計算用条件について
藻類の栄養塩の吸収親和性にtrade-offをかけながら変化させてみて、まず二種で共存するかどうかを流し打ちでテストしてみているが思わしくない。考えてみたら当たり前といえば当たり前で、共存に重要となる藻類の形質は、N,Pのrel-αとrel-Q'(subsistence quota）の二つなので、rel-Q'_N=1 かつ,rel-Q'_P=1 という条件では共存領域が無茶苦茶狭くなるのは当然なのだった。

　週末連休中は友人と呑みに行ったり、仙台に遊びに来た旧い友人と会ったりしてました。

　午前中自宅で読書、午後バイト。

　デバグ済みのコードを整理したり、空間拡張に向けて考えたりして本日は終了。

　午前中寝坊のち読書、夕刻輪読会。
先週で終わったものとばかり思っていた、記憶力がアヤシイ。女性陣数名が浴衣にて参加。理由のほどは不明(恐らくはノリだろう)であるが華やかでよろしい。偶にやる分には良いことだと思う。

　河田先生より、GIS用途のWin2K端末にFireWireなHDDをつないで使いたい旨。
PCI拡張スロットに空きはあるのでボード買っときます、と。併せてバックアップについて少々。学生毎に一人一台外付けHDDを買えば良いとの冗談。また極端なことを。

　午後いっぱい、昨日届いた『Effective C++』など眺める。デバグ作業は忘れてないなどと誰にともなく言訳。
以前第一版を読んだ(はずである、読んだ記憶だけある)時に比べると内容に対して当たり前のことを書いていると感じる箇所が劇的に増えている。自分のスキルもそれなりには底上げはされていると受け止めていいのだろうか。なんにせよ解らない物をハテナ顔をしながら読み進めるよりは遥かに好い。

　デバグ完了。
原因はバグというより、データファイルの不備だった。変更前と後のプログラムで希釈率が異なっていたのが挙動のおかしい理由だった。うぬぬ…阿呆め莫迦め間抜めっ、と自分のことを一通り罵っておく。やれやれ。

　テスト。
まともに動くようになったので、空間の無い条件でまずはZ1-A1-R2の条件でテスト。これで問題なければZ1-An-R2について本格的に計算しつつ、空間モデルのほうに入れる。
以下、結果。それぞれでのミジンコの初期個体数が100個体、希釈率は0.01/day、時間刻みは100steps/day
　まずはミジンコの死亡について、再生産なしのときの個体数減少図（赤線が理論値、緑線が計算値：死亡率は0.02/day）。これを見る限りでは、計算値は理論値からそれほど無茶な外れ方はしてない、と思う。
　次に栄養塩供給が低い条件（load N/P=80/12[ug/litter,day]）での、 藻類とミジンコのバイオマス(mg・C)変動（赤線が藻類バイオマス、緑線がミジンコのバイオマス)と、藻類バイオマス(mg・C)とミジンコの個体数変動（赤線が藻類バイオマス、緑線がミジンコの個体数）。
　さらに栄養塩供給が高い条件（load N/P=400/60[ug/litter,day]）での、 藻類とミジンコのバイオマス(mg・C)変動（赤線が藻類バイオマス、緑線がミジンコのバイオマス)と、藻類バイオマス(mg・C)とミジンコの個体数変動（赤線が藻類バイオマス、緑線がミジンコの個体数）。
炭素量バイオマスの変動を見る限りでは、個体ベースにしないときの結果とほぼ変わらない結果になっているので、これは問題ないだろう。

　というわけでテストは問題なしと判断する。
明日からは実際に計算用のデータを用意して、様子を見ながら空間なしの条件での計算を開始していくことになる。
併せて空間構造を考慮したモデル（＝格子モデル）の開発を進めていく。

　午前中セミナー、午後勉強会。前期分終了、以降は八月の終わりから。

　Amazonより本。
『Effective C++(改定二版)』(Scott Mayers：吉川邦夫訳)、『欺術』(Kevin D. Mitonick and William L. Simon：岩谷宏訳)、『これから論文を書く若者のために』(酒井聡樹)。順番に技術書、ソシアルエンジニアリングの本(と帯にある)、論文書きの手引書。

　通称『これ論』の２部中盤までと３部を読了。
なるほど刊行一年にしてすでに定番書となるだけのことはあり、実にわかりやすい。論文としてアクセプトされることを念頭に置いた研究計画の策定から始まり、アクセプトまでを順に流れを追って解説して行く。これ以外にはライティングのテクニックについての本より他は必要ないと思える。個人的には生態学の論文を扱った例もより具体的な例として違和感なく読めるのがありがたい。
　自分は現状で最初の論文のために結果を出そうとしているところだが、それでも自分が今どの段階にいて現時点で何をし、これから何をするべきなのかを把握し考えるための優れた指針となる良書だと思う。論文を書くためのモチベーションを揚げるためにも役立つ箇所が多く、時折読み返したい。
　他のベテランの研究者の方に論文書きのスタイルやコツを聞くと、この本の内容と共通する部分は多い。つまりそうしたエッセンスをより整理した形で提示しているということだろう。

　スタックにあった進行リストの日付を消した。
テストが思ったより難航しているからというのもあるが、前が見えないまま闇雲に少し焦り過ぎていると感じたから、というのは少し言い訳がましいだろうか。しかし、全速力の８割くらい、無理なく継続できるペースで進めていけていると感じるので、このペースを崩さずに維持するほうに注力したいのは間違いない。ここ数日デバッグのためにずっと数字を追いかけるのに時間を費やしていることに対して、イライラが募ってきつつあるのも事実なのだが。
　とはいえ８月末の個体群の申し込みに間に合わないのでは情けないので、そこまでには結果はもとより、論文の構成までは準備をしておきたい。

　朝から占部さんとともに調査用の池沼探し。夕刻まで。
次年度以降の占部研の修士・学部生向けの調査地候補の選定が目的とのこと。今回は宮城県西部、鳴子から山ひとつ南の古川から尾花沢へ向かう途中の山あいにある、長沼･白沼・菅沼の三地点を下見。そのほかにも近辺を調べようとしたのだが枯れていたり見つからなかったりで断念。
　基本的には後についていって話を聞いた程度で、手伝いといえる手伝いは無し。一人で出かけると何かあったときに困るというところだろう。自分にとってはモデル研究をするにしても実際に池沼を見ておくことはモチベーションが変わる（そもそもモチーフとして湖沼があり、それをモデル化するわけだから当然といえば当然である）ので、わざわざ連れて行ってくれるのはありがたい限りである。

　付帯としてやはり車の免許の必要性をひしひしと痛感する。そこだけでも肩代わりできれば大分違っただろう。少し申し訳ない。帰宅後はさすがに疲れたのかそのまま寝てしまった。

　午前中から夜半過ぎまで一日中デバグで数値を追いかけていました。
新規のプログラムにおける問題点がおぼろげながらわかり始めたような気がする。おそらく排出による環境への栄養還元部分、ではないかと思う。

　午後起床。私用の後、夕刻よりテスト。
束の間の晴れ模様であったのに出掛けられず、ちょっと惜しいことをした。

　条件を変えながらプログラムの動作テスト。
繁殖部分がうまくいっていないのではなく、個体ごとの捕食と炭素量成長あたりがおかしいような気がする。アルゴリズムというより数値的におかしい。
繁殖の計算部分自体には問題がなさそうなのがわかっただけでもよしとしよう。 　明日中には追跡調査も完了するだろうから、それでも怪しいようなら月曜に下見行きの打ち合わせのついでに数字について相談に行くことにしよう。

　午前中お仕事、本日上半期の仕事納め。
同じ仕事をしている方ともう少し話をしたかったのだけど、後期は別の人なんだよなあ。
午後バイト、夕刻より占部研での輪読会。
Tilman(1982)の2sp-2RのZNGI図のモデルについてわかりやすく説明できず助け舟（というか肩代わり）されてしまう。説明力不足で恥ずかしい思いをした。輪読会の続きに単純なLotka-Volterraの共存解の条件などを学生にレクチャーしているところに付き合って、流れで現在の状況などを軽く報告。その後でフィールドの下見に誘われたので是非にと返答。終わってみたら深夜。

　死亡のタイミングについて。
結局ここ一週間ばかり試していた色々な形はよろしくないという結論を下す。それぞれについて理由があるが、

• 一日一回に間引きを揃えるのは現実的でない。そもそも死亡のタイミングの入れ方しだいで議論が変わってくる
• 時間ステップ当たりの死亡率はきわめて低くなる（はず）なので、結果として個体数の大きな振動はおきにくくなるだろう。

　個体群シンポ(つくば)のポスター申し込みを正式に目標として宣言。＜BR> 八月中にイントロ、モデル、結果まで仕上げる必要がある。のだが、順調にのっけからスケジュールが遅れ気味。明日はテストと計算開始（の予定になっている）なのだが、繁殖周りの挙動が怪しいのもあって詳細に数値の追跡をしなければならないので、テストが明日中に終わるというのはチト楽観的かもしれない。

delist TODO stack：
−　死亡と繁殖のタイミングについての検討

　午前中自宅でだらだらと。午後計算条件データファイルの整理。夕刻輪読会。

　計算条件ファイル
不必要に複雑になっているので整理。前のモデルに継ぎ足しを重ねてきた結果の悪弊である。だいぶすっきりして、変数などを変えるのにも扱いやすくなったはず。

　短期計画。だいぶ遅れ気味。
やはり細かく日時まで切らないと暈ケてしまう性分なのは変わらないらしい。というわけで、まずスケジューリング。

1. 空間なしモデル：コーディング完了（０７／１０まで）
2. 空間なしモデル：計算条件の用意とテスト（１１日）
3. 空間なしモデル：本計算開始（１２日から）
4. 空間ありモデル：コーディング（１２日〜１７日）
5. 空間ありモデル：計算条件の用意とテスト（１８，１９日）
6. 空間ありモデル：本計算開始（２０日から）
7. モデルについてアウトラインの書き始め（２０日から）
8. イントロダクションのアウトライン（２０日から）

　午前中セミナー、午後勉強会。
セミナーはオーストラリア紀行(というほど旅行記ではなかったが)。ここ暫らく変り種の発表が続いている。まあそれ自体は悪いことでもないが、本日のは先週の発表と違って考えさせられる内容でもないので得られるものが非常に薄かったというのが実感。

　勉強までの時間が中途半端であったので適当に論文など眺める。
Homer-Devine et. al.(2003) Ecol. Letters.(6), pp613-622。共著にLeiboldの名前があり、それが読んだ理由であるが、最初の一文に"A primary goal of ecology is to understand the distribution of organisms."という表現があり、少し斬新であった。随分と強気で来たなというカンジ。内容自体は一次生産の空間的な違いがバクテリアのdiversityに利きますというもの。最初の一文が一番インパクトが強かったというのも失礼な話ではある。

　間引き絡み。
実際に計算させてみたところどうもうまくいかない。理由は死亡率を一日当たり幾らで与えているためで、これがために時間刻み当たりの死亡個体が1を超えるための集団サイズが非常に大きくなる。つまり、一日あたりの死亡率が0.5で(これはきわめて大きい値なのだが)、一日に1000回の計算を行うとすると、単位時間当たりに一個体以上が死亡する集団サイズは、

0.5*0.001*N≧1 つまり、N≧2000

　計算用読み込みファイルの準備。
なにせ読み込むファイルが多いので面倒なこと極まりない。必要なのを列挙すると以下のとおり(()内はファイル数)。

1. 計算条件(1)
2. 動物の生理形質(1)
3. ミジンコ(ほか)の移動性やegg size等の個体形質(1)
4. 藻類の生理形質(1-n)

enqueue TODO stack：
＋　死亡と繁殖のタイミングについての検討

　夜明け前から寝るまで、丸一日読書。
基本的には雑食というか雑読のつもりなのだが、ここ暫らくはＳＦ、というかライトノベルの類ばかりだな…。

　『竜が飛ばない日曜日』(咲田哲宏)読了。どこかで見た人と思っていたら、『水の牢獄』の人か。ミステリというよりホラーなうえ、かなり微妙な終わり方でいいイメージを持っていなかったが、デビュー作の『竜が〜』の方は面白い。
どちらの本もアイデア自体は非常に面白いし、何より導入が巧いのでつっかえずに読める辺りは好感が持てる。

　『プレシャス・ライアー』(菅浩江)読了。
前作『ピアノ〜』に比べるといささか期待はずれというのが正直なところ。アイデア自体が実にありきたりなうえ、よく勉強しているのがわかる分、どの箇所を取ってみても「どこかで聞いたような」という感じで、優等生のレポート創作文を読んでいるように感じてしまった。ストーリーのどんでん返しは『アイ・アム』そのままだし、「未来的な」医療問題などを作者の視点で消化できている分だけ『アイ・アム』の方を読んだほうが良いかも知れぬ。

　午前中私用、午後過ぎまで雑用など。

　図書館より論文届く。
trade-offの話に使うためのデータを期待していたのだが、欲しい形のデータは載っておらずはずれ。個別の藻類ごとのデータがNot Shownになっており「そこが欲しいのに」などと悔しい思いをする。仕方が無いのでデータ的な方面からの示唆については当面保留だな。

　コーディング。
明日中に出力回りを書き上げて計算を開始できるだろう。とりあえず生物の形質は決めうちで与えておいてZ1-A2-R2系で回るかどうかをテスト。問題なければ継続してZ1-An-R2に移行。

　遅い。随分とモタモタしている。

　停電からの復旧作業。
午前中に回復するという噂は噂のまま、午後4時過ぎに復旧。HUBを電源入れたまま放っておいたところ、復電時におかしくなってしまったらしく通信エラーが出て酷い目にあった。自分のマスカレード設定が悪いのかと思ってしばし悩んでしまった。HUB自体はスイッチを入れなおしたら直ったのだが、瞬電したモデムみたいだ。
2.4kernelで起動しないマシンが3台。そういえばkernelのアップデートしてなかったような。とりあえず面倒なので2.2で起動してアップデート。次の停電のときに再起動させる、と。

　復旧が終わった後、今度は個人のノートPCのHDDからデータのサルベージ作業。
何で大事なデータをバックアップもしないでおくかな。バックアップに関しては人のことをヤイヤイ言えるほど自分もキチンとしているわけではないが。
外付け2.5iHDDケース(USB2)を買ってきてノートのHDDを挿して別のPCに逃がす。夜半過ぎまでかかるが何とか復旧完了。

delist TODO stack：
−　生物棟停電 (7/４fr18:00〜7/６sn16:00)

　午前中仕事、午後コーディングの続きをして、雑用とバイト。 EmacsのkbdMacro（ C-x'(' 操作 C-x')'; C-x'e'）の活用方法を教えてもらう。奥が深い。

　夕刻より停電なのでシャットダウンして回る…などということはなく端末からリモートで停止。再開は日曜夕方。

　ファイルからのデータ読み込み部分について。
以前書いたものに手を加えて、汎用的な2次元データの読み込みが可能な形に書き換えた。とりあえずサンプルと併せて公開してみる。

　午前中自宅で読書、午後論文読んだりコーディングしたり。夕刻より輪読会。

　群集生態学、３章まで読了。
劇的に得るものがあるわけではないが、不足しているものと整理されていなかった事項に対する確認には役立つ。そういう意味では良本だと思う。

　間引きを含めてコーディングについて、だらだらと引っ張るのも拙い。
停電前までに形にする。　→停電中に計算プランを練る。　→停電終了後に計算開始というペースで行く。したがって配分としては

1. 〜7/3：間引き部分の完成
2. 〜7/4：入出力と計算オプション部分の完成

dequeue TODO stack：
−　間引き部分の実装

　間引きについて
基本的な部分は完成。STL使うと実にすっきりと書ける。

while(dp.size() != 0){

  vi = dp.begin();
  while(1){
    if( (*vi).Age()==(*(vi+1)).Age() ) { vi++; }
    else{
      vi++;

      copy(dp.begin(), vi, back_inserter(temp));
      dp.erase( dp.begin(), vi );
      break;
    }
  }
  copy(temp.begin(), temp.end(), back_inserter(buff) );
  temp.clear();

}
dp = buff;
buff.clear();
}

　trade-offについて。
思った以上に論文の当たりが悪い。まあ本質の部分ではないからぼちぼちやっていくしかないか。

degrade TODO stack：
↓　trade-offについての検討

　空間なしモデル、基本部分はあらかた完了。
後は間引きの部分を手直ししてtrade-offへ。

　間引きについて
モデルのアルゴリズムを思いつくまま書いていくと、

現在新たな個体は個体行列の尻にpush_back()している。したがって個体群の齢並びは配列の先頭から{…,5,5,…,5,4,4,…4,3,3,…,0}という感じで０齢まで続いていることになる。

→ 齢が変わる直前の要素（たとえば{…,5,4,…}となる5のところ）のiteratorを返して(iterator Match(*It,*(It+1))とか用意してやればいい)、先頭から同じ齢の要素をテンポラリに全部移動する。

→ テンポラリのサイズをとって死亡率を元に死亡判定後の集団サイズを算出。

→ 算出後の個体数分だけテンポラリからランダム抽出を行って、個体群のバッファにpush_back。

→ これを元の個体群のサイズが0になるまで繰り返し。

最後にバッファ→個体群のコピー、で完了。

　trade-offについて。
N吸収とP吸収について、データを集めてきて線形回帰してやればよいだけかと思っていたのだが、実はそう単純でもないらしい。主観での系統的な距離を考慮しなければ相関があることはいえても回帰したことにはならない、とのこと。プロットする生物ごとに重み付けをしなければいけないということなのだが、少し面倒だな。
データ自体の集まりも悪い。窒素に関するデータが手元に殆ど無く、調べた限りでも少なそうな感じ。こちらも引き続いて文献集め。