99 作図
70 モデル：ミジンコの移動に関する案のまとめと実装
積雪。自宅で作業。
朝暫くして雪、午後過ぎには結構積もっていたので、面倒になって予定を全部取りやめて自宅からぼそぼそと作業。後は適当に本を読んだりとか。昨日のうちに色々と用事を済ませたから、本日は研究室にノートPCを取りに立ち寄ってからそのまま空港へ向かう予定、だったのだが…。雪降るんだもんなあ。今年は年内は積もらないだろうという勝手な思い込みがあったもので油断した。ホントなら夕刻には広島にいるはずだったんだけど(追記：午後の便は欠航)。今後の天候次第では帰省を見合わせて、３月の生態学会の帰りに寄るという選択肢もありかな。
メモ：『「矛盾」を無理矢理弁護』
韓非子の挿話である「矛盾」をモチーフにした詭弁論述のレパートリー集。中には読んでも僕にはどう反論してよいやら判らないものや、まるっきりジョークなどもあるが、個別に書いてある内容を読めば、概ねその詭弁性を衝ける。しかし、実際の局面でこれらの詭弁を織り交ぜながら議論されたら、太刀打ちするのは結構骨が折れそうだ。詭弁に関しては『詭弁論理学』（野崎昭弘）が古典であるけど名著。この本そのものが面白い読み物として読めるので僕も愛読している。WEBでよく纏まっているものとしては、詭弁のガイドライン。
午前中、私用。正午過ぎ、研究室。
色々と調べもの。野田(2004),日本生態学会誌 54: 273-278.からの孫引きで、Proulx and Mazumder(1998), Ecology 79(8): 2581-2592という論文を知る。植物の多様性に対する消費者の影響に関する話題で、植物に対する植食者の影響は、貧栄養環境下では植物の種多様性を下げるように働くが、富栄養環境下では、植物の種多様性をあげるように逆に働く、というもの（"Grazer reversal hypothesys"というらしい）。説明されればまあその通りかなと思える内容なのだが、不勉強にて、この話は全く知らなかった。
FireFox使ってみた。
近頃噂になっている、というか噂になって久しい次世代ブラウザを試してみた。まあ色々云いたいことはあるのだが、結論からいえば少なくともWindows版は僕は使わない、かな。僕が快適にブラウジングする上で必須であると考える機能をあげると、タブ機能、マウスジェスチャ、独自ブックマーク形式でないこと、大きく別けると以上三つ。特に二番目と三番目。
Firefoxはタブ機能に関しては問題ない。というより今やタブブラウザで無いブラウザが論外であるという気もする。マウスジェスチャに関してもFireFoxではアドオンによって提供されている。しかし、提供されていないよりはマシなのだが（というか、実際には恐ろしく豊富なアドオンが公開されているのだが）、基本機能が弱すぎて何をするにもアドオンを検索して導入せねばならない。阿呆か。モノグサな自分としてはこれだけでも既にメンドい。カスタマイズ好きな連中だけで勝手にやっててくれという気分になる。
最後の独自形式のブックマークに関しては、完全に自分の好みなのだが、所謂「お気に入り」の整理をエクスプローラからやることが多いので、１URL-1ファイルになっていないと落ち着かない。また、URLファイルをそれ単体で（例えばFirefoxなどがインストールされていない）別のマシンに持っていくことも多々あるので、いちいちエクスポートさせる形式はメンドい。
IE＋unDonut（旧DonutP）を使っている身としては、（使い勝手に関していえば）あまりに乗り換えるメリットがなさ過ぎる。もちろんセキュリティホールはIEと心中してしまうけど。WEBを閲覧するための快適性に対する事前の手間隙（セットアップやらカスタマイズ）は、乗り換える際の壁の高さなので低ければ低いほどよい。現状では、よほどIEが嫌いで嫌いで仕方が無いか、カスタマイズが苦にならない人しか乗り換えないんじゃないかと思う。（追記：と思ったが、DonutやSleipnirなどが国産（日本語）であるところから妄想すると、海外では案外Firefox以外の選択肢がなかったりするのかもしれない。海外の事情には全く疎いのでホントかどうか怪しい限りだが。）
翻ってlinuxやBSD（Machintoshも？）ではかなり使い勝手のよいブラウザかもしれない。色々と悪口は書いてしまったが、あくまでプラットホームがWindowsでunDonutと比較して乗り換えるかという話。他プラットホームでは対立する決定的な選択肢があんまり無いし（とか書くと怒る人もいるかもしれないが）。もっとも個人的にはOSごとの（Webの閲覧目的含めた）作業用途が全く異なるせいで、Windowsでなければw3mがあれば十分なのだが。
久々に朝まで遊んで帰宅、昼前に寝たので午後過ぎ起床。
夕刻、研究室。
モデル部分だけ貰ったクマキ君の修論の手直し。自分でもよくやりがちな（というか、僕の文章の特徴ですらある…）判り難い文章構成をピックアップしたり、モデルそのものを理解しようとする試行とかやっているうちに夜過ぎ。色々と当人に訊かねば判らない箇所が残ってしまったので、本日はそこで切り上げる。
自分の修論のときには、人数が多すぎて（とくにモデル部分は）殆ど原稿の直しもされなかったような気がするし、それと比較すれば、自分の修論（として提出した）原稿よりはるかにマシではある、が。
ミジンコの移動に関する案のまとめ。
これから暫くアイデアの纏めがてら、逐次思いつくことを書いていくことにする。
まずはミジンコ（消費者個体）の移動・集合プロセスを大きく別けて三つに分類する。つまり、（１）完全にランダムに移動する場合、（２）被食者（藻類）とのインタラクションに起因する移動プロセス、（３）藻類と集合パターンの間にインタラクション（相関）がない場合、の３つである。
藻類との兼ね合いによる集合プロセス/移動パターンとして、幾つかあげると(cf Folt and Burns, 1999)、
とかだろうか。実装面でお手軽な感じがあるのはなんと言っても一つ目か。二つ目は、直感的には、餌が高密度の箇所を優先的に低減させる方向に力が働くので、逆に空間的な均一化をもたらすように思える。３つ目は移動パターンではないが、集合プロセスには違いない。確か何処かの資料に、ミジンコのfilteringの下限餌密度が閾値として記載されていたモデルがあったから、一つ目から試してみるのが現実的なところか。
午後、研究室。
出掛けようとしたら、表に停めてあったバイクのミラーとその周辺の部品のかみ合わせがおかしい。どうも夜のうちに誰かぶつけて行ったらしい。分解して取り付けなおしたところ特に問題なく修復できた。目立った傷なども今のところなさそうなので、まあよし。
プログラムの高速化。
もう何箇所か抜本的にてを入れられるところは残っているけど、現実的な計算時間が達成できそうなんで、当初の予定通りここらで高速化作業は切り上げ。
午後、研究室。
本日は当初の予定ではだらだらと過ごす予定だったが、午後過ぎにクマキ君より研究室から電話。計算機が不調でかなりの台数が普通になっているという。大慌てで研究室に向かう途中で再度連絡があって、HUBのportを換えたら直ったとのこと。以前から一つずつ使えなくなっている怪しげなHUBなので、早期に交換の必要がありそうだ。
プログラムの高速化。
空間サイズを拡大して再計算テスト。栄養塩負荷が非常に高いときにはちょっと挙動がおかしい。系がコラプトしたかどうかの判定がうまく作動していない感じ。たぶん、被食-捕食系の振動幅が徐々に大きくなって、euler分割では計算誤差が吸収しきれなくなってるんだろう。まあ今回は栄養塩量は変えない方針（予定）なんで、とりあえずはいいか。
メモ：『コレジャナイロボ』
時事ネタというか季節ネタということで。自分自身にはこういう体験は無いんだけど、周りの話ではゲームソフトなんかで似たような話題がちらほら。。
午後、研究室。
忙しいときにこそ障害が続くもんで、昨日夜から共用端末のネットワークが不調。調べてみるにオンボードのNICが駄目になっている様子。仕方ないんで途中でヨドバシカメラに立ち寄ってNIC購入、840円。
書き換えたーコードの速度計測をかねてテストラン。待ち時間の間にNICを付け替えて共用端末のネットワーク復旧。計測の結果、おおよそ30−40倍くらいの速度性能向上、なかなかに気分が良い。ただし計算精度を犠牲にしている面があるので、今後、特にミジンコの移動プロセスを変えていく上で、影響が出ないか十全に確認する必要があるだろう。
本日は夕刻よりカワタ研の忘年会、河田邸にて。ということで、夕刻に撤収。
朝、研究室。
午前中、セミナー。本日は卒論の二人による中間発表。
前半、ワタナベ君。趣旨の研究に向けての研究計画として、まずは基礎情報を得るためにグッピーの測定をします、という内容。なかなかに前途多難の様子。どうにも見ていて手間暇を掛けて砂上の楼閣を築かんとする感ありというか、以降の研究の全ての土台となる情報を得ようとしている割に、どうにもその測定された情報の信頼性に非常に問題がありそうな。
後半、タカシマさん。浦戸諸島のチョウの多様性（野外データはヤマモト君がとっている）を島ー大陸モデルから説明する試み。ランダムプロセスのみを仮定した中立モデルを帰無モデルとして、野外データとニッチの違いとか分散の違いとかいった要因を考慮したモデルとの比較をするという内容。他の要因を仮定したモデルを複数作って比較するとのことなのだが、モデル間の当てはまりのよさを比較したりはできないためにモデル選択的な話は出来ず、結局のところ、（僕が理解したところでは）野外での多様性パターンと比較して、帰無モデルを棄却できる要因と棄却できない要因とに区分けするのが目的のようだ…。
午後、研究室の大掃除。
年末ということで、簡単ではあるが研究室の大掃除。
夕刻、サーバ障害。
サイトウ君から研究室のwebページにアクセスできないとの報告。調べてみたら上流のHUBにトラブルがあって、その下にあるサーバとの通信が途絶えていた。そのせいで、MLサーバとwebサーバが暫くの間アクセス不能状態になっていた。
朝起き。午後過ぎ、研究室。
朝起きて、本を一冊読んだ後、自宅から作業。作業を続けながら昼食を自宅で摂って、午後過ぎに研究室⇒バイト。
プログラムの高速化。
戻ってきて作業続き。単純にステップ数を減らす作業なのでメモすることもなし。
雪が待っているという話になり、腹も減ってきたのでかなり早めに撤収。
朝起き。正午前、研究室。
明け方より小雨、濡れるのを避けて自宅で読書。昨日寒いなか走り続けたせいで変なところに力が入っていたのだろう、随所が筋肉痛。
午後過ぎセミナー(マ)。
前半、冨樫君による研究経過報告と来年度の修論に向けた研究の方向性について。生物の多様性について環境や競争などの要因が作用する流れ図を見せて、それぞれの因子の多様性(アウトプット)に対する寄与を定量化する、というのを目的として掲げていたのだが、今ひとつピンとこない内容だった。
これが、「ユスリカ群集(のなんだろう…アバンダンス、とか？)に対する諸要因の相対寄与率を明らかにする」というのであれば、わかりやすい話だったのだが。
後半、大草さんによる論文紹介。DeMott et al.(2004),Aquatic Ecology. 38(3):433-440.。ミジンコのP含量のvariationの成因は何かという議論のために色々と野外・室内ともに実験して比較している。別データからの転用というわけでもないのだろうが、いまいち比較間の条件が綺麗に統一されていないようでわかりにくい。ちょっと難しいが、データ同士の関連が体系的に整理されていると、判りやすいプレゼンテーションになったかも。最終的に環境要因によってC:P比は変動するという結論に到っていたが、生理的な要因(どういうメカニズムによって変わるのか)についての考察がないのでなんとも。
その点に関して、大草さんの研究はC:P比の低下はカーボンの蓄積(肥満)によるものという仮説を立てて(貰った、と当人は云っていたが…)いて、面白いアイデアだと思った。先行研究によってリン含量の低下に伴う成長率の低下が示されていたのだが、炭素太りの場合には、リンの保持量は低下しないので、成長率の低下が起きないのではないかと質問してみたところ、下がるかどうかは判らないとのこと。後ほどウラベさんが云うには、下がらないと思うとのことだった。
炭素太りによる消費者の成長率の低下を組み込んだ藻類−消費者間の相互作用モデルを頭に思い浮かべつつ、面白い話に出来ないかと考えながら聞いていたのだが、炭素太りによって消費者の成長率が顕著に低下しないとすると、消費者のデメリットが明らかでないので、いまいち面白い(新規性がある)モデルは立てられそうも無い。
プログラムの高速化。
見直すとわりと冗長性を残した(かなり無駄な計算をしている)部分がまだまだある。…のだが、割とコアな部分の書き換えに先に着手してしまったせいで、そっちまで手が廻らず。とはいえ、高速化よりも、モデル拡張部の設計と実装自体に着手せねばならんので、今の書き直し作業は(エンバグしなければ)週半ばまでくらいで切り上げる予定。
比較的夜も早いうちに撤収。…したかったが、ワタナベ君のプレゼンテーション準備にトラップされる。やはり生協がやっていなくて夜食事が出来ないのは、何かと足枷になるような。弁当か何かを用意しておくか、自宅でしっかり食いだめしてから出るかしないといかん。
遠出。
今年の走り納めということで午後から軽く走りに出る。R48〜愛子〜二口〜R457〜
釜房湖〜R286〜折立で、100Kmちょっと。愛子のあたりで路面７℃だったのだが、日が傾くにつれて徐々に気温が下がって結構寒かった。昨年の走り納めでは積雪を見れたんだが今年はどこもまだだった。
で、生物は体温を奪われると動けなくなるというのを身をもって体験する。いや、実のところ毎年寒い思いをして長距離を走ってるのだが、学習したことをすっかり忘れて、体を冷やしたまま乗りっぱなし。だんだんコントロールが悪くなっていくのが判って途中で軽く休憩。それでも、こまめにストレッチとかウォームアップをしなかったせいで、最終的に転けたんだけど。
帰り際、気が緩んだ所為もあっったのか、ターン時に軸足で支えようとして立ち転け。体温下がりすぎてて支えきれなかった。ゆっくり倒したんで車体にもほとんど損傷なし、怪我なし。ちょっとブレーキレバーのタッチが変わったような気もする。車体を起こそうとして体がこわばっててうまくいかず、仕方がないのでエンジンだけ切ってストレッチしてたら通り掛ったお兄さんが引き起こしを手伝ってくれた。直ぐに立ち去ってしまい碌にお礼も云えずじまいだった。改めて有難うございました。
出掛け前にほんのちょっとの心算で本を読み始めて、気が付いたら全巻読み終わっていた。
退屈姫シリーズ（米村圭伍）読了。
全３部＋書き下ろし一冊。時代物にジャンル別けされるんだろうが、明るく軽いテンポでぱっぱと読める。三作目だけいきなりシリアスタッチになり、書き下ろしでまた元に戻るせいでちょっと戸惑う。基本的には、ふんだんに振り撒いた伏線をきちんと消化していくライトなミステリとしても読め、読み進めるのに爽快感がある。
作風としては、古くは柴田錬三郎や山手樹一郎から、池波正太郎や隆慶一郎などの流れを受け継いだ感じに思えるが、もっともっと現代風にアレンジしていて、徹底して娯楽小説として読める。江戸時代という設定だけ借りてきて、魔法使いやメカの代わりに姫様やら忍者が出てきてというのは、山田風太郎に始まる伝奇物の流れとはまた別に、ライトノベル的な手法で書かれた時代物ファンタジーという読み方が的確かも知れない。
魔法もSFも学園物も、かなりの部分が消費されてしまった感のあるライトノベルには、案外こういった方面からの合流があるのかもしれない。単にそれぞれの境界が希薄になっているだけかもしれないが。
午後過ぎ、研究室。
どうも一日中頭の回転があがらず。ひたすら低調。
午後過ぎ、輪読会(占)。やっぱり頭の回転が下がったままで、どうも調子が良くない。ぐだぐだな感じだった。
プログラムの高速化。適当に弄る作業をぼちぼち開始。可変長に出来るよう拡張して、使う都度計算している部分を固定長に変えてみる。とりあえず速度テストのために計算を仕掛けて、結局、頭の回転が終日あがらないまま撤収。
メモ：名前ランキング2004
今年もランキングが発表されている。毎年思うのだが、ホントにこんな漫画に出てくるような名前が上位になってるんだろうか。
午前中、私用。正午過ぎ、研究室。
午後過ぎ輪読会。僕の担当で最終回。今日で終わらせるという予定であったので、二時間で大量に喋る。かなりハイペースで喋りっぱなしだったんで、少し喉が痛い。輪読会とか勉強会みたいな場では、とりあえず自分が識っている事は洗い浚い喋る習慣が身につきつつあるんで、今回のようにかなりラフな説明で終始進るとどうも落ち着かない。そういう意味では、占部研の輪読会のほうが自分の肌には合っている気がする。
今は大宰府にて研究をしておられるミカミ氏より研究室宛に御歳暮を戴く。相変わらず義理堅いというかマメな人だ。ありがとうございました。
暫らく輪読会の準備にトラップされて中断していた、ミジンコの集合プロセス(移動パターン)に関する調べものを再開…は、そろそろ適当に切り上げて、簡単そうなものから設計を始めないと３月に間に合わなくなるな。大体のアイデアは固まってきたのだが、どういう形でデータを取って、どういう形に集約するかという、全体のストーリーの落としどころが悩ましい。
それとは別に、修論のときにやった二種共存に関するモデルもリファインして、比較的短時間でまともな形に纏められるんじゃないかと思い始めた。
本日は定例の朝セミナーはなし。というワケで鬱陶しくなっていた髪をきりに行く。
正午過ぎ、研究室。
午後過ぎ、昨年マサヨシ君が使った相同性解析のプログラムを今年も菊池君が使うということなんで、昨年作ったインタフェースを引っ張り出して、残ってたメモ書きなんかを読み返して使い方を思い出しながら、菊池君にレクチャー。やっぱり幾つかトラブルが出て、今回は主にデータが完全に定型フォーマットになっていなければ弾くという仕様に由来する問題だった。自前のインタフェースを噛ませてある部分は丸められてて回避できるんだけど、もうちょっとフレキシブルなコーディングが出来なかったものかと今年も思う。やれやれ。
夕刻、千葉研ミウラ君による英語セミナー。…だったのだが、秋頃に日本語でやった内容だったこともあって質問しづらかった。いずれにしても聞き取りと意思伝達の両面で英語力不足が深刻な問題である。
夜頃、クマキ君からgccの最適化オプション(-O)について訊かれる。僕は普段level2で最適化をしているのだが、レベルごとの最適化がそれぞれどこまでやるかは説明できなかったんで、マニュアルに載っている旨を告げたところ、単純に最適化オプションの存在を知っているかという問いだったらしい…。
ついでだったんで、マニュアルを読み返してみたんだが、よくよく見るとコンパイル時間自体がネックにならないなら、level3でも良いような気がしてきた。
またしても何日か分ほど更新忘れ。自宅作業はここいらにも弊害が出てくる。
正午過ぎ、研究室。
午後過ぎバイト。本日は日がな一日かけて輪読会の準備。メンドいなあと思ってやっている所為もあって終わらぬ。
自宅作業
色々やらなきゃいけないことが溜まりに溜まってるので、自宅に引き篭もって片付ける。ノイズレスな環境なので、でれでれと論文を読んだりするのには良いのだが、飯も食わなくなるので諸刃の剣、というか。予定の６割程度しかこなせずげんなり。
夜、土居さんよりメール。自由集会の日程が決まったとのこと。
3月28日(月)17:30-20:00より、（自由集会13）『藻類-藻類食者の関係を考える：統一的な理解を目指して』ということで、一人当たり質疑応答込みで30分くらいくらい喋ってよいとのこと。それにしても、自由集会が全部で25題もあるのはやっぱり多い…
週末は溜まっていた本(その他)の消化とか鍋食ったりとか。
『灰羽連盟』観た
安倍吉俊のファンなので、いずれ観ようと思ってたのをようやく観た。lainほど奇天烈に真っ黒な電波でもなく、nieA_7ほどはっちゃけて斜め方向に電波系な作風でもなく、しっとりと穏やかな出だしで始まって、闇が滲みつつ暮れて夜になるような内容で、昨今にはあまりない感じの作風。ある程度時間をとって、一話目から全部纏めて観てしまうのがよいかも。
午後、研究室。
午後過ぎ、輪読会(占)。だったのだが、出る直前に研究室のプリンタのドラムの寿命が来たという表示。ちょうど交換用の予備を切らしていたため注文したりしていて遅刻。
プリンタ設定(cliant-lpd⇒server-lpd⇒printer)。
上の用件のおかげで、少し前にクマキ君から計算機から印刷がしたいので何とかならないかといわれていたのを思い出した。
計算機どもはゲートウェイとなっているサーバからprivateIPを発行されていて、計算機だけで独立した研究室内イントラネットを構築した上でNISによってユーザ管理されている。なので、NISのプリントサービスを使えば簡単にできるだろうと思ったのだがうまくいかない。
色々試した挙句、よくよく考えたらNISサーバ(兼ゲートウェイ)でlpdが動いていることに思い至って、そちらで動いているlpdにプリントキューを投げてやればもっと簡単にいくことを思いついた。lpd側で登録しているプリンタ名をクライアント側でリモートキュー名として設定して、イントラ側から見たGWのprivateIPをプリンタアドレスとして指定。これでおしまい。ためしに設定を変えてみて、ちょいちょいとテストしてみたらあっさりうまくいっておしまい。最初からこうすりゃ良かった。そのうち全計算機に同様の設定をするとしよう。
ところで、この方法ってもしかしてlpd⇒lpd⇒…lpd⇒ptrみたいな感じのlpd-chainとか、lpd1⇒lpd2⇒lpd1⇒…みたいなlpd-loopが出来ちゃうってことか？ やる意味は無いしloopのほうは困るだけなんだけど。
朝、私用。昼、研究室。
午後過ぎ輪読会。前半津田君が先週の続き、後半僕が担当。内容の半分しかもって行かなかったのに全部終わらず。ちとペースがゆっくりだったか。しかも途中で自分の作ったレジメに意味不明な箇所があったりしたし。駄目すぎ。
夕刻から調べものあれこれ。思ったように良い資料が見つからず。幾つか文献を眺めてから、久しぶりに早めに(とはいえ夜過ぎだが)撤収。
朝、研究室。
本日はまたしてもセミナー三昧な日。疲れた。
午前中、セミナー。担当はショウジさんでD論の中間発表。結果の図が判りにくかった。本人を見ているとなかなか大変そうだ。来年は吾が身。
午後から論文セミナー。担当はマサヤ君によるKadmon and Shmida(1990), Am.Nat. 135:382-397の紹介。metapopulationな数理モデルを立てて、イネ科の植物を使ってsource-sinkなハビタットパターンの存在を野外実験で示した論文。モデルもシンプルで実験デザインも(継続期間の短さを除けば)すっきりしている。結果もクリアカットで申し分なく、コンパクトな議論に纏められている。マサヤ君の説明も簡潔で判り易かった。
午後過ぎ、セミナー(マ)。 前半、岩淵君担当で論文紹介。Hall et al.(2004), Ecology 85(8):2291-2301の紹介。grazerのC:P比率を介した競争の話。個人的にはpredatorがセストンに与えるであろう正の効果(grazing pressureの引き下げとgrazerにストックされたPの解放)について、もっと言及されてれば、（僕にとっては）より面白い研究と感じただろう。
後半、河内君による論文紹介。Sommer(2004), Freshwat.Biol. 49:1495-1504の紹介。だったのだが、研究の目的⇒結果の持つ意味⇒研究の意義・新規性という流れが強調されないプレゼンテーションで、いまいち判りにくい内容だった。最後の方で、安定同位体の生体内残量が炭素と窒素で違う理由について判りやすく説明できないか、と僕のほうに話を振られたのだが咄嗟に答えられず、不勉強であることを露呈してしまった。
かなり簡単に概要をメモしておくと、両元素での代謝経路の違いが反映されていて、炭素は分解された後に体内で再利用されるために生物によって同位体/非同位体比率が変わらないが、窒素のほうは分解されたものはそのまま出て行くだけなのでめ、軽いほうが優先的に出て重たい同位体が体内に残るとか言う話であった。
もひとつ、"The world is green"とは何かという質問について：
出典はHairston, Smith and Slobodkin(1960), Am.Nat. 94:421-425.。“The world is green"という言葉で知られ、論文著者の頭文字を取ってHSS仮説と呼ばれる。
ごく簡単に概要を説明すると、陸上の生物群集は機能的に、肉食者(predators)→植食者(herbivores)→植物(plants)の三つの段階に区分でき、各段階の生物は一つ下の段階を食べている。このとき、肉食者は捕食によって植食者のバイオマスを抑制しており、結果として植物への草食を緩和していると説明する概念モデル。“The world is green"という言葉はつまり、陸上の植物が肉食者のおかげで食べ尽くされることなく地上は緑色に見えていることを言い表している。
この仮説で重要なのは、生物群集を機能的な栄養段階として階層化することを提唱した点であり、後にtrophic (level) cascade (=top-down/bottom-up effect)の理論へと発展し、1970-80年代には活発な議論がなされた。
と、こんな感じかな。かなり適当な説明であるが事典風に。セミナー中の質問に河内君がうまく答えられていなかったので、ここでこっそりとフォローしておく。
午後過ぎ、研究室。
寝過ごした。久しく無かったミスだったんで目を覚まして愕然となった。enrichmentの話だけは聴いておきたかったのに。大失敗だ。
12月18日〜来年3月いっぱいまで青葉山理薬キャンパスは改修工事のため分散して営業とのことだ。わざわざ修論やらD論やら春先の学会準備やらある時期にやらないでも良かろうにと思う。それでなくとも青葉山の各キャンパスの住人の生協(食堂・購買)に対する依存度は只事ではないほど高いので、なんにせよ暫くはきわめて不便だ。
輪読会準備つづき。
今週で津田君が終わるということで、年内というか今週後半から担当が廻ってきた。で、レジメ作成作業をしているわけなのだが、長い。教科書の丸々一章を一人が担当するというシステムなので延々と作業が続く。今週分くらいは出来てるのだが、まだまだ結構な量が残っている。「一人あたりは１ページ弱のかわりに毎回全員担当」という極端に対照的なシステムを採用している占部研の輪読会と比較すると、僕としては日常のルーチンに組み込める後者のほうが楽かなあ。
この本は僕で終了となるけど、次の本からについては、一人当たりの分量は減らして人数の回転率を上げるように提言してみよう。何よりも自分が楽をするために、ではあるけど、自分が楽になるということは他にも楽になる人があるはずだ。
週末は3ヶ月ぶりに車に乗った。オートマだと楽だ。とはいえ、かなり久しぶりで危なっかしいスタートで、自動車学校の実技検定運転なら一発でアウトになるであろうミスを何回かやった。幸いなことに歩行者がいなかったり、対向車がいなかったり、後続車がいなかったわけなのだが。
朝、研究室。
本日は朝から山村則男さんによる大学院(前期)の集中講義『数理生態学入門』。かなり網羅的に広く浅い内容。丁寧で判りやすかったけど目新しさはあんまりなかった感じ。まず数理モデルで骨子を説明した後で、実際の野外などでの研究例とリンクさせて話が進むので、数理モデルにありがちな(と僕は感じてしまうのだが)現実の生物との乖離を感じさせ内容に配慮された説明だった。
とかいいながら、色々とやることがあって途中で退席。夕方聞いたところによると、僕が抜けた後あたりからは結構難しくなったそうで。メニューを見ると明日の内容は面白そうなので、明日の分は全部聴こうと思う。
メモ：『五人姉妹』(菅浩江)、文庫版が1月上旬発売
『永遠の森』と並ぶ菅浩江の代表作短編集がようやく文庫版で刊行。今から楽しみ。
伝聞：Amazon.jpの手数料が…
たしかにすごいことになってる。ちょっと前に値段が暴落したのだけど、暴落前の値段で仕入れちゃって在庫が捌けなくてどうしようというところか。それにしても無茶な。
昨日は一時サーバがおちてた模様。
朝、研究室。
午前中、セミナー。今週はセミナーが二回あって、本日はタグチさん担当で修論の中間発表。どうもまだ結果がまとまっていない様子だった。後半はカワタ先生のシミュレーション結果についてカワタ先生が答えるという妙な展開になっていた。
正午前、私用で街へ。先月分の各種引き落としと給金の振込みタイミングがずれていたために、各種振込みをそれぞれ手でやる羽目になったのだった。戻ってきてから、こまごまとした用事を片付けているうちに、午後過ぎ、輪読会(占)。ここ数日変な睡眠サイクルな所為で眠い。
プログラムの高速化
夜、コードを弄りなおすためにソースを引っ張り出して眺める。うわ、あちこち、メンドい実装がされてて弄るのヤだなあ。誰だよこんなコード書いたやつ責任者出てこいという気分だ。自分に対して。
何箇所か手直しはできそうなんだけど、ヤだなあ。ロバストな設計をしたつもりになってたんだけど、ある程度経ってから見ると色々と小細工の跡が見て取れる。で、気が付いたら意識が夜半過ぎまでトんでいた。
午前中、お仕事。
お仕事は今日でおしまい。来年度も受けたいものだが、さて、取れるかどうかチト微妙な雰囲気。学会の参加費やら旅費やらをここから賄っていたんで、来年度取れないとなるとかなり厳しいのだが、どうしたものやら。
午後、研究室。前日の調べもの続き。
ウラベさんに先日のintraguild predationの研究の話を振ってみたら、すでにEcologyにpublishされているのを教えていただいた（Matsumura et al. 2004, Ecology 85,9: 2601-2615）。どうやら著者の中に入っているFaganという方のDenno and Fagan 2003, Ecology 84,10: 2522-2531が理論背景にあるようだ。この号ではomnivoryについての特集が組まれていて、そのうちの一報だのだが、その次にS.Diehlも理論研究の論文を出している（Diehl 2003, Ecology 84,10: 2557-2567）。Omnivoryについてのstoichiometricなアプローチ（=草食より肉食のほうが旨い餌か？）というのは思った以上に進んでいるようだ。
一通り俯瞰してみると、僕が考えている共食いのモデルとはやや違うようではある。陸上の話はまだC:Nな話が大部分で、旧来のresource use efficiencyな話の延長という雰囲気があるように感じられる。とはいえ、ここ数年（少なくとも10年とは経っていない）で、急速にホットな分野に成長していて、陸上系でもこの手の研究がどんどんやられている。本気でネタにするつもりなら、うかうかしてられないか。
といいつつ、まずはミジンコの移動性やら集合パターンについての調べもの開始。次の研究テーマからこなすのが先。やはりモデルは設計段階であれこれ悩むのが楽しい。
本日より12月。年内には投稿したいが、カワタ先生の雰囲気を見ると微妙な感じ。
午前中、研究室。
朝、セミナー。少々遅刻、面目ない。最近弛んでるなー、風邪引いたのも気が緩んでるからか？担当はマツシマさんでD論の中間報告。
セミナー中にAICについての話が出てきていて、今まで漠然としたことしか知らなかったのでいろいろと調べてみる。値が小さいほどモデルの当てはまりが良いというのと、値の小さいほうを｢良いモデル｣として採択するというところまではなんとなくそうかなと思えた。のだが、散見する例を見ると、「AではAICが500幾らだったのに対して、Bでは0.2ポイントほど小さいんでBがよい」とか「AではAICが-300幾らだったのに対して(以下略)」というように、例ごとに極端に絶対値が違う。極端な話、AICがアベレージ2億ぐらいのうちの一つが0.1ポイントくらい小さいとき、それでもそのモデルを採択していいのか？というハナシで、候補に挙がっているモデルそのものについて、ここからは意味があってここから先はナンセンスとかいった線引きはできないんだろうか？
AICの値でモデルのよしあしの比較をする記述は結構見られるのだが、値そのものの大きさに関する記述があまり見つけられなかった。早い話が値そのものが持つ意味はあんま注目しても仕方なくて、モデル間比較するための方法なのだろうかという理解をしたのだけど、…どうも自信がもてない。きちんとした教科書なりを読めばそこらに関しても言及されてるのだろうか。マツシマさんの例では、それぞれのモデルごとに検定をしていたみたいだが、勉強不足なのでそれがどのくらい妥当なものかは判らなかった。
などと調べたりしてたら午後いっぱい使ってしまった。おいおい…。夜、別の調べものをしようと思ってEcologyを引こうとしたら図書館で契約手続き中になっていて読めず。ずいぶん前にも手続き中と書いてあったと思うんだが、そんなに時間の掛かるものなのだろうか。
夜半過ぎ、マツシマさんから僕の作図に関してアドバイス。分散のバーに意味があるのかという指摘だったのだが、自分でも薄々感じていた疑問なんで、元のデータ点をそのまま載せる形式で書き直してみた。こっちのほうが良いような気がしてきたんで、明日当たりカワタ先生と相談してみるとしよう。
輪読会、年内には自分の担当が廻って来そうにない感じで、レジメだけ作って配布することになった。現在のところ1/3くらいは上がっていたんだけど、うーん、なんだかな…。