99 論文書き（日本語）
90 論文書き（日本語⇒英語）
40 研究計画
午前中、セミナー。午後過ぎ、セミナー(マ)
午前中のセミナーはマツシマさんによる論文紹介。適応分化によってgene flowが出来るのか、gene flowがあるから適応分化が起きるのかを、ナナフシを使って調べた研究。データの取り方についての手法などはごくごくスタンダードで妥当な感じ。出てきた結果とそれによる結果も悪くなさそうに見えた。それなのに全体の見通しが悪かったのは、端的に言うと仮説の立て方が良くない。
正午ごろバイク屋より連絡。ヘッドライトが車検に通らなかったらしい。で、部品交換との旨、追加で３万…。巫山戯ているのか嘗めているのか知らないが、そういうのは見積もりの時点で判るものではないのか。「これにもお金が掛かることになりました」といわれれば唯々諾々と金を出すと見られたのか、どうにもこちらの素人振りに足元を見て吹っかけているように思える。途中で止められない一種詐欺のようで、信用ならんというか不信感が拭えぬ。次からはバイク屋を代えるか。
セミナー（マ）、前半、ヒガシカワ君による論文紹介と研究計画。後半、ワキさん担当で研究紹介。M1,B4ならああいう感じのセミナーかなというところ。
論文書き(日本語)
夕刻過ぎより作画作業。大体の目処はたったかな。残りパラメータまで一気に書いてしまおう。
午後、研究室⇒バイト。
足がないとすぐさま出不精になってヒキコモリになりがちなのが困りもの。まあ町とかに買い物は行くんだが、山が物理的障壁になってるのだろう。なんせネットワークのおかげで計算結果は自宅で整理できるうえに、文献を持ち帰っている所為で完璧に自宅で作業できてしまうのがまずい。
夕刻くらいから、計算機のセットアップにトラップされる。2台ほど新マシン、一台をOS入れ替え。新マシンはなかなかに速く良い感じである。
論文書き(日本語)
めためたであった箇所を直していた所為で作画とパラメタについての記述の直しができず。明日中には少なくとも作画をして、メールで送ると宣言してしまったのだが、間に合うかな。
久しぶりに日付が変わるまで研究室。
午後過ぎ起き、自宅作業つづき。
残すところモデル部分の追記と作図のみ、ということで、提出用に構成を見返すとちぐはぐな箇所がたくさんある。印刷してみていくと実に酷いもので校正で真っ赤になってしまった。というわけでこれを修正中。
なんにせよ論理構成を日本語でしっかり組み立てておけば、英語にしても構成は問題ないと信じたい。英作文の方は課題山積みだけども。
午後過ぎ起き、自宅作業つづき。
買いためていた本を読み始めてしまい、殆ど進まなかった。
Kooijman(1998,2000)とかMuller達(2001)が書いている論文に出てくるSynthesysing Unit (SU) Conceptについて。
あくまで僕の理解できる範囲で要約すると、Liebigの"Law of minimum"をより生理的な側面に目を向けてモデル化するためのアイデア。藻類のように資源要求して生産するようなものを酵素のような生合成ユニットとみなす。ユニットはその特徴としてbind siteを持っていて、複数種類のbind siteを持つときには原則としてそれらは独立に基質と結びつき、全てのsiteが基質と結合できるまで反応は開始しない。このときbind siteの数は藻類でいうところのminimum cell quotaと同義と捉えることができる。
普段何気なく窒素不足だのリン欠だの云ってるけれど、ではそれを生理的に実現している機構はどうかといわれると一言で説明するのは、それでもやはり難しい。最小律自体はドベネックの桶によってイメージ的に理解し易い。SUは木桶の絵の代わりに酵素に置き換えたものであるわけだ。しかし、この置き換えのおかげで、不足分だけ生産量が下がるという説明でなく、最小要求量が満たされなければ生産がはじまらないという説明に置き換えることができる。
バイク屋より連絡、車検用の書類のために夕刻バイクやへ赴く。数日前より連絡を受けていたようだが、携帯を確認してなくて気が付かなかった。毎度のことながら携帯の意味がない。おかげで本当に6月いっぱい掛かってしまいそうな感じ。
午後過ぎ起き、自宅作業。
持ち帰った論文を眺めつつ、必要な個所をピックアップ。
計算用スクリプトの手直し。自宅から計算を仕掛けるときに間違えて同じ場所でもうひとつ仕掛けるのを防止する。間抜けなことに、特に自宅からだとこれを多々やってしまう。ということでロックファイルを作って二重起動を防止する。
#!/usr/bin/perl
# スクリプトのロック開始(killされたらロック解除)
$LOCKDIR="PROC.IS.LOCKED";
$SIG{KILL} = $SIG{HUP} = $SIG{INT} = $SIG{PIPE} = $SIG{QUIT} = $SIG{TERM} = \&unlock;
sub unlock { rmdir($LOCKDIR); exit; }
if(! mkdir($LOCKDIR ,0755)) { print("$LOCKDIR exist.\n"); exit; }
[ここに本文]
# スクリプトのロック終了
rmdir($LOCKDIR);
CopyPasteするために改行は少なめ。プロセス自体をkillすることがあるんでシグナルを捕まえるようにしておくと、簡単な仕掛けだが存外に役に立つ。mkdir()なのは以前使っていたif(open)⇒system("touch FILE")より短くてすむから。
午前中、おしごと。午後、研究室。
時間変更と折り合わず、本日は輪読会(占)を欠席。で、研究室に着いて、事務仕事を片付けたり図書館に文献複写に行ったりしてるうちにセミナー(マ)の時間を過ぎてしまい、本日はこちらも欠席。
論文書き(日本語)
輪読会とセミナーをすっぽかした御蔭で、めぼしい文献はリストアップされきって2･3を除いてほぼ揃った。孫引きで未読のものもあるので、次の作業はこれらに目を通すこと。
そのあとは、パラメータの部分についての書き直し、排除時間の結果を使って議論の記述修正と全体の構成の見直し。残りのこれまでに出してある個別の動態などの作図と、今やってる結果の作図(終わり次第)。結果は計算中の不完全な絵で代用するとして、来週頭には持っていけるかな。
計算機(新)
本日発送したというメールが届く。早すぎる。事務の受け取りの関係でこれも週明けの仕事になりそう。
午前中、研究室⇒輪読会。午後、輪読会。
バイクシューズで歩き始めて一週間弱、早くも靴擦れが出来てしまった。平生どれだけ歩いてないかを如実にあらわしていて情けない。
夏前の特別進行週間、第一週目。担当のダイチ君は非常に丁寧にやってくれて解り易かったのだが、最後の方は皆バテバテであった。来週もう一回同じ進行でやって夏前は終了。
論文書き(日本語)
作画続き。とりあえずまともっぽく見えるスクリプトは書けたので一旦完了。後は結果が出揃ったところで一気に仕上げることにする。
排除時間の絵を河田先生に見せたところ、とりあえずそれを含めて書いとけということに。というわけで、リファレンスの整理と構成の見直しとモデル部分の書き直しに加えて、結果と議論の書き足し・書き直しをする。
リファレンスの整理をしてゆくにつれて、取り寄せて読まねばならぬ論文が増えていって滅入る。
午前中、研究室⇒セミナー。
担当ツダ君にて研究発表。プレゼンにやや難有り、長い上に結果の説明が良く理解できなかった。モデル研究を魅力的に説明するのは難しい、自戒も込めて。
午後過ぎ、研究室を抜け出していい加減鬱陶しかったので散髪。
論文書き(日本語)
とりあえず作文作業を棚上げにして、返って来始めた結果の整理と作図。出ているデータ分まででメインとなりそうな競争排除に要する時間の作図をして、それぞれ空間がない条件のものと空間あり(攪拌１回/日)の一部。だいぶ圧縮かけてあって見づらいが結構クリアな結果で嬉しい。個別の作画作業もぼちぼち。
午前中、研究室。
台風一過、昨日とはうって変わって快晴。湿度も低く、歩くには良い天気といえる。徒歩での往復が覿面らしく、一発で早寝早起きにシフト。
あんまり早くに目が覚めたもので、昨日Amazonから届いた『反社会学講座』を朝から読了。web版の少子化のところまで。違いは後書き相当分の最後の一章のみ（23日追記: もう一章あった。）だが、まあ面白かったから良しとする。Web掲載の文章の単行本化なら値段も1500円だしこんなもんだろう。
正午過ぎ、カワタ先生に駄目元でどーですかと振ってみたら通ってしまったんで２台ほど新しい計算機の発注。これから先、学会やらなにやらで計算が殺到するのは目に見えてるんで、この時期に速いマシンが追加できるのはありがたい。
午後バイト。夕刻、バイク屋より連絡。チェーンも交換の必要あり、とのことで追加料金が発生。+一万くらい？ そのお金をどこから捻出するかが大問題だ。
論文書き(日本語)
計算終わらず。今までやってた計算日数が300日に対して、競争排除がもっとも遅れるところだと3000日以上なんでこれは仕方がない。上限10000日に設定しなおして再計算開始したのだがレプリケートが採りきれるのはいつのことになるやら。他の条件の計算は順調に終わりそうなんで、様子を見つつ順次そちらに流していく他あるまい。というわけで残すところ作図(結果待ち)とリファレンスというところ。
書き上げたものを見直し。案の定モデル部分とか駄目駄目で情報が足りなさ過ぎ。データの出展とかパラメータの根拠とか、結構書き足したり書き直したりする必要がある。
午前中、研究室。
本日より徒歩生活。九州に台風が居て蒸し暑い中、てくてくと山の上まで歩き汗だくに。午後のセミナー(マクロ)はなし。
論文書き(日本語)
競争排除に掛かる時間の計算、結果の第一弾が返って来始めた。計算が終わった計算機に次の計算を仕掛けてから出ている分の結果の整理。まだ一部だが、なかなかよさげな感触。ただ、計算日数を3000日で仕掛けていたのだが、3000日を越えても結構な種数が残っている結果が結構見られるんで、その結果についてはもう一回上限をあげて計算させなおす必要がある。
で、久々に議論部分に手をいれる。文献を引きつつロジック周りの補正。
台風接近中。
徒歩、傘なしなので、雨が降り出す前に論文をたくさん抱えて自宅作業にスイッチ。本日は撤収。
正午過ぎ起き。
午前中、バイク屋から費用の見積もりの連絡。15万弱は掛かるとのこと。
論文書き(日本語)
文献も目ぼしい処は大体出た感じ。大まかに目を通し終えたら適宜引用していくことにする、と。
午後、バイク屋。
結局予算15万以内でということで(これでもかなりキツイんだが)、タイヤ前後、パッド前、ブレーキフルード前後、オイル･プラグを交換、でエアクリーナーは出来れば清掃でということに。結局6月いっぱい位掛かるとのこと。
で、久しぶりにそのまま町まで歩いて出て、買い物やらなにやら。
午前中おしごと。午後研究室⇒輪読会。
お仕事の合間にメールサーバでprocmailとSpamAssasinを弄ってたら、どうも自分の/var/spool/mailを壊されたらしく、mew/pop3でメールが取れなくなった。mailで一覧表示されたら直ったのだが、理由が良くわからない。mail-checkのメッセージがおかしくなってたんでそこらが原因という気はするんだが…。
で、Vine2.1でSpamAssasinを動かすためにはsrcからrebuildするか、tarballからmake installするかなのだが、RPMのほうは依存が多すぎて途中で投げてしまった。で、make installしたんだが、perl5.0.1では動かぬらしくこっちのupdateもせねばならぬ。最新のものにするのに、今メールを読んでるマシンのVine2.1.5はaptではsourcelistの方にない。しょうがないんで、perlだけは特別扱いしてCPAN使ってupdateしようとするも見事に失敗したんで面倒になり放置。
次に立てるときにはVine2.6いれて、VineSeedPlusにあるやつ使うことにしよう。
論文書き(日本語)
文献探しに終始。目ぼしいものから孫引きして大体完成するかなという感じ。文献に目を通すのと使えそうなコンテクストをピックアップするだけで、本日は原稿の進捗なし。
午後研究室⇒輪読会。
次週から一人一日かけてちょっと早足で消化ペースを速めることになった。午前中華r開始して午後は終わり次第解散という形式に変更。
先日のドキュメントスキャナは個体群生態学会の雑誌『Population Ecology』の1998年以前のバックナンバーをPDFで公開するためのものであったらしい(当時は、『Reserch on Population Ecology』という名前だった。1999年以降はSpringerのほうで読める)。手間を考えて画像をPDF化してサーバにおく形式にするとのことだが、なんにせよありがたいことである。そのための人員もついて着々と作業が進んでるようだ。
どうでもいいが「Full texts of pdf files will be available」てのは終わった後で書いたほうが良いんじゃないだろうか。(18日追記：と思ったら文面消されてた。捕捉されてるのか、ここ？)
論文書き(日本語)
計算の方はツダ君の計算と重複したんで更に時間がかかる予定。2･3日中に必要な資料･文献に目を通して論文のロジック補強とリファレンスのまとめをする、と。
本日は議論のロジックの推敲やら説明順の検討、の続き。大まかに書き上げて、文献的に怪しいところがそろそろ飽和してきたんで、文献に当たりなおし。ついでにリファレンス表も作成するとしよう。
メモ。
ここしばらくの読冊日記の記事。つらつらと眺めるに何とかに刃物というか子供にwebというか…。遊び方(というかリスクか)を教えないでやりたい放題できる玩具を与えたらそりゃやりたい放題や
るわな、というだけの気もする。ジェネレーションギャップとは思いたくないところ。言いたいのは、お行儀良くしろって教育じゃない。無法をやるなら無法をするだけのリスクを覚悟させないとただの暴走だ。
「気分は文化人類学者」、「奇妙な習慣、謎の風習に満ち満ちた未踏の大陸」などと評されているけれど、少し眺めた限りでも、確かに異文化という体で実に面白い。Coworkerの囲い込み行動なんかを見ると、僕なんかはどちらかというとSociobiologyというフレーズがちらほらと頭に浮かぶ(とか書くと紛糾するけども)。こういう文化や2chをはじめとした掲示板文化を眺めるにつけ、人間行動とその相互作用･社会性といったテーマにはうってつけの材料じゃないかと思える。
そういう意味では、実質被害も出始めているのに実に無責任なことを言うと、子供の遊び場というのは表向きで、実は奇妙な儀式的行動様式を持った社会性生物(しかもその行動は演繹的解釈が可能である)による個体間相互作用を観察する場を提供してくれている、とも捉えられる。
早朝起き⇒研究室。午前中セミナー、午後セミナー。
白々と明けはじめに就寝、日の出とともに起床、…あれ？ 基本的に(二度寝しなければ)日の出とともに目を覚ますのだが、本日は流石に少し眠い。
セミナー、本日はNICHe(生態学とはたぶん関係ない)にいったタケイさんによるセミナー。ガイア理論に引き続いてXYZ理論とかいう活性酸素消去能測定方法についての話。相変わらず胡散臭げな話をしてるのかと思いきや、XYZとやらは現在日本で標準となってるらしい測定試験の基礎理論なんだそうだ。簡単に言うとこの結果でもってポリフェノールやらカテキンが活性酸素に良いいわゆる抗酸化物質であるとしてるらしい。で、すでに現時点での成果でXYZ理論は怪しさ満点、というか端的にいって指標になり得ないという結果が出てるとか。
奥様向けの健康科学系番組が如何に疑似科学的測定に立脚しているかを如実に示しているわけだが、この測定方法、なんでもいろんな企業が十数社だか参画しているらしいんで、逆に論文にするのに圧力かかったりして(無論冗談ですよ？)。
午後過ぎ、自主ゼミ、西野さんによる中立説ばなし、先週の続き。パラメタがかなり複雑で難しい(というかややこしくて理解しにくい)論文であった。最後のほうは皆ゲンナリしていた。
夕刻、またタケイさんが研究室に遊びに来て（いや、D論の相談だと思うけど)、サッカーをせぬ僕には久方ぶりに一緒に夕食を食べに行く。相変わらずであった。
論文書き(日本語)
先日仕掛けた計算が終わらない。これには計算間違いがあって(コードに余計なものが残る、CopyPasteの失敗の典型例…)途中でやり直したのもあるのだが、排除時間を見るために1種になるまでの時間を見ているのが大きい。２種まではかなり早く決着がつくのだが、最後の１種になるまでにその倍くらいの時間を要する。２資源競争系なんで当然といえなくもないが、２種になるまでの時間でカウントすべきだったかも知れぬ。
しかし、排除時間を見るとかなり綺麗に結果が出ていて、結果としては300日目の種数をカウントするんじゃなくて、排除されるまでに要した時間を条件ごとにカウントアップしたほうがすっきりしてるような気がしてきた。見れば見るほど中途半端な300日目の種数を見る意味が…。もちろん、現実の系における有効な生態学的時間スケール比較的短期間内(=一年弱)でどれだけ維持されるかこそが重要となってくるはずに違いないに決まってる、とか何とか「言い訳」はしてある。しかし、排除時間を見ればこれ必要がなくなるんだよなあ。
というわけで、あれこれ悩んでいてもどのみちススまないのは見え見えなんで、しょうがないんでアウトラインカテゴリだけ切ってあるんでその範疇に含まれそうな記述を思いつく限り羅列していく「作業」開始。暫く論文を探したり読んだりしてるおかげで語りたいことはそこそこある（山ほどある、とならないあたりが情けないが）。現時点では取り敢えず取捨選択も順番の推敲もしない。何せこんな論文あったよなという記憶だけで適当に書けるだけ書いたんで、これが存外に捗った。後は推敲とホントにそんな論文あったっけという証拠固め、というところ。
残すところ後は、議論の続きと、今やってる計算結果の追加と、拡散係数を変えた条件の計算の追加、それに作図、リファレンスのまとめ、構成の見直し、だ。こうして書き上げてみるとまだまだ山積みにも見えるが、計算が終わるまでに議論を書き上げるくらいのペースじゃないと時間的にもかなり厳しい。
午後研究室⇒バイト。
夕刻、カワタ先生の新しい玩具が届く。セットアップしてテストまで終了。連続して高速にスキャンできるんだが、用途は判らない。
論文書き(日本語)
Introductionについて大まかに終わりまで書き上げた。議論で苦しんでいるのと比較すると割合にすんなりとあがったように思える。後は議論部分について、論文探しと論文読みの続き。追加で計算している結果が上がったら作図追加、と。きちんとした(まともな)作図に時間を割くのは一番最後で良いかな。何とか今週中に終わらせる、積もりで頑張る。
メモ
東大海洋研のページに窒素安定同位体比なるコンテンツが出来ている(前からあったのかもしれないが僕は知らなかった）。海についてではあるけれど窒素循環についてかなり詳しく書いてある。Biogeochemistryとかになるのかな？どちらかというと今の僕自身に直接係わりのない領域という気もするが、とても参考になる。
午後研究室⇒セミナー(マ)。
本日は占部研B4の蔵王芝草平コンビによる研究発表。前半、コウチ君による芝草平池塘群におけるバクテリアと従属栄養鞭毛虫の個体数と環境要因から見た栄養関係、のはなし。
後半はシモヤマ君による池塘間での動物プランクトン構成の違いの成因について。標高が高く水深の浅い蔵王芝草平の池塘群ということで、UVが聞いているかもという研究の見通し。
一箇所に大小多数の池塘がある、雨で池同士がつながったり、小さい池は干上がったりというフィールドはモデル系としても非常に面白そうな場所である。国定公園ということで地形改変を伴う作業が出来ないという制限は差し引いても魅力的である。
生態学会(釧路)、予定
ようやく日程やら確認できるようになった。僕自身の発表は8月26日(木) C会場ポスターということで、大まかな予定が決められそうだ。
今のところ決まっているのは、
24(火) 仙台港発(20時)
25(水) 苫小牧港着(11時前)⇒釧路まで
26(木) 午前中[S5]⇒正午ポスター発表⇒午後[S6]
27(金) 決まった予定なし⇒夜懇親会
どこか 苫小牧発(19時)
てところか。まともに『学会』に行ってるのは実質26の一日だけかい。良いんです、今回は魅力的なシンポとか少ないから、と無責任かつ人任せな言い訳をして、と。カワタ先生は発表が27になったおかげで早々と帰れるとか云って喜んでたけど、そんなんで良いのか生態学会。
占部さんも暇を見てレンタカーを借りて屈斜路湖に行くと言っていたが、可能なら憑いていく予定なんで、いつ行くか次第でいつまで宿をとるかを決める。もともと一人でも阿寒湖には行く予定なんで、もしかすると27の日中に出かけて、早ければ28日のフェリーで帰ってくるなんてのもありかな。
で、宿を少し探してみるも、案の定、格安なところはすでに満室なのだった。そーか、先に全日程分予約しておいてからキャンセルすりゃ良かったのか(もう遅い)。
論文書き(日本語)
追加の結果出力のためにコードの手直し。捕食圧について分散でなくて変動係数に。競争排除に要した時間を見るために、1種になるまでの時間を測定するように変更して、これは計算の性質自体が変わるんでリネームして別プログラム扱いにする、と。現在栄養条件を変えつつある条件下では攪拌なし/一日一回・リサイクルあり/なしの４条件12レプリケートを計算中。計算機５台編成。空間の無い条件については急がなくても直ぐに計算が終わる、はずだ。
文献、Codeco and Grover(2001), Am.Nat.(157), pp300-315。どうもC:P比に空間的不均一性を持たせて共存条件が広がったって内容っぽい。うあー、今の今までこんなピンポイントな論文が引っかかってこなかったとは。我ながらアンテナ低すぎてへこむ。得られるものも多いはず、最優先で読むとしよう。
そんなこんなでその後も捕食の共存への効果について論文探したりしていて、論文書き自体は殆ど進んでない。
午後過ぎ起き。
順調に昼夜逆転な生活中。一番集中できる時間帯が01-04時台というのは社会生活を営む人間として終わっている。
自宅作業。
だらだらと論文読んだり論文書きの続きとか。議論部分はどうにも捗らぬので、目先を変えてイントロダクションを書いてみる。知識の要らない(つまり文献を改めぬでも書けそうな)箇所だけ書いていく。完成率３割くらい？ だれてるなあ。
Amarasekare(2003),Ecol.Letters(6),pp1109-1122。論文自体は空間構造が種多様性に働くメカニズムについてのレビューだが、結びの箇所、研究デザインというか手法についてに良いことが書いてある。引用すると、
Most importantly, it lays the foundation for comparative approach to both thory and empricism that emphasizes the simultaneous analysis and tests of multiple mechanism.
つまり、ある研究をするときに帰無仮説を棄却することで単一の仮説を支持するという方法ではなく、ある結果なら仮説Aが支持されて、そうでなければ仮説Bが支持される、というように複数の仮説についてtestしたほうが良いんじゃないの、という主張。願わくばそういう発展的な研究をしたいものだ。
正午ごろ起き。自宅作業。
買ってきた本のほうは着々と消化しつつ、文献漁りの日々、続行中。
小川一水による新刊『復活の地(1)』、今回の現場は「官僚」で震災復興。全３巻予定ということで人物紹介と背景紹介まで完了、といったところ。導きの星が最初から作り上げるものであるのに対して今回は作り直す。完結するまで楽しみだ。
定期巡回
今月分のEcol.Letters、M.A.Leibold,M.Holyoak,N.Mouquet,P.Amarasekare,J.M.Chase,M.F.Hoopes,R.D.Holt,J.B.Shurin,R.Law,D.Tilman,M.Loreau and A.Gonsalez, "The metacommunity concept: a framework for multi-scale community ecology", Ecol.Letters, (2004) 7: pp601-613。表題どおりのmetacommunityについての総説。著者を略記しないで羅列したが、まさしく錚々たるメンバーで、僕でも名前を知っている人物ばかりである。どういう経緯で掲載されたかわからないけれど、これだけの人々(『有名人』という意味で）が名を連ねている論文は(教科書でなければ)久しく見てない。
午前中、お仕事。午後、研究室。
論文書き(日本語)
一先ずは結果の解説終わり。残りの議論書きの為に論文を探して読んで、というところ。議論部分はここからが肝だと思うので、気合を入れて出来るだけ面白くなるように。
午後、研究室。
輪読会はまたしても参加人数が少ない所為で流局。幾ら何でも休みすぎだということで、来週以降は曜日を変えてでも参加人数が極大(最大にあらず)になるところでやるという方向で話がまとまる。
夕刻、また計算機が一台、今度は容量溢れを起こしたところでシステムを道連れにして沈没。kernelを入れ替えたが挙動が怪しいので様子見。
論文書き(日本語)
相変わらず議論部分で苦戦中。書いては消し書いては消し。書くことはほぼ固まっている筈なのになかなかに捗らぬものだ。
午前中、セミナー。午後、セミナー(自主ゼミ)。
ラザロさんによる研究発表。調査した集団サイズと複数の種類の有効集団サイズを比較することで、ヨナグニジマのコウモリ集団は実は昔Bottleneckを体験してなかったかも、というような内容。仕事自体は取ったデータで使ってなかった部分を纏めて、手法的な新規性半分、保全面での警告半分というような位置づけらしい。肝心の中身については、僕の知識背景と英語能力の双方の不足から半分も理解できなかったような…。
午後からはニシノさんによる自主ゼミ、中立説ばなしの論文紹介。半分今日を消化して残りは自習へ持ち越し。
論文書き(日本語)
議論の第一段落部分。結果の要因説明を結果に書いた順番にあれはこう、これはこうという風に書き下していく。どうにも冗長気味というか、過不足なく書けてない。
昨日分、要旨にリンクだけ貼って実体ファイルをアップし忘れていた。まぬけだ。
午後過ぎ、研究室⇒バイト。
ずるずると夜型へシフトしてて実に拙い。明日は朝からセミナーなんでこの辺でバランスを戻さないといかん。
バイト、理学のプログラム相談員をやっているのだが、普段は客自体来ず、したがって質問自体発生しないという楽な稼業なのだが、本日は久々に質問。時間超過してお付き合いする。このくらい充実してれば張合いもあるのだが。
論文書き(日本語)
議論の第一段落、結果のメカニズム説明をアウトライン化したものを見ながら、結果部分を書き直したり構成を変えたりという作業。それに合わせて説明不足と感じる箇所についてモデル部分を書き足し。こちらは、まだまだ説明不足というか口足らずな感じで、さらに追加してきちんと説明しきる必要あり、というところ。
結果を一通り書いてみたところでやはり図が足りない。早めに不足している作図のためのデータを計算させることにする。次は議論部分に移行。
午後過ぎ、研究室⇒セミナー（マ）。
前半、ワカヤマさんによる研究紹介。発生的なものを見ることでウミホタルの分類と記載が変わってくるというような話。分類はまあ置いておくとして、背甲の発生パターンが二原基からひとつになった後で発生するこれまでにないものである、という箇所は面白かった。
後半、オオクサさんによる卒論研究予定。ミジンコにおけるC/P比はこれまで一意に与えられ、かつ変動しないと考えられてきたが実は変動するというDeMott(2002だっけ？）の成長速度仮説の研究に対して、じゃあP/Cってのは分子（P含量)が変わるのか、それとも分母(構成C量＋余剰C:脂肪）が変わるのかを確かめてみよう、という内容。実験デザイン的にはどちらよりの結果が出てきても議論できる良いデザイン。４年生がやるというところもリスク回避としてはなかなか。
夕刻、放置し続けていた計算機をリストア。修理にてメモリと電源を交換されて戻って機体で、こちらの復旧作業は(全部入れなおすだけなんで)特にトラブルなし。で、続いて、夜過ぎ、メールサーバが唐突にno routeになっていて非常に焦る。なかなか焦ったが、原因は(おそらく)LANケーブルと思われて、交換したら元に戻った。しかし、LANケーブルが腐るってことがあるんだろうか？ NICやその他が根本的な原因になってると嫌だなあ。ここ暫く、駄目になるマシンが続出してるのでどうにも気が滅入る。
生態学会ポスター発表用の要旨登録。
生態学会要旨入力はいろいろと問題もあったようだが、僕の時には特にトラブルなく完了。登録した要旨の内容はこちら。カワタ先生から帰ってきた時点で案の定スルーであった。
論文書き(日本語)
結果部分の続き。結果の各項目についてはおおよそ書き上げた。しかし配置する順番が悩ましい。ひとつに纏められた方が良いのだろうか。それとも個別にこっちはこう、そっちはこうと風に書き分けたほうが良いんだろうか。議論でのメカニズム説明の順番に合わせるのが筋なんだろうけども。
dequeue TODO List
-- 生態学会発表要旨登録(期間 2004.05.20 (木) - 06.09 (水))
正午前起き⇒読書。
今週いっぱいを掛けて、加納朋子の作品のうち、文庫化されたものをあるだけ読了。北村薫などに代表される所謂「やさしいミステリ」という殺人事件ではなくて日常に潜むちょっとした不思議を題材にするジャンル(？)である。ここ数年、どうにも血腥いミステリというものに閉口気味、というより、作者から挑戦されるという形式が本を読み進める上で億劫に感じられるというのが正直なところかもしれない。そいう云うのも相俟って、[人の死なないミステリ]に惹かれて加納朋子の本を手に取ったのだが、これが大当たりであった。
著者はどちらかというと短編で評価を受けているようで、確かに巧い。僕は短編集を読む上で、どうしてもそれぞれの短編としての独立性と短編集としての構成を気に掛けてしまうのだが、その意味では加納朋子はまさしく「ミステリ作家」である。個々の短編の中で伏線を無駄なく配置し、読み落としてしまいそうなちょっとした描写にまで意味を含めて余さず利用する。例を挙げると『ガラスの麒麟』収録の一篇「ダックスフントの憂鬱」は元々別のアンソロジーに収録されたものだそうだが、確かにそれだけを取り出してきて読んでもあまり違和感を感じないのではないか。同時に、僕のように連作のうちの一篇として読む読者には、あくまで連作のうちの一篇としてまた違和感を感じさせない。さらに、場慣れした読者には違和感に思える(未解決に思える)残された個所は、それが別の短編への伏線になって短編集全体で一つのまとまった作品を構成する。実によく計算され、巧みである。余談ではあるけれど、『月曜日の水玉模様』(文庫版)の各篇初めのサブタイトルにはひらがな読みがそれぞれレイアウトされているが、そこにも仕掛けがあって一週間分を連ねた遊びが施してある。初出が連載とはいえ掲載稿であることを考えると、予め最後までの流れを計算した上で連作短編としている一端が垣間見えるようである。
作風について、僕が似たような印象を受ける作家に菅浩江がある。近作、『歌の翼に』は、「人の死なないミステリ」としての代表作だろう。構成的に似ている著書として、出世作『永遠の森』が最近文庫版で刊行されて印象に残っているが、この著者も同じようなアプローチで、しかしSFよりのタッチの作風である。これに対して加納朋子の作風は、より徹底して日常的な風景の描写に拘りがあり、其処からの僅かなずれで人の心の裡を描いて見せている(無論、非日常を描いた作品も無いではないが、今のところどちらかといえばイレギュラーな作品となっている)。毎度毎度、謎の為に人が死に、連作ともなれば探偵の行く先々で死人が出るミステリに閉口している人にはお勧め。欲をいえばアリスシリーズ(一番のお気に入りである)の続編、『虹の家のアリス』を出来るだけ早めに文庫化してもらいたい。
午後過ぎ、私用。
任意保険の継続と、車検のための整備についての簡単な見積もりのために、行きつけのバイク屋へ出向く。のっけから蛇足ながら、挨拶代わりに愛する我が機に向かって「いつでも下取りしますから」ってのは止せ。二代目らしい大らかさなのかも知れないが、如何にも無神経で他人事ながら心配である。メカニックの人も困った顔してこっち見てたですよ？
さておき、任意保険はこれまでと同じ契約で継続。等級上がってつき3000円弱。車検の方は、ざっとあらまし見てもらって、タイヤ(F/R)・ブレーキパッド(F)・に始まって、プラグ・ブレーキフルード(F/R)・もしかするとチェーンカム、と消耗品の殆どを交換する必要がありそうで、15万ほど見てくださいと言われてゲンナリ。日々細目にメンテしてない所為ではあるんだが（プラグがよく2万kmも持ったねと呆れられた)、貧乏学生にはなかなかの出費である。
（SVとはいえ）パワーの出る機体は制動系の消耗品は真面目にメンテしないと駄目ですと言われれば返す言葉も無い。5000Km目安で交換するべき消耗品はさておき、もう少しして、ハイグリップなものに履き替える予定だったタイヤ(F/R)は次までノーマルで我慢。深めにバンクするとリアタイヤ滑ってたんで換え時とは思ってたのだが。いや、ほんと。
論文書き(日本語)
そんなこんなで、本日は進捗なし。というか研究室にも行ってない。
午前中、おしごと。午後過ぎ、研究室⇒輪読会(占)。
来週は生命科学研究科のソフトボール大会とかで輪読会はお休み。
論文書き(日本語)
モデル部分についてはひとまずの流れができたんで、いったん寝かせることにして結果部分についての日本語作文に着手。どのみち後から見直した時点で手直しするであろうし、文献による補強やら体裁を整えたりやらと、やることは幾らでもある。が、それに優先させて創めに大きな形を全部作り上げてみることにする。
朝起き、午前中、読書。午後過ぎ、研究室。
本来予定されていた輪読会はサンプリングやら授業やらで人数が少ないので来週に延期。来週は来週でサンプリングに出かける面々があるが今週よりは、というところ。しかし、自分の都合でお休みした先々週から数えて都合３週間も空いた計算になる。
論文書き(日本語)
まずは先日のセミナー要旨に手を入れて、生態学会要旨入力用の原稿に書き換え。一応カワタ先生宛に送付、おそらくは素通りだろう。
モデル部分の原稿書き続き。従来のモデルから継承している部分については、先行研究のモデルの記述を模倣すればよいので然程は困らない。問題はオリジナルな部分について、例えば、格子状をランダムウォークするミジンコ個体であるとか、藻類の栄養塩の取りこみのtrade-offについてのアイデアとか。幾つか文献を引く必要が出てきたのでタイトルと出典をメモ。
午前中、セミナー。午後、セミナー。
久方ぶりに「寝坊」して遅刻。罷り間違っても本に夢中になってて開始時間を過ぎていたというようなことはない。ないったらない。
前半ワタナベ君担当にて論文紹介。初めてにしては(僕のに比べれば)まともといえなくもない。一応事前にチェックして修正するよう言った論理構成は微妙。
後半、クマキせんせーによる研究計画。セミナー中には理解できずギブアップ。後からクマキ君と個人的に話をして、更に夕刻話をして漸くなんとなく理解できた(ような気がする)。難しい内容。超遺伝子(非常に強い連鎖みたいなものらしい)が、交雑帯でのベイツ型擬態を考えることで成立するかもしれない、というアイデア。こうやって書き起こしてみるとどこらまで理解できているのか甚だ不安極まりない。
午後、さすがに時間的にも体力的にもツライということで、自主ゼミは中止。。流れと日程上、僕の担当分は流局になりそうな雰囲気。
午後過ぎ、セミナー(マクロ)。前半、モリ君による論文紹介。先月のNatureに載っていた空間構造を考えたときのゲーム理論と協力行動の進化についてのモデル。よりによってDoebeliのモデル。案の定(失礼)発表者自身が消化不良を起こしていて、まともな議論にもならなかった。
後半、タナベ君による論文紹介、成長率と捕食者回避のtrade-offについての研究。やってることは解らぬでもないけれど、いまいち先行研究に対するアドバンテージというかnoveltyが微妙。
論文書き(日本語)
セミナー⇒セミナーでほとんど進捗なし、では言い訳にならない。モデル部分から書き始め、半分くらいまで書けたところで撤収
午前中、おしごと。午後、研究室⇒バイト。
これで火曜の授業は９月までお休み。
夕刻、占部さんとカワタ先生との話し合い。
論文用のアウトラインを持って行って見て貰う。いろいろと改善点(と反省点)を指摘される。しかしもはや迷う箇所は無く、日本語論文をまずは完成させ(リミット６月内)、それを見て削り方等考えて投稿しようという流れ。占部さんからは「死ぬ気で急ぎなさい」と数回刺される。
改善点、議論部分の構成について。
反省点。
やること。
論文書き(日本語)
まずは、モデル⇒結果⇒議論、の順で。モデル部分から書き起こし始める。
