末と月曜くらいでスライド作成くらいのペースでいけるとグッド。

　現在の計算を完了。データの整理と纏めをできるだけ早いうちに済ませる。それが済んだら流れのない条件で流入量を合わせて一通り計算しておく必要があることに気づく(注：前回の打ち合わせで指摘されていた)。生産者１種のみ、２種のみ、１捕食-１被食系、１捕食-２被食系、以上のそれぞれについての計算結果を一通り全部出しておく必要がある。こちらは時間が掛からないし、以前書いたスクリプトで条件範囲について一通りまとめて出せるはずなので楽だろう。
併せて目的背景部分の資料探しは（Webで閲覧できるサイトを)集めたので、これにも目を通しておかないと。そのあとで関連論文を探す。なかなかに忙しい。

[TODO stack]
？　セミナー担当(5/26)
＋　計算結果の整理(5/16)

　午前中お仕事、午後実習のお手伝い。さすがに丸一日立ち仕事だと少々疲れる。明日は朝から野外で実習の手伝い。
担当の先生に話を聞くに夏頃どこかへ調査へ行く計画を立てているところという。連れてってくださいとお願いだけしておく。

　計算ほぼ終了。いま計算しているのが終わっらもうひとつ計算させてひとまず完了の予定。これで流れと単純な生産性(=生産量の大小)との関係についてはある程度話が組み立てられると思う。
そろそろ細かい空間的な解析とかの作業に入らないとレポートが間に合わない。むしろ話の背景と動機がいまだに漠然としておりかつ薄いのが一番問題で、ここを固めないことには話にならない。

　セミナー発表用の論文漁り。Ecologyあたりで落ち着きそうな感じ。数本候補にして適当に読んでから選ぼうかと考える。今日明日中には何とかしないとこちらもヤバイ。

　JANOG-MLの投稿量が爆発的に増えていて(量とレベルの高さが相俟って)付いていけない。

　結果を逃がして次の計算（つづき）。…と思ったのだが「また」流入の境界条件の設定をミスしていて3つほど失敗していることが判明。やはり早急に手をうつ必要がある。
とりあえず失敗した分のフォローをしておく。

　5/4-5と仙台にいないので研究の方は中断。出先で研究計画とレポートの練り直しを考えると言っても嘘になるだろうし。

　結果を逃がして次の計算。

　午前中私用。夕方輪読回。
よく考えたら5/7,14は実習の手伝いのため自分の担当である勉強会の発表ができないことに気づく。後輩の人に自分のノートごと渡して代理をお願いする。予定のダブルブッキングでセミナの開催者には失礼をしてしまった。

　夜、先日延期した先生との打ち合わせ。全般的に説明不足。毎回その点を指摘しているのに改善が見られずと指摘される。加えて研究内容に関してもさまざまな不備も指摘される。以下忘れてしまわないうちに列挙。
　(1) 前回用意した資料について、各個所の説明をきちんと記すこと。何も知らない状態からでもそれを見れば何をしてどういう結果が出たかがわかるくらいまで説明を書くこと。レポートで省略するな。
　(2) 窒素の拡散量との関係性について、空間的な分布が実際にどのような結果になっているかをきちんと図示して見せよ。
　(3) 目的の部分についてゴールが不明瞭である。何のためにやるのか意義をきちんと提示せよ。そのためにもあたっている文献の量が少ない。バックボーンが足りない。
５／１７日を期限として再提出。

　14日にセミナを担当していたことをすっかり失念していた。論文紹介をレビューのような感じでできないかと良さそうな論文探し中。

[TODO stack]
＋　セミナー担当(5/14)
＋　研究レポート再提出(5/17迄)

　火曜にバイクの修理完了。バイク貧乏ですねなどと言われにが笑い。持ち込み時間と完了時間の兼ね合いで中途半端に時間が空き、久々に歩く。せっかくバイクが好調になったのだし、中距離南回り(蔵王)か北回り(尾花沢)でもしたいところ。北回りならコバルトラインも良い。

　午前中セミナーは中止順延。寝坊と私用で丸々潰える。勿体無い限り。
　午後勉強会。前回残った分を消化中に時間切れ。自分の担当分は来週に持ち越し。一回できちんと終わらせるという形式よりも分からない者を適宜拾っていくという方針は好感が持てる遣り方と思う。が、自分の担当分をきちんと説明しきれるかどうかは少々不安ではある。
　夕刻より実習の打ち合わせ。とはいえスキル・知識共にない自分はあまり役に立ちそうもない。自分の研究のためにいろいろ勉強させてもらおうと思う。当日5/7は予報によるとピンポイントで雨。

　前回まとめた結果から、まずは植物一種のみの条件で流路の違いが系の生産性に与える影響について調べようかと考える。これは流路の違いにより植物プランクトンのみの共存条件に違いが見られたからである。リンが一様に供給されており、流入点における窒素の量と流出する水の量は同じあるので、単純に考えれば、流出点に運ばれる窒素(もしくは生物)量が異なるからではないか？
　もしそうなら水の流れ方によって栄養塩比率が変わる→植物プランクトンの共存条件が変わる、といえる。つまり、水の流し方によってどのタイプの藻類が増殖するか、反対にあるタイプの藻類の増殖を制限するにはどのように水を流せばよいかがわかる(はずだ)。

　計算を開始。流入側を壁面の中央と上端の２パターンとり、流出側を壁面の上端から下端まで１０通り、計２０パターンとるようにセッティング。順番にやっていって全部で５日間の予定。
　本日の計算条件は下の通り。以降、流入点と流出点の場所で(1,1)-(10,10)とか書く。
　kisuke: (1,1)-(1,10)
　mayama: (1,1)-(2,10)
　qybele: (1,1)-(3,10)
　schathacha: (1,1)-(4,10)
　vanadis: (1,1)-(5,10)

　打ち合わせは先生の都合により延期。資料だけ手渡す。
読んだ論文の数が少なすぎる。次回(未定だが)までにもう少し目的などの背景部分の厚みを増しておくことにしたい。

　勉強会の資料を作成。とはいえ本文のほうは構成だけ抜粋して目次のみのような形なのですぐできる。演習のほうは時間がえらく掛かる。というよりMS-Wordタコすぎ。

　勉強会の準備を中断、月曜日の打ち合わせ用の資料を作成。smbでファイル共有したlinux機で結果を適宜gnuplotで出力しながら文書に張り込み。smbの便利さにいまさらながら感動を覚えつつ、日付が変わるころまで作業。

　勉強会の発表資料のほうが本格的にピンチ。

　勉強会の準備。発表は口頭中心にして配布するのはアウトラインと演習の回答のみにしようかと思う。

　ToDoスタックは変更があるか月曜日のみ書くようにする。

　個人的なトラブルで研究進まず。
週明けに一度結果を見せて研究計画についての話し合いをするようアポイント。論文読みその他。

　勉強会で担当分の数理生態学の本の三章に目を通す。難しい。一部よくわからなかった部分があり、要勉強。
　kisukeとmayamaの計算終了。この結果までを一通りまとめて打ち合わせ用の資料を作成することにする。研究の目的部分と導入部を膨らませる為の文献探し。

　Amazon.jpよりバーバラ・ミント著「考える技術・書く技術」届く。さっそく補遺あたりを読んでみるがなかなか面白い。結構難しいが実践的でよい本だと思う。

TODO stack：
＋　打合せ用報告書の作成
90　勉強会(水昼)準備→来週まで
80　データプロット用スクリプト作成
50　読み込みファイルの指定部分の手直し
40　流速計算部分の条件指定方法の変更
40　流入路の計算条件についてのきちんとした検討
40　流入条件についてのエラー自動検出機構の追加
30　ECOLOGICAL MODELLING 3rd ed. 適当にサマライズ。

　結果を少し詳しく見てみる。あまり面白い結果に見えず。空間的に勝ち分けとかができていれば面白いのだが、非ランダムな環境下ではそういうのは起こりにくいのかもしれない。
　何より一回あたりの結果のプロッティングがやや面倒なほうが問題である。早めにスクリプトでも書いてしまうほうがよさそうだ。

TODO stack：
up　勉強会(水昼)準備→来週まで
＋　データプロット用スクリプト作成
--　読み込みファイルの指定部分の手直し
--　流速計算部分の条件指定方法の変更
--　流入路の計算条件についてのきちんとした検討
--　流入条件についてのエラー自動検出機構の追加
--　ECOLOGICAL MODELLING 3rd ed. 適当にサマライズ。

　19日の結果出る。各計算機ごとに、
qybele: 約220日でovergraze。PP二種とも絶滅してコラプト。
schathacha: 振動しつつPP-ZP系自体は維持。PP1排除。
vanadis: 約200日でovergraze。PP二種とも絶滅してコラプト。

　詳細な解析用に計算を追加する。議論できるだけの傾向が揃えば良いが足りなければもう少し追加する羽目になるだろう。
qybele: load_N:400→300、ZPなし。他前回から同じ。
schathacha: load_N:400→300、ZPなし。他前回から同じ。
vanadis: load_N:400→300、ZPなし。他前回から同じ。
kisuke: load_N:400→500、ZPあり。ほかの条件はschathachaより引継ぎ。
mayama: load_N:400→300、ZPあり。ほかの条件はschathachaより引継ぎ。

　ECOLOGICAL MODELLINGのchapt.1読了。とはいえintroductionとある通り、モデル研究の動機付けと以後の章のアウトラインがメインなのでかなり斜め読み。なるほど思ったのは、

1.3 Ecological Modelling as Scientiffic tool

生態学においてモデルを用いることの明確なアドバンテージについて、以下のように要約できる：
　１．複雑な系を調べるための有用なツールとして。
　２．(モデル化することで)系の性質をあらわすことができる。
　３．既存の知識の弱い部分を示す道具として、調査の優先順位に対する指針になる。
　４．科学的仮説の検証手段。モデルによるシミュレーションと観察との比較ができる。

　先生との打ち合わせに向けて少し現状のまとめ。

[目的など]
○湖での流路の違いは系の個体群動態にどのような影響を与えるか？
→特に植物プランクトンに着目し、優占種と系の生産性に水の流れがどのように影響するかを予測できるモデルを構築することで、湖沼における新たな河川工事/魚道工事（＝流路の改変）が水質（ここでは透明度＝PP炭素量を考えている）にどのような影響を与えるかについて示唆できないか？
　さらに、動物プランクトンが植物プランクトンの動態に与える多面的な効果（捕食、栄養塩循環、etc.）を考慮することで、生物操作による水質管理の可能性について議論できる。

[得られている結果]
(1) ZPのいないとき、流路の違いによって
　　１：PP同士の共存に影響がある（共存可能 or 排除）
　　２：競争の勝者が変わる
　　３：系全体での生産性そのものが変化する（？）
(2) ZPのいるとき、流路の違いによって
　　１：系の持続性が変化する（崩壊 or 維持）
　　２：PPの栄養塩供給比率に対する共存条件が変化する

[ToDo]
(1)-1,2 について、栄養塩供給量のみを変えてテスト[実行中]。
(1)-3 について、PPを一種にして流路を変えたときの系の生産性を見る。

[三次元化のハナシ]
○現状
　水平方向の流れに関してκ−εlikeなモデルを風上差分法で解いている。
　定常化した流れのデータをもとに流速を固定して生物の計算を行っている
○これから
　垂直構造について、循環自然対流（Benardモデル）を解析。
○ToDo
　　１．Benardモデルについての理解、実装
　　２．κ−εlikeなモデルとBenardモデルとの空間接続スキームについての検討（見当)
　　３．生物計算中での流れのリアルタイム計算化。
　　４．土壌再懸濁のモデルについての理解（随時）

　午前中寝坊。午後よりショートツーリング。
西道路→熊ヶ根→大倉ダム→七北田ダム→泉ヶ岳→大倉ダム→本砂金→釜房湖→秋保湯元→上愛子→青葉山。130km/3.5h。
途中小雨に降られるがおおむね快適。泉ヶ岳は山頂が雪で道がふさがれており引き返す。大倉/釜房で桜が満開だった。

　夕刻より研究室で飲み会、直前に計算を始めておく。前日のものにそれぞれZPを足したもので、それ以外の条件は同じ。

　午前中バイト。午後私用。夕刻よりECOLOGICAL MODELLING少し読む。

　テスト計算の途中経過。流路によって違いは出るが挙動(の原因とか)がよくわからない。当初の予想としては流入点から流出点までの距離で連続的な結果になるかと思っていたが、そう単純なものでもないらしい。明日には結果の第一弾が出るので詳細な解析というか評価(結果データを眺めるだけだが)ができる…筈。それを見ながらデータ取りのプランを作成することにする。

　(昨日だけど)千葉さんから実習で池のサンプリングをする旨、声をかけてもらう。池が二つ、間に流路、下の池のみ魚etc.と、なかなかに面白そうなモチーフである。見物がてら手伝えということらしい。是非にと返答する。詳細な日時未定とのこと。
　実際にモデル化するつもりなら魚の効果やら何やらといろいろ知識を増やす必要はあるが、自分の研究の方向性から言うと望ましい(と思う)。

　メモをwikiで管理してみてはどうかというようなことを言われる。なるほどこちらのほうが楽かもしれない、試してみる価値があるだろう。少なくともBBSの類よりは汎用性がありそうだ。

TODO stack：
--　読み込みファイルの指定部分の手直し
--　流速計算部分の条件指定方法の変更
--　流入路の計算条件についてのきちんとした検討
--　流入条件についてのエラー自動検出機構の追加
＋　ECOLOGICAL MODELLING 3rd ed. 適当にサマライズ。
--　勉強会(水昼)準備→再来週くらいまで

　テストサンプルの結果が出たので見る。まったく挙動が変わらないとは何事か（あからさまに怪しい）。…詳細に追いかけていくと栄養塩供給点と流速発生点(流入側)が違っていた。丸々一日分の計算時間を無駄にしてしまう(全滅)。テストランでよかったと思いつつ反省。間違いを計算前に自動的に検出できないのは実行バイナリ自体が流速部と生物部に分かれているという設計上の問題なのだが、統合が難しい(不可解なトラブルが起きた)ため断念したのだった。
　両者を統括するようなスクリプトとか書いてポカミスを防ぐのが現実的かもしれない。

　夕刻より輪読会。今の本をちゃんと理解していけてないのでかなり問題アリアリである。

　勉強会(水昼)でやっている[数理生態学入門]を過去にやっていたグループのレジュメが公開されていると紹介された。楽ができる部分は楽をさせて貰うことにする。

TODO stack：
--　読み込みファイルの指定部分の手直し
--　流速計算部分の条件指定方法の変更
＋　流入路の計算条件についてのきちんとした検討
＋　流入条件についてのエラー自動検出機構の追加
--　ECOLOGICAL MODELLING 3rd ed.
--　勉強会(水昼)準備→再来週くらいまで

　午前中、午後とセミナ二つ。併せて1630よりプロ相の顔合わせ。自分の作業があまり進まなかった。毎週丸一日とられるのはちょっとキビシイかもしれない。

　Amazon.jpより"ECOLOGICAL MODELLING 3rd ed."届く。先生から借りていたのを返却。必要な個所にきちんと目を通してまとめておかないと。

　条件の検討を簡単に以下のように区分。そのまんまではあるが、
　　０．生物の形質値の違い
　　１．栄養塩流入量(≒ケモスタット系での栄養塩負荷*希釈率と考えてよい？)の違い
　　２．流入(流出)流速の大きさの違い
　　３．流路の違い
　　４．領域の空間サイズ
とりあえずPP種とZPの形質は固定しておいて１−４の結果を一通り見ようかと考えている。サンプルデータを何個か取ったところで先生と相談しようと思う。
　上の条件のうち１，２，４は条件を変えて結果を見るのが比較的簡単にできる(条件を徐々に大きくしていけばよいので)ので問題なし。問題は３で特定の流露についての結果は出せるけれど、徐々に数値を変えていくというのがやりにくい。３.をメインに議論したいのでどうしたものか。
　粗目に条件設定をしてテストサンプルの採取を開始。現在のところ流路だけ変えてPPのみZPなしでの違いが出るかどうか３台使用して計算中。これに差が出ないと話ができないわけだけども。

TODO stack：
--　読み込みファイルの指定部分の手直し
--　流速計算部分の条件指定方法の変更
＋　流入路の計算条件についてのきちんとした検討
＋　ECOLOGICAL MODELLING 3rd ed.
＋　勉強会(水昼)準備→再来週くらいまで

　目標設定として週３回はこのメモを書こうと思う。
生物計算部分の領域サイズ可変化はほぼ完了。もともとそうするつもりで書いていたこともあり割合に早く片付いた。ただ地図データ(流速と水深分布)の読込先がヘッダで指定してあるので条件を変える際に再コンパイルが必要になっている。この部分は直しておかないと本格的にデータを取り始めてから困りそうだ。
　併せて付け焼刃的にかかれていた部分をきちんと書き直す。大分すっきりしたソースになったと思う。 　今は計算機が遊んでいるので、空いているうちに早めに条件を決めて開始しないと。

TODO stack：
済　生物部分の計算条件の書き出しモジュール作成。
済　生物部分の領域サイズに関する拡張。
--　計算条件についての検討(流入路？流速？栄養塩負荷？)
＋　読み込みファイルの指定部分の手直し
＋　流速計算部分の条件指定方法の変更

　研究の進捗状況と思いついたことなどをメモしておくことにする。
二次元水平流れの流速計算部分の手直し。領域のサイズを可変にできるよう変更。途中で格子の外周部分の扱いについてバグ発見。これまでよくオーバーフローしなかったものと思う。fix。
　あとは各計算条件についてファイルから読み込みできるようにする必要がある。
流速部分は完成ということにして、生物の計算部を変更に併せて書き換える必要がある。

TODO stack：
＋　生物部分の計算条件の書き出しモジュール作成。
＋　生物部分の領域サイズに関する拡張。
＋　計算条件についての検討(流入路？流速？栄養塩負荷？)