ワークショップ、…地球化学？

　午後、研究室。
　銀行に寄ったあと、ADSL⇒BFlet'sの契約の為にNTTへ。今回の至上目的は「如何に金を払わないで済ませるか」なので、説明を聞きつつ、その場で月割りでの計算などしつつ、損が出そうなプランは回避する。途中から担当の人にもなにやら火がついちゃったらしく、「こっちか？いや、こっちだと…」みたいにどんどんプランを検討してくれた挙句、あちこちに規約やらを問い合わせてくれる。特約期間やら乗り換えプランの組み合わせがいろいろと複雑だったが、結局、（今後の早期解約時の違約金含めて）一銭もお金を払うことなく契約をとってくれる。ありがたし。しかし、ADSL（8M）⇒VDSL（建物で100M）と切り替えて月額1000円以上のコストダウンとは。はるか昔、56kテレホーダイ⇒ADSL1M/常時接続、の切り替えのときにも料金が下がったし、日本のインフラ事情は不思議だ。あえて慾をいえば、粗品は要らんのでその分も安くしてくれると猶よし。

　夜、隣の研究室の若者（たち？）が奇声を発したり全力ダッシュなど始める。偶のことゆえ目くじらを立てることもないとは思うが、たいそう驚いた。よほど良い事があったにせよ、子供でもあるまいに。といいつつ、日付が変わる頃には気にもならなくなっていて、慣れとは恐ろしいものだ。

　論文直し："Consumer-driven（略）、続き。
　書きつ消しつ。気がついたら４時前まで掛かって半分ほど。この牛歩ぶりは正直ありえんだろう。ヘロヘロになって撤収。

　午前中、おしごと。午後、研究室。
　論文直し続き、午後過ぎに河田先生から幾つかの修正指示とアドバイス。こちらは即座に片付く内容だったので問題ない。が、議論部の追加作業続きがうまいこと纏まらず難航中。要約を書くように指示が出て、これもやらないとイカンのだけど…。

　生産性ー多様性の議論に関する考察部分（と、要約）を残し、あとは完了。読むべき文献が少し残っているのだか、書くべきポイント自体は８割方出せた、のだが、纏まらない。村田君には申し訳ないがキリが悪くて輪読会も欠席。

　朝起き、研究室。午前中セミナー（カ）
　河田研のセミナー、後期分開始。５分ほど遅刻してしまった、弛んでいる。

　前半担当は渡辺君で、論文紹介。Smith et al.(2004), Proc.Royal.Soc.B.(271):949-955.。生存には不利と考えられる性選択形質の起源について、性選択形質をもたない祖先種でも、選好性自体は餌獲得についての自然選択によって既に獲得していたことを実証した、という内容。以前と比べて飛躍的に判り易いセミナーになっていた。
　しかし、共通祖先から分岐したあとで、選好性がそれぞれ独立に進化した可能性は無いのかという僕の質問に、あっさりと「そうですね」といってしまうのはいただけない。仮にもこのクラスの雑誌に載ってる訳だし、何かしら良いわけなりフォローなりされてて、開始15分程度で突っ込まれるような詰めの甘さは残してはおかないと思うのだが、さて。

　後半担当は松島さんで、論文紹介。Pearman and Gamer(2005), Ecol.lett.s(8):401-408.。地理的に離れたカエルの集団をもちいて、遺伝的に多様な集団ほどウイルスに対してロバストであるという内容。シンプルで明快だった。

　正午頃、いったん外出して散髪、午後過ぎ戻る。夕刻まで作業。夕刻、提出した論文に関して、さっそく占部さんから生産性ー多様性の考察部分に関して、前回のコメントの意図をまるで理解できていないという駄目出しをいただく。言葉数を増やしてさらに丁寧に説明してくださって、ひたすらに情けない。少し頭を冷やしてから、さっそくやり直し。夜過ぎまで。

　研究室から帰り際、津田君と山口さんがOSの良し悪しの比較の話をしていて、というか、正確には津田君がアップル社のセールストークをしているところに遭遇。聞けば、個人用途のPCを選ぶにあたってどれが良いかというところから始まったらしい。
　この手の質問をされた場合、往々にして「使い慣れているシステムvs使い慣れないシステム」という構造の比較論、いわば"GNOME? or KDE?"的な議論に陥ってしまいがちなのだけど、津田君は実に見事にその路線で論を展開していた。聞いていて割と面白かったのだが、空腹だったのもあって、少し混ぜっ返しただけですぐに帰宅してしまった。
　既製品なら値段の差も昔程ではなくなった現在、使いたいアプリケーションが特定のOSでしか動かないのでなければ、愛着か惰性くらいしか選択基準が残らないというのが本当のところかとも思う。 そういうのもあって、余程の用途でもなければ、慣れてしまえばどのOSでも大差ないから、今使い慣れてるのを選ぶか、困ったときにすぐ助けてくれる人が周りに多いほうを選べばよい、とか答えとくのが無難なところなのかな。個人的には好き嫌いを根拠にして、愛で選ぶのが一番はっきりしてて良いとは思うが。

　後を打てば逸し先んずれば阻まる、迷廊感閉塞感。ま、済んだ話は兎も角、先へ。水面下で進行中の３月の話、若干というか、かなり自前の手札自体が見切り発車気味なのが…。はやいとこ、河田先生に話を聴いて貰う段取りをつけないと。

　朝起き、研究室。
　計算レプリケートを稼ぎつつ論文直し作業、詰め。計算生態組の計算機十数台全機を個人で独占してフル稼動させると、(僕のプログラムなら)一日で４００セット近い計算をまかなえる環境は、いまや河田研におけるある種の強みになってるような気がしないでもない。もっとも半数が既に中堅以下のロートル機なのは否めないが。

　午後過ぎちょいと私用で外出。すっかり空気が秋めいてきた感じ。

　夕刻過ぎ、研究室に戻って続き。統計についての基本的過ぎる部分についての理解が不十分という、世にも駄目な生態学系博士課程３年目。普段論文なんかにのってる図表を判ったつもりになって眺めてるけど、いざ自分のデータを同じように処理しなさいといわれた途端に人に訊いたり本を調べはじめたりと、時間が掛かって仕方がない。心底というか、死ぬほど駄目すぎる…。
　さておき、思ったよりもずいぶん時間が掛かって、日付も変わる頃に再提出。

　連休中は論文の直しを原稿の草稿までやった程度で、あとは拉致とか何とか。

　朝起き、図書館。正午過ぎ、研究室。

　図書館にて文献に幾つか目を通したのち、英作文の推敲など。研究室に席を移してからも英作文と残りの図表等の修正作業。

　午後過ぎ、生態学会(JES53)受付のテスト要因募集中のアナウンスが流れている。進化学会のときの受付cgi作成でテスタの有難味をひしひしと感じた身としては、微力ながらでもお手伝い。

　論文直し："Consumer-driven（略）、続き。
　原稿の文章部分はひとまず完了。議論部分で、パラメタのうち固定値で扱った連中についての考察、兼、future worksと生産性―多様性に関する議論を加筆したら追加量が結構多くなってしまった、ちと足しすぎたかも。

　午後過ぎに河田先生に本日中には出来ると思います、などと考え無しに口走ったことを後悔中。残る修正作業量の見積もりを甘く見てた所為で終わらず。追加で採ったレプリケート等のデータ整理とシンボル一覧の修正を行ったところまでで、空腹ばて。残りの作図の修正作業は明日に持ち越し。

　久方ぶりにTVを点けたら聴き覚えのある曲が流れていた。気になって調べてみたらカメラのCMで、随分と前から流れているらしい。

　午前中、おしごと⇒自宅作業。
　歯医者の予約を今日の午後だと思い込んでいたのだが、実は昨日だった。午後遅く、研究室。

　論文直し："Consumer-driven（略）、続き。
　昨日から引き続いての原稿の修正続き。単純な文章修正はほぼ完了、反論は６割程度の進捗。議論部の追加は、考察のための文献に目を通したり、仕掛けておいた結果の回収など。あわせて、足りていなかったレプリケートの補充の計算を仕掛ける。

　めも："Bart's Preinstalled Environment (BartPE) bootable live windows CD/DVD"
　おしごと先で教えていただく。要するにKnoppixのWindows版。WindowsのインストールCDをつかってWindowsをCDから起動できるメディアを作成するツール。デフォルトのデバイスドライバが無い場合にはあらかじめ作成時に用意する必要があるが、ネットワークさえ接続リモート共有等も可能になるので、緊急時のサルベージをWindowsで出来るという点ではNTFSな制約に囚われないんで結構便利かも。

　問題はbootCDを作成するために必要なWindowsのインストールCD自体はフリーでないのと、bootCDの作成そのものがknoppixほど簡単でない(手間が多い)という点かな。

　午後過ぎ、研究室⇒セミナー（マ）。
　前半は佐々木君による論文紹介。宿主巻貝に寄生した宮中が宿主の行動を操作して、通常干潮時には潮下帯に居ようとする宿主を潮上帯へと向かわせる行動をとらせる、かも（？）という内容。論文自体が結構古いらしく、千葉さんの指摘にあったような「潮上帯に寄生者が偏って多く、そちらにいる宿主への寄生率が高いのでは？」という帰無仮説を十分に棄却できなかった点や、寄生者による操作であるとされた事例の幾つかが宿主そのものの行動特性である可能性を否定できないという不備はあった。
　寄生者による宿主操作というトピックは僕自身は門外漢だけど、たとえば最近だと、ハリガネムシが神経介在タンパクを使ってバッタを入水に仕向けているかもしれないといったかなりメカニスティックな部分にまで踏み込んだ研究もあるし、宿主操作そのものを否定するつもりは無い。が、日進月歩という状況からすると、あまり古い研究を紹介するときにはWoSなどでその後の研究をトレースしておかないと、その後の展開でどう転んだか判らないという怖さはあるかもしれない。

　後半、三浦（大）君による論文紹介。ERI HONDA-SUMID (2005), ANIM.BEHAV.(69):881-889.で、日本の３種のコオロギが鳴き方(波形や波長)の違いを交配前隔離に役立てているという論文。それぞれの種の起源となき方がマッチしているという主張が最後にあったが、系統樹などによる証拠が出てこなかったのが少し違和感を感じた。

　論文直し："Consumer-driven（略）、続き。
　ひとまず文章については最後まで完了。並行して幾つかの計算結果眺め。これも議論部分で使う材料なのだが、もうちょっと足りないのでさらに計算を追加。一部にレプリケートの数が足りてないデータがあるんでこれも足しておかないとイカンのだけど、これは後でも出来るので後回し。
　さてここからオミットされた箇所（の削られるべきでないと思ってる一部）についての反論と、書き換わったけどどうしても違和感がある部分についての考察と再修正･反論、指示された考察の追加やら修正作業やら。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　扱える餌数と適応度の間にtrade-offを仮定するのは有効のようだ。generalizeに対するペナルティをハンドルできる餌の数でそのまま掛けたら利き過ぎたのが問題。結局この辺はバランス問題として議論されるべき(だと思う)。ということで、残りの作業としては、そのへんのパラメータと適応度の評価関数を適切に設計してやる必要がある。

　おおむね、最初の「『種』としてのnicheを個体ごとの摂餌戦略の総和として捉えたとき、種内競争が強いとその幅は広くなる」という主張は、競争の強さによってspecialist/generalistのいずれかが種内で卓越する点では外していないかな、と思う。もっとも、結果がきれいに出すぎた感があって、種内での多様性に関する議論がまだ出来ていない（そもそも、種内で摂餌戦略が多様化するような条件がほとんどない）という問題は残っているが。

　新規着眼点としてはまだまだ練れて居なくてラフではあるが、強い種内競争下では別々の餌に対するspecialistが分かれてくるという従来の研究予測に反して、餌と消費者のstoichiometryを考慮した場合には必ずしもそうはならない。さらに言えば、競争の強さを基準としたspecialistとgeneralistの共存についての議論が出来る、かも知れない。

　めも："Vine Linux 3.2 リリース"
　いまだ2.x(1/5/6)を使っている身としては、はるかに取り残されてしまった感がある。特に2.1は既にかなりのパッケージがupdateされない（自前でやる必要がある）などの不都合もあるがサーバなので停められない。2.5/6で稼動している計算機は計算機で、台数もあるしバージョン移行にまつわるトラブル（プログラムが動かなくなる等の）を考えると、乗り換えるには色々と弊害の方が大きい。暫くあとには待望の4.0がリリースということもあるし、あいてるマシンに入れて使っておきたいところなのだけど。

　午後過ぎ、研究室。
　昼ごろまで自宅作業、のち、研究室。計算結果が上がってきたので少しそれを眺めてから、昨日占部さんから戻ってきた論文原稿の直し。

　論文直し："Consumer-driven（略）、続き。
　大量に出された修正指示を順番に片付けていく前に、まず文章の直しから。自宅でイントロダクションまで済ませて、現在モデルのパートを半分まで。
　ストーリーの落とし所が変わって全体的に話の運びとイントロダクションの構成が変更されているためか、ずいぶんとイメージが変わっている。議論部に幾つか考察して足しなさい等の指示から、単純なresolution of "paradox of the plankton"な内容だった僕の原稿から、そこに生産性-多様性な視点を内包する感じに話が膨らんでいる。

　新しく追加する考察内容とは別に、従来の議論部分の補強と追加のために、新規条件での再計算を少しする必要がある、かも。定性的な示唆をするためなんで、繰り返しはあまり必要なさそうなのが救いではある。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　先日仕掛けた半数体のモデルの方は、各条件について20レプリケートずつ回収完了。ほぼ予測どおりな結果になっている。追加作業としては、もうちょっと条件解像度を上げる位か。

　翻って、二倍体有性生殖のモデルの方は少し予測外の結果。generalistが卓越し、specialistが台頭する条件が見られない。半数体モデルと結果は変わらないかなと考えていたが、これはちょっと認識が甘かったようだ。
　色々と理由を考えつつ結果を眺めていたのだが、夜に横山さんから、今の僕のモデルでの二倍体同士の交配様式がgeneralistになりやすいデザインになっているという指摘をいただく。アドバイスを受けて少し考えてみると、両親の餌の好みを引き継ぐ上に好みの"on"が優性なので、確かにgeneralistになりやすい素地はある。
　これに加えて、餌のデザインが、繰り返し摂餌すればバランスの悪い餌であってもHigh-P + High-Nという風にバランスされてしまうので、一世代あたりの摂餌回数が十分に多ければgeneralistでも問題ない。とりあえずの解決案として、安直ではあるが、代謝コストの面からgeneralistにペナルティが掛かるようなtrade-offを仮定してみることにする。

　午後、研究室。
　夜過ぎまでコーディング。テスト計算だけ仕掛けて、腹が減ったので撤収。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　２倍体（完全優性）、有性生殖（雌雄の区別ナシ）へのモデルの拡張はひとまず作業完了。とりあえず各モジュールのチェックレポートを眺めてる感じでは各部正常に動作してるみたいなので、ひとまずはこれでテストランをかけてみることにする。

　朝起き。午前中、研究室。
　夕刻まで論文読み、のちコーディング。夜まで。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　幾つか論文を読んでいて、ふと思いついたアイデアであるが、消費者の栄養要求バランスそのものにも進化を考えるのも面白いかもしれない。現時点では、栄養塩要求比はいわばボディプランとみなして、要求比率の進化速度よりも餌に対する嗜好の進化速度の方がはるかに速いと仮定している。
　しかし実のところ、生産者はいうまでも無く、消費者でも世代内どころか個体内でさえ(ある範囲で)要求比率は可変で、種間の分散より大きいことがあるという報告がある（出典を失念してしまったが）。こうした状況を鑑みると、ボディプランと餌の嗜好の共進化というアイデアも面白いかもしれない。

　それはさておき、二倍体有性生殖のための拡張作業が進んだこともあって、コード全体が少し肥大化してきた。ここらでモジュールごとにファイル分けをしてmakefileも作ってしまうことにする。で、久しぶりに小細工な作業をした所為で腕がさびてて、賞も無いところで色々と躓く。やはり、#define⇒ifdef/ifndefの小細工は間違えがちなのがよろしくない。先端から取り残されて久しいレガシーなスタイルだ。散々失敗しまくった挙句、夜まで掛かってファイル分割完了。

　朝起き。午前中、おしごと。
　今期のしごと始め。ちらっと聞いた所では10月から川上さんが育休から復帰されるとか？ およそ一年ぶり。

　午後、研究室。
　論文読んだり考え事したり。夕刻、マサヤ君が研究室にやってきて、今日の船で仙台をたつと言い置いて出発してしまった。直前に修論零稿の一揃えを置いていったところを見ると、結局、第一稿を河田先生に渡すというのは叶わなかったようだ。さすがに何回か見せて貰ったイントロダクションは、まあそのさておき、初見となる結果と議論パートに関しては、このまま提出して行かなくて正解、…かな。
　それはさておき、暫く仙台に戻って来ないということは、暫くこの原稿は見なくても良いということだよね。

　夜、占部さんがやってきて、読んでいただいてる論文について「もうちょいで見終わる」ということで不明な点に関してあれこれ絞られる。今回も時間間隔が分断的にあいてる（前回は八甲田行きのあとだったかな）んで、例によって前回の議論から堂々巡りな感じなところから開始。パラメータに関する感度分析的な議論が全く無い、図表の平均値に3SD付けた方が良い、シンボル変えたほうが良い、等々、たくさんの指摘を受ける。しかし、これはまだ全部見終える前の前哨戦に過ぎず、…と。
　話を終えた後で、月曜の疑問：MON⇒LOPでP欠にする際になんでNも下げるのかというのを訊いてみる。で、結論としてはNが余り過ぎるからというだけらしく、なので、厳密にN:Pをバランスしてるというのでもないらしい。P欠になれば良いのでNは下げなくても良いけどあまりすぎる弊害（変なバクテリアとか増えたりする、等の）の方を嫌ってということらしい。ま、この疑問については解決。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　trade-off between specialits and generalistsな論文を、review的なものを中心に幾つか。おおよそのモデル研究においては、nicheはnicheとして抽象化されていて、それがサイズであれその他のなんであれ、具体的な明言を避ける傾向がある(これは当然、モデルの一般性を上げるためだ)。
　にもかかわらず(？)、trade-offについては、餌に対する捕食器官への投資コストが云々〜、とか、handlig timeにおける探索イメージ学習の最適化と学習コスト、その他もろもろ、ずいぶんと具体的なイメージをもってtrade-offが規定されている。おかげでモデルのイメージ自体は想起しやすくてよいのだが、僕のモデルではnicheを具体的に餌のstoichiometric balanceと規定しているために、いざ自分のモデルに流用しようとすると途端に困難になる。
　見方によっては、stoichiometric viewを取り入れてる時点で、餌の質と量についてのtrade-offになっているという考え方も出来るように思うが、さて。

　コーディング⇒徹夜。
　研究室から戻って、だらだらと自宅で作業を続けてたら朝になっていた。突然変異と交配を残したところまで完了。昨日ミスして上書きしてしまった結果の一部を、計算しなおして差し替え。

　午前中、本を読んでから歯医者へ。戻ってきて本の続きを読みかけたまま意識が飛んで、気がついたら午後過ぎ⇒研究室。どうにも昼夜逆転な生活が抜けないでいるが、ま、これも明後日までの話。

　コーディングの続きやら論文の続きを読んだりしつつ、夜、マサヤ君の修論イントロダクション（２版目）。貰った原稿にコメントを付けたり直接相談をしたりして夜過ぎまで。どうやら第一稿を河田先生に提出だけして、何か言われる前よりはやく即座に本州離脱という心算のようだが、はてさて。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　どうも中程度の競争の強さの条件下では、ある程度共通した大まかな傾向は出てくるものの、偶発的な要因で変なのが固定されてしまう機会が極めて高く、妙な共存/排除パターンが出てき過ぎる印象。レプリケートを数回採った印象ではある程度のパターン分類は出来そうなので、網羅的に採ってみてもいいのかもしれないけど、メリットはあんまり無さそうかも。

　餌ごとの栄養バランス・餌の種類数をかなり恣意的にコントロールしているという問題点は残ったままだけど、そっちはデザイン変更後の方で適当に弄ることにして、半数体・単為生殖での結果の観察はここらが潮時、かな。河田先生にも一応見せてみるために、条件勾配を刻んで、まとめてレプリケートを採ってオシマイにしてしまおう。

　朝起き。
　えらく早朝に目が覚めてしまい、本を読んでいたらそのまま二度寝。なんとも阿呆な…。

　午後、研究室⇒セミナー（マ）。
　先週も少し感じたのだけど、今週も今ひとつ盛り上がりに欠けて淡々としていたような。かくいう自分も、抜歯の麻酔が切れてそれどころではなかった先週は兎も角として、今週はノリがよろしくなく積極的に議論しようという姿勢じゃなかったんで、ちょっと反省。

　前半、岩淵君による研究経過報告。Stoichiometryに着目してCeriodaphniaとDaphniaの共存要因を探るという内容だが、これまでのところCerioが勝てる状況が出てこないというところまで。餌としての藻類とバクテリアに対する利用効率に着目して、餌にバクテリアを追加した条件で実験を進めるというところで終了。やれることと考えられる要因がありすぎて落とし所をどう付けるのかが、これから先の問題になってきそうな印象。「そもそも両者が共存するものなのか？」という根本的な質問とかされてたこともあるし、もう少し研究の問題設定やモチベーションについての背景説明をしたほうが良かったのかも。

　岩淵君の研究自体とは直接関係が無いんだけど、培養液として使われているMON(High-P)にたいして、LOP(Low-P)ではP濃度だけでなくN濃度も下げている理由がイマイチわからない。N:Pバランスを変えないようにNも下げるというのがもっともらしい理由に思えるのだが、重量計算でもMol計算でも厳密に同じ比率に下がっていない（これは僕の計算間違いかもしれないが）。P量の違いを議論する際に、そもそもN:Pを一定にしておく意義が判らないが、N:P比率の固定という理由ではないとすると他の理由はちょっと判らない。
　という訳で、LOPでN濃度も同時に下げる理由を岩淵君に訊いてみたのだが、彼も知らないようだった。以前大橋君(だったかな？)に聴いたときにも解決されなかったので、これは、占部さんか牧野さんにでも確かめるしかないかな。

　後半、高橋君による論文紹介。樹上性のトカゲの種分化について、地理的要因よりも環境勾配のほうが強い影響を持つことを野外で示せたというもの。ここ暫くアナウンスのメールが流れてこないので、タイトル、著者、出典とかは不明。これも困るんだが、即座に困らないという理由もあって文句を言えないでいる…。で、形態(の重回帰情報)とFSTを調べたらそれぞれ環境勾配にしたがって大きい差が出てましたという内容。なんだかやたらとあっさりと終わってしまい（15分位か？)、これまた有意義な議論らしい議論を待たず終了。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　まだ論文読みを続けているのだが、バックグラウンドで競争の強さ(=1餌ごとの数)だけを変えて計算結果を色々と観察中。大まかな傾向としては、競争強い⇒generalist(G)、競争弱い⇒specialist(S)となり、中間の条件ではsupplemental(D)な戦略のものと共存となる。つまり競争の強さを勾配として、[競争強：G⇒G+D⇒D+S⇒S：競争弱]となるようだ。これはこれで判りやすい結果といえる。中間の条件下では、時折変なタイプ（最適餌だけ使わないgeneralistとかsupplementalな餌の片方だけ使う奴とか）がそのまま固定されてしまうことがある。こいつらは途中経過のプロセスでたまたま頻度を増やせたのがそのまま固定しているのだが、たぶん交配様式を変えれば消えると思われる。
　ところが不思議なことに、最適な餌を誰一人して使わないようなシナリオが出てくることがある（たとえば上のG+D）。餌の数が制限となる条件下でspecialistよりもsupplementalistの方が使える餌の絶対数が多いから勝つところまでは良い。specialistが駆逐されて、それまで彼らが使っていた餌がいわば空きニッチになるにもかかわらず、いつまでたってもその餌を利用できるタイプは出てこないことがある。ベストバランスの餌に限って、そこだけ避けるというのもおかしな気がするんだが、これは何なんだろう？

　朝起き。
　午後過ぎまで読書。文庫にはなりそうも無いんで買ってしまった『白鳥異伝』（荻原規子）が非常に面白い。最近『西の善き魔女』が話題になってる人の以前の作品。童話として刊行されてる所為なのか持ち味なのかはわからないが朴訥な文章で、かつ、テーマ自体は直球王道なのだが、非常に丁寧に構成されたストーリーテリング。文体よりもストーリーそのものに惹き付けられる感じで、童話といいつつ600頁という厚さなのだが、ページ数の割にはすいすい読める。３部作の真ん中という話だがその点はあまり気にならない。

　午後過ぎ、研究室。
　少し遠回りしてから研究室へ。秋保工芸の里から釜房ダムに抜ける道がお手軽で最近のお気に入り。気が向けば愛子からR457経由で釜房というのも良い。最近はこの近辺ばかりで、ルートを決めて丸一日走りっぱなしというのを久しくやってないなぁ。

　机の上にマサヤ君の修論原稿（の一部）が置いてあって直せという。夕刻まで掛かってあれこれと文句を付けて返す。渡す前に自分で読み返したら、〜はやめなさいとか、〜はしない方が良いとしか書いてないコメントがたくさんある。我ながら随分と偉そうな感じになっていたので、ちょっと反省がてら、全体の構成などについての問題点を理由をつけて説明しなおして別の紙に書き直す。個別の説明不足の箇所には質問の形で貰った紙に書き込む。
　これでイントロダクションとモデルまで見せてもらったわけだが、（全面的に書き直す感じなんで）あと一週間でホントに間に合うんだろうか…。

　夕刻以降、ちょっと今やってるデザイン改修作業の手をとめて、昨日の論文などをマジメに読み進める。空腹に耐えかねて夜ごろ撤収。

　朝起き。
　洗濯機を回しつつ合間に部屋の掃除なんぞして自宅から作業。午後まで。合羽の上下を別々に洗い別けていたから何度も回す羽目になったのであって、洗い物を溜め込みすぎてて何度も回してた訳では決してない。いやホントに。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　楽そうなところから作業ということで、まずは競争時の餌選択と決定のアルゴリズムを書き直し。とりあえず定数時間なロジックに設計しなおして差し替え。たのだけど、あまり効果が上がらず。仕方が無いのでgmonのプロファイルを眺めつつ、計算時間のおよそ８割強を占めるコンストラクタをシェイプアップ。７割程度まで削減できたところで、これ以上の深追いは避ける。計算速度についての性能向上はあまり出来てないが、この件はこれでオシマイ。

　さて、遺伝子のデザインの見直しを図りつつも、裏ではぼちぼちと計算結果が上がってきている。昨日の条件では競争が全く無く、どの餌も潤沢に利用できる条件下だった。これに対して、今やらせているのはその逆で、必ず餌が枯渇するくらい餌資源が少ない条件（集団の個体数が500に対して、餌が500個×5種、一世代に10回競争するので、およそ5回目の競争くらいで全ての餌が枯渇する）。
　この条件下では、経過は色々とあるがおおよそgeneralist(31)が席巻する。繰り返しを取ってみるとgeneralist的なタイプ(27とか21とか)が席巻することもあるが、これは途中経過でspecialist(4)やsupplementalなタイプ(10,14)がしぶとく頑張ったりするときにspecialistが食べる餌を避ける形で起きる。いずれにせよ大まかな傾向としては、初期集団からまずspecialistがsupplementalistに駆逐され、両者が足の引っ張り合いをしている間にgeneralistが台頭するというシナリオ。
　この結果の理由は実にシンプルで、餌が少ないから選り好みが出来ないというだけ。つまり、厳しい競争下においては、餌の質の良し悪しについてのstoichiometricな選択をしている余裕は無くなって、とにかく何でもモノを喰うタイプがコピーを残せるので席巻する。

　昨日と今日の結果では、集団全体の、つまり種としてのresourse useというかniche shapeがどうなるかというと、昨日のように競争が無い状況では限りなく細くて高い山になるし、競争が強すぎる状況下では限りなく一様な形になる。さて、次は中間的な競争条件ではどうなるだろうか、ということで、これは集団全体の資源利用頻度分布も同時に出力させる、という書き換えをして計算中。

　計算はほっておいて、昨日からはじめた個体ごとの戦略型を遺伝子に乗せる際のデザインの変更作業。今までの結果は半数体による単為生殖というシンプルすぎるデザインだったのだが、既に（固定の容易さ等々）幾つか特有の問題点が顕在化している。そのこともあって、現在は完全優性な遺伝様式の２倍体生物による性別無しの有性生殖（組み替え無し）にデザインを拡張する作業中。競争との兼ね合いに関して定性的な結果に大きく違いが出てこなければ良いのだが、さてどうなることやら。

　河田先生より、論文を二本ほど読んで置くようにとのアドバイス。Polechova and Barton(2005), "SPECIATION THROUGH COMPETITION: A CRITICAL REVIEW", Evolution(59)6:1194-1210.と、もうひとつはタイトルまではは判らなかったけれど、Gavrilets(2003), "MODELS OF SPECIATION: WHAT HAVE WE LEARNED IN 40 YEARS?", Evolution(57):2197-2215.これかな？ いずれも中途半端にしか読めてなく、十全に理解したとは言いがたいままになっている文献。この辺がダメなんだよなあ。先日のBolnick et al.含めてちゃんと読み込んで足場を固めておかないと。

　朝起き。
　台風一過で本日は久方ぶりに快晴。ついつい出かけてしまうダメな性分。特に目的を定めずにふらふら。山の方はそろそろ秋めいた気配。

　夕刻、研究室。
　計算結果を眺めたり比較したり。夜、今村君がトンカツを揚げてくれて皆で食す。さすがに現職(?)だけあって揚げ方も堂に入ったもので、旨い。聞けば、慣れぬ内は自宅で下準備から揚げ方に至るまで研究と練習を積んで研鑚に励んだという。バイトひとつにも真摯な態度で臨む彼の姿勢には、見習うべき点が多い。ともあれ御馳走になりました。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　今後の方針検討の為に、とりあえずもっともシンプルな状況下で結果を眺めてみる。とりあえず餌をめぐる競争を記述するアルゴリズムは個体の摂餌戦略がspecializeしていくほど無駄計算が多くなっていくんで、ちとましなアルゴリズムを考えないと計算資源の無駄だ。現時点であからさまに律速してるし。まあこれは問題点としては本質的なものではないけれども、最適化されずにリソースを無駄にするアルゴリズムというのは，なによりも生理的に気持ち悪い。こういう収まりの悪さは解消しておいても悪いことではないだろう。

　それはさておき、今の計算条件は餌にNPで両勾配つけてて、N量高すぎ・P量低すぎ(1)、バランスN寄り(2)、ベストバランス(4)、バランスP寄り(8)、P高すぎ(16)という五種類に対して消費者の要求量を固定して、どういう組み合わせの中から餌を選ぶかを個体ごとの表現型として（ex:N寄り＋P寄りを餌とする場合には、遺伝子型=01010{2}、表現型=10[10]となる）、１世代あたりに数回摂餌競争をするというデザイン。とりあえずのところ、餌が十分にある状況下(非競争下)で計算してどの戦略が集団中で占有するかを観察中。
　ま、競争が無いんで、たいていの場合に一番バランスのいい餌だけ選び続けるspecialist(4)があっという間に席巻するのだが、繰り返しを採っていくと時々、supplementalな食い方をする奴（2+4+8 or 2+8）が、下手をするとgeneralist（1+2(+4)+8+16）までもが細々とだが結構長期間と生き残ることがあって、それらの要因を考察してみると面白い。前者は、その戦略でもそれなりに上がりがある（という餌条件になってしまってる）ということなのだが、ではさて、特にオイシイとも思えない戦略が序盤で即座に除かれてしまわない（コトが稀にある）のは、さて何でだろう？　まあどのみち、今の条件では長い世代かけるとsupplementalな連中もspecialistによって駆逐されてしまうのだが、これはいまの条件が「全ての餌が無限にある」という設定になってて、当然競争が起きないことに起因する。

　で…だ。generalist的な戦略タイプが割と維持されてしまう要因を考えているうちに、ようやくながらにしてというか、ホントに遅まきながらようやく、河田先生から指摘され続けてきた遺伝子型のデザインの問題が、いったいどういうコトなのかを考えるところに到達した。まあ要するに、半数体による単為生殖のデザインであることの問題点がようやく見えて来たということだ。（とはいえ、逆に、specialistな戦略が固定されにくくなる効果が、どう効くかがちょっと見えない。）
　おおよそ３日前に遡って、自分の認識の甘さを懇々と説きたいところではあるが、結局のところ自分の手を動かして実際に問題に直面するまでは認識/実感できないのは、おそらく変わるまい（センスの無さと謂われればそれまでなのだが）。そういう意味では自分の洞察力・卓見性の無さを恥じるばかりという話なんだけども、…とはいえ｢だから前から言ってたじゃないか｣みたいに謂われてしまうのもそれはそれで悔しいので、もう少し自分できちんと詰めてみることにする。というか、マサヤ君からのアドバイスをかなり受けたこともあって、まともな（というかマジメに）デザインを改良することにする。

　朝起き。
　本を少し読んでから研究室。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　無限ループっぽく回り続けていて挙動不審。何がおかしいものやらとあれこれ挙動をトレースしつつデバグやら補強やらの作業に終始。で、結局午後過ぎまで掛かって「全ての餌を選ばない｣タイプの個体が出てくるのが原因というのが判明。
　判ってしまえば当たり前というか、この程度のことはあらかじめ想定しておけよという感じなのだが、つまるところ、どの餌にも興味を示さない個体が餌を選ぼうとして拒絶し続ける⇒無限ループ、という世にも馬鹿馬鹿しいオチだった。なかなか出てこない設定になってたのもあって、気付くまでに時間が掛かってしまった。
　で、即身仏みたいなやる気のない個体は初期集団から除名して、かつ、変異で出てくる個体については致死遺伝子（どの餌も食べようとしないんだから生き延びようが無い。）ということにして処分してしまうことにする。

　一通り修繕したあとは、適当に計算させつつ夜からBolnick et al.(2003)を再度読む。個体ごとの適応度を眺めるに、戦略ごとの適応度の良し悪しが随分と出る。と、まあ、これは「設定がそうなっているから当然そうなる」という範疇の結果ではあるが、さて、これが予測どおり、最適な餌を重点的に漁る戦略に集団内の頻度が寄っていくというアウトプットになるのかどうか。予測に反したとしても、内訳を眺められる設計にしてあるから、それはそれで楽しみなところ。

　朝起き。
　歯医者によってから、正午過ぎ、研究室。

　PopFile、入れてみた。
　これまで普段はspamassassin+Mew on Emacsで生活していたのだが、最近Almail32でメールのやり取りする機会が増えてきて、それと同時にWin環境でのspam対策の必要性を感じていたこともあり、幾つか探してみてこれにしてみる。
　まあ基本的には、ベイズ推定型のspamフィルタなので使い勝手のよしあしの違いは暫く使ってみないと判らない。序盤の学習期には「はやくspamが来ないかな」と本末転倒な楽しみ方になるのもいつものごとく。だんだん学習精度が上がっていくのが楽しい。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　暫くコーディングを続けたあと、山口さんのモデルについて話を聴く。僕のモデルでは弄らないパラメータは（「転換効率」みたいな名を与えて）統合したブラックボックス的なパラメータとして極力単純化してあるのだが、そうはしないで比較的マジメに(というと語弊があるが)カッチリとしたモデリングをしている感じ。個人的には弄らないパラメータを細分化しても仕方あるまいと思うのだが、まあそのへんは河田先生の方針もあるのかもしれない。
　「遺伝子」の記述に関しては戦略自体を遺伝子上に乗っけて、選んだ餌を元に適応度を決めて次世代のコピー数を計算というデザインは共通していると感じた。これは、僕のモデルのデザインイメージがBolnick(2001),Natureの実験デザインをそのままを踏襲しているからで、たぶん発想としては割と誰でも思いつく形だろう。とはいえ、僕のモデルではプロセス自体もかなり単純化しすぎている嫌いがあって、特に遺伝子周りの仮定については前々から河田先生からも釘を刺されている。いるのだが、実のところ議論したい主眼がそこらには無いので、どう扱っていいのか図りかねているというのが正直なところ。

　河田先生の曰く、遺伝子の仮定のデザインしだいで結果が大きく変わるとのコトなのだが、実感が届かない。「これなら正解｣というのも現状では無さそうなんで、仮定の正当化に対する指針がえらく立てにくい。これはひとえに僕の理解度が足りてないのが原因なのだが、実のところは好き嫌いの一種なんじゃないのと思ったりもする。おそらくはこれまでの数回のやり取りで、なんと浅薄かな考慮だろうかと呆れられていることだろうが、結局、ひととおり試して換えてみて、最終的な議論に影響が出てこなければいいのかな？ それぞれで結果に違いが出るのを確かめてから議論するのが健全なような気もする。

　で、ぐでぐでとそういうことをアタマの中に抱えつつ、玩具の如くシンプルな我がモデルもぼちぼち稼動開始。実行時間計測も兼ねてテストランの計算を仕掛けてから撤収。

　朝起き。
　内職続きを終わらせてから、コーディング。午後過ぎまで。駅裏まで届けものをしてからその足で歯医者。下顎右奥の親知らずを抜歯。一時間半ほどで終了。

　午後遅く、研究室。
　セミナー(マ)、後半から。前半担当の大橋君は研究経過報告とのことだったのだけど、部屋に入ったら質疑応答が終わったところだった。申し訳ない。
　後半は、中井さんによる論文紹介。タイトルと出典を失念してしまったのだが、カサガイと巻貝の移動後に残る粘液が藻類の成長を促進させているという論文。何が促進させている要因なのかは明らかにならず、データを見る限りでは、、食う側が施肥するという話には直接繋がっていないような印象。CNRをモチーフの研究してる立場としては、食う側による施肥という話は否定しないのだけど、餌の成長率を直接に上げなくても、粘液を撒くことで珪藻をトラップできる数が増えれば同じ効果になる部分を棄却できてなかったような。

　それは兎も角として、話を聴いてる途中で麻酔が切れてしまって集中できなかった。千葉さんにはこれから熱が出るんだ、とか脅かされるし。

　夕刻、研究室に戻ってコーディングの続きやらなにやら。抜歯後の痛みがひどすぎて動けないというほどでもないのだが、やはり気になって集中も良くない感じ。結局、予定してた餌の種類数を極端に絞った条件でのテストランにも辿り着かず。医者から回数分飲みきるように指示された痛み止めを飲んでおく。

　朝起き。
　ホントに先週が最終回でしたよ、と。毎度毎度のことながら不安だけは絶対に裏切らないコンビだ。なまじ此処までの出来がかなり良かったもんだから余計にダメージがでかい…。

　自宅作業。
　雨が降ったり止んだり。面倒なので自宅で作業。内職やら本を読んだり。

　朝起き。
　本を読んでから正午過ぎ研究室。最近マトモに本を読む時間が取れてないな。スケジュールが朝からいっぱいいっぱいな生活という感じでもないのだが、さて。漫画の量は増えず減らず。北海道からこっち、読後に印象に残った本というと２冊くらい。

　『老ヴォールの惑星』（小川一水）。著者の初短編集。同時期に出た『疾走!千マイル急行』がこれまでどおりな印象が強かったのと比べると、少し印象が変わったかなという感じ。突きつけられた環境に対して如何に生きるか、というテーマで４篇ほど、いずれも深刻にはなりすぎないあたりは小川一水らしさというところ。長編は長編で面白いけど、短編作品をもっともっと出してほしいと思う。

　『さおだけ屋はなぜ潰れないのか? 身近な疑問からはじめる会計学』（山田真哉）。キャッチーなタイトルとお手ごろ価格で衝動買い。薄くて軽いんであっという間に読める。身近な題材を会計学のコンセプトでアプローチする内容だが、前書きにも述べられているとおり専門知識は要らないので気軽に読める。マジメに会計学に取り組むというよりは、どっちかというと雑学本という位置づけが適当だろうか。
　とはいえ、自分の持っているコンセプトを武器にしてあるモチーフに対して攻めて、かつ、それを読み手にどれだけ判り易く面白く伝えるかという点に関しては、研究論文書きのお手本みたいな出来でうまく書けてると思う。

　正午過ぎ、研究室。
　午後過ぎに北海道行きの清算やら何やらで事務に行く。これで僕自身の北海道行き関連は全部終了。

　ついでに、長々とお借りしたままになっていたTilman(1982)の本を占部さんに返しに行く。返すのが遅れた分だけ他人がその本を読む機会を奪っていることを自覚すべし、というのをどこかでみた記憶があって自覚もしてるんだけど、イヤ、一旦返すのが遅れ始めるとだんだんと逆にそれが障壁になって言い出しにくくなってですね。…身勝手な言い訳でした。ゴメンナサイ。
　僕自身の本にもどっかいったままのが幾つかあるのを考えるに、斯様な状況が起きる問題の一端には、いつ誰にどの本を貸したか曖昧になっているのがよろしくない、というのはあるかもしれないが…。借りた側が言っても居直ってるようにしか見えないしな。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　競争が無い条件下で走らせて見たりしつつ。餌の取り合い部分はひとまず後回しにして、適応度計算部分を最後までコーディング。これであと残すは競争部分だけだが、これも明日中には何とかなるだろう。これが終わったら結果をぼちぼち眺めつつ、各想定のjustificationとそれ以外の仮定の虱潰し候補の選定、というフローかな。よしよし、ようやく全体像をストーリーにまとめて河田先生の所にもってく目処が立ちはじめたぞ、と。

　朝起き。
　北海道に行ってるときに歯の詰め物が落ちたのを思い出して、午前中は歯医者へ。他にも瑕疵になっているところを含めて３箇所ほどを補修作業。それ自体は簡単に終わったのだが、右奥の親不知の虫喰いが進行していて、今後のことも考えて抜くことに。一週間くらい大丈夫なときに来てくださいといわれたが、早い方が予定のリカバーも利き易いと考えて来週月曜の午後にする。既に上の二本は抜いているんだけど、下の方が痛いぞ等々と脅されて今から不安だ。うううヤダなあ…。
　しまった、マクロのセミナーは来週からはじまるんだっけ。遅刻か欠席か、いずれにしても発表者の方には申し訳ない。

　正午過ぎ、研究室。
　昨日の進化学会の打ち上げ参加者の一部が、研究室で半死人のような様相を呈している。朝まで飲んでたそうで、何はともあれお疲れ様。

　月初め恒例の各雑誌のブラウジング。今月はAm.Nat.に当たり記事多数。
　ひとつめ、Troost,Kooi and Kooijman(2005), "Ecological Specialization of Mixotrophic Plankton in a Mixed Water Column", Am.Nat.(166).、mixotrophな生物がautotroph/heterotrophのどちらにspecializeするかについて、光の勾配やその他の条件についての進化条件を解析した論文。最近のKooijmanはこんな仕事をしてるのか、幅の広い研究をする人だ。相変わらずのシステマティックなモデリングで（ちょっと取り付きにくかったど）、全体の大まかなストーリーは判りやすい。
　これ以降の記事はまだ読んでないけど、Rowan, MacLean and Bell(2005), "Experimental Evolution of Pseudomonas fluorescens in Simple and Complex Environments", Am.Nat.(166).も、niche widthとspcializationの論文っぽい。
　Jiang et al(2005), "Adaptive Evolution of Phytoplankton Cell Size", Am.Nat.(166).、これは先月の松島さんたちのD論発表の会場で占部さんから勧められたような。
　もうひとつ、Murrel(2005), "Local Spatial Structure and Predator-Prey Dynamics: Counterintuitive Effects of Prey Enrichment"も面白そうな話。というわけで、読むものがたくさん。

　夕刻前、原付の修理が返ってきた斉藤君を乗っけて早坂商会まで。久方ぶりのタンデムということもあって原付並みの安全運転だったけど、それでもちと怖かった。無印ならいくらか違うのかもしれないけど、やっぱりSVは二人乗り向けではないよなあ。で、そのあとは少し遠回りをしてから研究室に戻る。

　"The specialization v.s. （略）、続き。
　研究室に戻ってきてから昨日の作業の続き。餌の取り合いとniche shapeの逆算部分のコーディングを途中まで。掛けた時間の割にはさほど進捗せず。能率が停滞しているというか、実によろしくない。

　めも："Spongy nanocoating makes for fog-free glass"
　ガラスのコーティング用新素材で、ハスの実のような網状の微細構造をガラス表面上に形成することで水滴や曇りがつきにくく出来る、らしい。焼付け方法自体は『地元の高校生』でも出来るほど簡単なようだ。
　500度で焼成するため現段階ではプラスチックには使えないのが次なる課題だそうだけど、既に車用品メーカーなどからオファーガ来ており実用も近い、らしい。山で雨に降られて眼鏡をあれほど恨めしく思ったことを考えると、山用のサングラスや眼鏡には取り入れてほしいかも。

　それは兎も角として、Nature Newsって一月くらいは読めたような記憶があるんだが、一週間しか読めなくなってる。ちと不親切（購読しろという話なんだろうけども）。