90 論文書き（日本語⇒英語）
80 生態学会発表要旨登録(期間 2004.05.20 (木) - 06.09 (水))
40 研究計画
午前中、私用⇒研究室。
午前中、私用⇒研究室。
研究室に来て朝一で『また』ノートPCが起動せず。今度は電源ボタンを押しても応答しない。電源を抜いたりバッテリーを抜いたりしていたら復活。どうもバッテリーあたりが怪しい雰囲気。先週HDDを新品に交換したばかりというのに、本格的にソニータイマーの兆候が見られつつある。
午後、アウトラインの手直し。
イントロダクションについて、こまごまとした手直し。で、夕刻、カワタ先生を交えて話し合いのはずだったのだが、事情により明日17時に延期。
午前中おしごと。午後過ぎ、研究室⇒輪読会(占)⇒セミナー(マ)。
午前中のお仕事、本日は授業の一部に遠隔地との通信授業が試験的に盛り込まれて、京都との相互授業交換。テストケースに対する助成金も付いてたりするらしい。もはやインフラさえ整えば、十分に現実的予算内で離島なんかへ向けた遠隔授業やschool-less studyも夢ではない。ボトルネックは人材であり制度なのだろうと思う。
輪読会で技術的手法に対する背景知識のなさ、セミナー(正確にはセミナー後)は英語によるコミュニケーションスキルの絶望的低さを痛感。
その他大部分の空き時間は、引き続き論文読み。
carrying capacityとcell quota。
輪読会の時にウラベさんから謎掛っぽく簡単だから導いてみろといわれた問題。Droopの式からというヒントつき。
というわけで、成長率(μ)・最大成長率(μ")・minimal cell quota(q0)・cell quota(q)・環境収容力biomass(K)・現biomass(x)を用いて、
この２式より、K=qx/q0。…(1)
つぎに環境中の全資源(S0)は溶存資源(S)と現生物含有分(qx)のみと仮定すると、S0=S+qx…(2)。式(1)(2)から、S0-S=Kq0。よって、K=(S0-S)/q0。
資源量Sが成長に制限となっていることから、x=K⇒S=0と考えてよく、かつ、このとき式(1)からq=q0。以上を式(2)に代入すると、K=S0/q0。
こんなところか。で、実はもうひとつ。handling timeとsearching timeの和を表す式を立てて、functional responceのtype-I⇒type-II⇒type-IIIと順々に導く方法を、ウラベさんから通算で二回聞いた事になるんだが、どうしても肝心な過程式が頭の中から抜け落ちてて変形できぬ…。
早朝起き。午前中読書。正午前、研究室
午後過ぎ輪読会、担当はオオタキでキャンセル。今週はこんなのばかり。その分自分の時間が取れるというのも有難いような複雑な気分。
午後過ぎウラベさんのところにアウトラインを持っていって、夕刻より話し合いのアポイントを取るも実験室でのトラブルということで、月曜1700よりにカワタ先生を交えての話し合いに延期。
後はひたすら今読んでいる論文読み。論文はAmarasekare(2003), Ecol. Letters(6):pp1109-1122, "Competitive coexistence in spatially structured environments: a synthesis"。題名どおり空間構造を考慮したときの種共存のメカニズムについてのかなりしっかりしたいわば教科書的review。非常に良い論文なんで、久方ぶりに甞める様な丁寧さでじっくりと読んでいる。なのでLettersにも拘らずまだ半分も読めてない。
午前中、セミナー。
前半、ツダ君によるキャンセル。後半タカシマさんによるキャンセル。代わりに午後の自主ゼミが午前中にシフト。
Gremlin Effect
また一台計算機が停止。今回は電源が入らない。最古参の機体であったから寿命ということにして廃棄予定。なんせ『備品』ではなくて『消耗品』で購入してあるんでそこらの扱いは楽だ。同世代の機体はメールサーバと計算機統括サーバなので、定期的にデータのバックアップはされているとはいえ、これはどちらが死んでも極めてまずい事態に直面することになる。
しかし、これでここ2週間ばかりの間に、外付け用USB2-HDDケース・ノートのHDD・自宅のガスコンロ・計算機、とやたらに物が壊れてしまって困る。しかも壊れると非常に困るものが壊れる所為で、放置するわけにもいかず時間を割かれてなお困る。予め手を打ってないのも拙いんだが、何か憑いてるのか。
論文アウトライン
一通り書ききってカワタ先生にはメールで送付。ウラベさんのところに持っていったら出張中とのことで出直し。
ここ数日分をアップロードし忘れていた。まぬけだ。いやいや、自宅作業だったからだ。そういうことにしておく。
午前中、お仕事。午後過ぎ、バイト。
先週のダメージからも立ち直って、結果の整理をアウトラインに起こす。作業中にカワタ先生より催促。先週のダメージ分の執行猶予切れということで、今回も僅差でまた差されてしまった。どうも手が遅い。併せて占部さんとの話し合いをアポイントとっておくようにとの指示。
粗方アウトラインは出来たのだが、やはり問題はイントロとディスカッション。現状でイントロがかなりチャチに見えてしまうのと、議論が結果を説明するメカニズムへの言及に終始していて、そこからの発展が無い。カワタ先生にそこらへんをボソリと云ってみたところ、｢イントロは当然書き換えるにしても、議論は膨らましようが無いじゃん｣とバッサリと。うぬぬ、見とれ。
本日は自宅作業。
何週間かぶりに平日にもかかわらず何も予定が入ってない日であったので、これ幸いとばかりに自宅に篭って作業。よくよく考えたら事務宛に荷物が届く予定だったり、リプレイス予定の計算機があったりと研究室に顔を出す必要のある用件はいろいろとあったのだが、忘れたことにしておく。
論文を読んだりアウトラインをまとめなおしてみたり。予想外に調べ物(…と読みかけの本の消化)に時間を取られてなかなか捗らない。結果が複雑なのと複数の要因が状況ごとに相互作用の形が違っているので、それを整理して書くのもなかなかに難航中。
輸入音楽CDの規制について（Amazon)
昨今いろいろと物議をかもしている音楽CDの輸入・再輸入問題。お国の方針としては消費者そっちのけで全面禁止という流れになりつつある。Amazonも一時は海外版の洋楽が検索もできないとか、それ以前にいろいろとトラブルも多いとかあるわけだが、今回のこれについては素直によくやっってくれたといいたい。
勿論、直接的にはAmazon.jpの売り上げに響くからという意味合いもあるんだろうが、こういうのは個人で反対してても(特に日本では)限度があるわけで、Amazonのように少なくとも個人よりは影響力も大きかろうところが、きちんと反対表明をして見せているのは好感が持てる。
私用⇒私用⇒私用
書類の確認やら保険の振込みの確認やら車検の確認と依頼とか色々々。午前中からばたばたして結局進展としては6月に手元に10万くらいないとバイクに乗れなくなったり学会に行けなくなったりすることが判明した位か。んー、ぢり貧。
PCクラッシュ（物理的に）
研究室の我がPCが昨日午後にクラッシュしてしまい、悲惨なことにHDDが物理的に破損。昨日は新しいHDDを買ってきたり何とかサルベージできぬものかと足掻いたりに終始。繋ぎ換えるために外した時点でHDDからカラコロと小部品の転がるような絶望を告げる故障音がして、無論認識されず。日々のバックアップを怠った自分を心底呪いつつ、泣く泣く新しいHDDに繋ぎ変えてリストア。
本日の夜になって漸く作業環境の復元はおおかた終了。数日分の作業が吹き飛んでしまったが、総てが真白になるという最悪の事態は回避できただけでも良しとしよう。ううう。小まめにデータのバックアップと多重化を図っておかないとどれほど痛い目に遭うか身をもって勉強させられた。授業料もそこそこ高かった。
午前中、おしごと。午後過ぎ、研究室。夕刻、輪読会（占）
一通り終わったあとで、今週書いてたものの記憶による復旧。結果の説明と考察部分について箇条書きにしていく作業再び。途中でへろへろになったんで撤収。
朝起き、午前中、セミナー。正午過ぎ、私用にて街へ。午後過ぎ、研究室。
セミナー、前半は僕の担当にて研究報告。セミナーに使ったスライドと要旨。
発表の場にては有用なる意見は得られなかったので、純粋にプレゼンテーション練習に終始した形。まあそれは悪くない。大きな失敗もしなかったが議論を完全に自分で支配して進めきれなかったのは悔やまれるところではある。
議長についても再び思うところはある、が、まあ言行一致せずは人の常、理想は己が内に向けよという処か。ある程度予想できていたのに議論を持っていかれたのは、我が力及ばずということにしておく。時間をやや超過してしまった点も反省材料。
いずれにせよ、この後暫くは論文書きに専念。今回使った要旨を適宜書き換えて生態学会の登録用にしてしまおう。
後半、サイトウ君による論文紹介。レア種とコモン種がある系のspecies richnesの評価にどう貢献するかという内容の論文。解かりづらい内容ではあったけれど巧く説明していたように思う。
正午過ぎより街へ。郵便局にて個体群学会会費振込み(5000円)、銀行にて軽車両税(二輪4000円)、散髪(2300円)、給油(1300円)と、必要な支払いが主とはいえ、1日で大きく散財。
で、戻ってきて早速セミナー(の準備)のおかげで整理できた部分を論文のアウトラインに反映させる作業。書いてあった物を見返すに、結果部分と考察部分に無駄が多く冗長でなんと解かり辛いことか。端的に云って読み返すのも面倒だが、これを見ながら整理して書き直すことにする。半分ほど出来たところでばてて撤収。
dequeue [TODO stack]
-- セミナー担当（05/19wd)
午前中、おしごと。午後過ぎ、研究室⇒バイト。
マサヤ君がわざわざ事前に聞いてくれて、説明をしながら不足部分を補足していく。何とか形になったんじゃなかろうか。同時に前々から少し気がかりになっていた排除時間そのものを直接測定してみるアイデアを指摘されたんで、ちょこちょことプログラムを書いて計算を走らせてみる。まあこれは今回の発表には間に合いそうもないが、生態学会向けのネタになるかもね。これが済んだら一区切りてことでウラベさんの所に持ってってみる。
今週のNature。
Klausmeier et al.による海の藻類の最適N:P比なStoichiometryの話が漸く載っている。Redfield値は種固有の最適N:Pを全体で平均したものだと示して見せた論文で、初めてこの話を見たときにはひどく興奮したのを覚えている。
続きに載っているIves and Cardinaleによる食物網−機能群−絶滅抵抗性の話もさわりしか眺めていないが、かなり興味深い話。両者とも非常にシンプルなモデルを駆使しつつも、出している話はかなりすごい内容。複雑なモデルに惹かれる自分はありつつも、モデルやるならこうなのかなとも思う。複雑なモデルは手に負えなくなるってのもあるが。
午前中、読書。午後過ぎ、研究室。
久々に本を読みつつ二度寝⇒寝過ごす、のパターン。セミナー用のスライド作成について残りの作業を済ませる。既に２･３の意見を戴いたが、そのうちの幾つかはかなり重要な問題を含むものであった。
特に１日１回以上の攪拌についてはどれだけの意味があるのかというサイトウ君からの指摘。無論１０００回などは現実的にありえないが、今回の比較は攪拌がまったくない条件と極端に攪拌される状況での比較。むしろ数日に１度とかを条件としたほうが攪拌なし−攪拌ありの効果を検討する上では現実的に妥当なのではないかという意見。まあ今から即座にというわけには行かないが、とり急いでインターバル１０日と１００日の条件で計算させてみる。
先週土曜日は、予てより決まっていた調査のお手伝い。日曜日は旧友と呑み
早朝0530研究室。横山さんの車についていって塩竈港に駐輪、船でウラト諸島に渡って蝶の採集。３マンセルの小隊行動で千葉研のモリ君とダイチ君に付いて行く。持ち前の遠近感の無さから当初は逃がしてばかりだったが網を短く持つようにしてからは多少採れた。天気も程好く晴れて、塩竈までの往復ショートツーリングとハイキングを兼ねたような良い１日であった。
午前中、おしごと。午後過ぎ、輪読会(占)。
輪読会のため占部研にお邪魔したところ、丁度ウラベさんが学生さんたちに実験室の使い方について説教をしておられた。要約すれば実験室の使い方がズボラになると他人の実験の邪魔をすることになるし、ひいては人間関係まで悪くなりかねないからきちんとすべし、という内容。穏やかかつ理に適った説教で、ああいう風に指導できる人になりたいものだと思う。
輪読会のほうは、そろそろ学生さん達も各々自分のペースを確立したようで面白い内容であった。勉強会は斯くありたし。
輪読会後はひたすらスライド作り。スライド作成の過程で結果説明について要点を簡潔に条件別けをしつつ整理できたんで、結果的にこの時期に入ったのはタイミングがよかったということだろう。あらかた作成完了。後は補足事項(ホントはメインターゲットだったものの成れの果て…)について整理して完成、と。何とかなるものだ。このタイミングで割と巧く整理も出来たことだし、アウトラインの該当部分もこの流れで構成してみよう。
明日は松島調査のお手伝いというコトで研究室に06時前集合。早起きのため本日は撤収。
午前中、読書⇒研究室。午後過ぎ、輪読会。
無闇に眠気が取れず、輪読会までの時間に惰眠を貪ってしまった。不覚。
セミナー準備。
週末は松島への調査のお手伝いをするのと人に会う用事があるんで準備開始。セミナーの案内と要旨を流す。ここで作った要旨は少し書き換えてそのまま流用できるだろう。
で、スライドを作成中。構成と結果周り以外はさっさと作り上げたが、結果のメカニズム説明を出来るだけ完結に過不足無く見せるのは難しい。
スライド作成中にカワタ先生から早目に要旨出すように指示。今回は先手を打ったように見えかけたが、セミナー前に打ち合わせするといったじゃないかと注意を受けて負け越し。てなワケでスライド作成と並行してアウトライン書き続行中。思いのほか作図しなおしの図が沢山ある。やれやれ。
午前中、セミナー。午後過ぎ、セミナー。
両方ともにneutral theoryばなし。午後はそういう勉強会なんで、これから暫く水曜日は中立説漬け。
メカニズム説明。
結局のところ、時間変動、空間構造、資源量、（と空間的不均一性）という要因全てを切り分けつつも個別に説明する必要があるという帰結。というコトで明日にも纏めきれるだろう。
午前中、おしごと。午後バイト。
今月は火曜日も金曜日進行と似た状況なんで、油断してると研究が進まぬままあっという間に日にちが過ぎる。気をつけねば。
本年度最初の一年生の授業。学生の学力低下が嘆かれて久しいが、情報の授業だけは確実に学生の能力が向上している。数年前とはいわず昨年からの比較でも遥かに向上している。
『反社会学講座』
早速一冊予約。
アウトライン書き。
…と思ったのだが、中立説ばなしに巻き込まれて解かったような気になってはハマリという繰り返し。まあマサヤ君のおかげでまったく解からなかったのがイマイチ解からないくらいにはなった（と思いたい）。そんなこんなで日付が変わることまでトラップされる。
で、一応イントロダクション生成。「多種系において短期的な時間スケールで競争排除の遅延要因」＝資源量、というのを主軸に置いて考え中。ただ問題設定をどうおきなおすかという部分が難しく今ひとつ魅力ある構成に展開できない。
煮詰まってきたので本日は撤収。
早朝起き、読書。午前中、セミナー（マクロ）。
前半、岩淵君による卒論の研究内容と修士の研究計画。fact⇒hypothesis,methods⇒resultのロジック構築の流れは確りしていて、自分の卒論研究のときとはえらい違いである。計画の方は要約すると、二種のミジンコを材料にして資源量で無く資源の質に対してr-K戦略の違いで共存･排除という関係を検出できないかというものに聞こえた。
終わったあとで千葉研の小沼さんとこの話題でちょっとした議論。Tilmanの２資源ZNGI上の消費ベクトルモデルで餌のC:P周りの競争を記述できるかと尋ねられたんで、この場合は単純に制限がリンしか無い１資源競争系とみなして、Lotka-Volterraの成長率高回転型ミジンコvs低資源耐久型ミジンコの競争で捉えるべきではないかとお答えした。そしたら即座に、「それならミジンコの要求資源C:P比の違いをniche differentiationで表現して、採ったデータからパラメータ推定が出来るのでは？」というコメントが帰ってきた。そこまでの議論のコンテクストからそっちへ発想を持っていけるのがすごい。まともに話をしたのは初めてだったのだが、明晰な方だなあという印象。
後半、富樫君による卒論研究内容と修士の研究計画。なんだかあちこちに不備というか『?』なアプローチのなされている研究であった。
研究計画のほうは蔵王の池頭群で池ごとに食物網をだして、構成種の比較と成因推測やりますという内容。数人掛りでやるみたいだが、調べる池を決めて（決め方がまた問題になってくるだろう）、池ごとの構成種を上から下まで調べて（それだけでも大仕事なワケだが）、生物的･非生物要因を切り分けるのは…結局なんとでも云えるような何も云えないような、実に前途多難そうである。
午後、作図とアウトライン書き。
イントロダクションの書き直し作業が半分も進まず。うーん、結果に合わせてロジックを捻るのは難しい。壁は大まかに挙げて以下のとおり。
頭痛い。が、この話で来週セミナーを喋るつもりなんで、今週中くらいにはカワタ先生にコメント貰わないと首が絞まることになろう。
朝起き。午前中、おしごと。午後過ぎ、輪読会(占部研)。
どうにも金曜日は仕事⇒研究室⇒輪読会をこなすと、研究の方の進捗がまったく無いのにひと区切り付いたように感じてしまってどうにもよくない。
結果の説明要因(メカニズム)。
昨日の詰め。詳細出力用に書き換えたコードで超富栄養･リサイクル無しの条件下の確認のために結果の出力。結果変わらず。リサイクルが無い限り残存種数は増えない。まる。
リサイクルがあると残存種数が増えるのはどう解釈されるべき事象なんだろうか。つまり同じ捕食圧の下で、一方は使える資源が多くもう一方は少ないという状況で、ある程度以上の栄養塩供給量では、喰われて残っている藻類バイオマスに対してリサイクル分だけ栄養塩の制限が緩和される。このときに競争系を考えると、競争弱者が排除されて絶滅するまでの時間は資源量が多いときのほうが長くなる。
果たしてこの説明でロジックとして通っているだろうか。不備やら矛盾やらあるようにも思えるし、何よりあまり魅力的でない…。
で、攪拌されないときには更に飛躍的に残存種数が伸びる。これは栄養塩比率が空間的に大きく異なるため。と、ここまで考えたところで、なら逆に一定日数経過後の種数をカウントするのでなく、３種以上の系が維持される日数をレプリケートとって平均出した方が良いのではないかという気がしてきた。ふむ、そんなに難しい話でも無し、試しにやってみるか。
しかし、比率の不均一性が先ずありき、というところから出発した所為で、そうでもないという結論が導かれてしまうとイントロダクションの書き方に困ってしまう。
朝起き。午前中、読書⇒研究室。午後過ぎ、輪読会。
4-5は(車で)南下して宇都宮まで出掛けてたのだが、丁度Uターンラッシュとやらに巻き込まれてしまい酷い渋滞であった。聞く所によると、それでも東北道の渋滞はたいしたことは無かったらしいのだが、考えてみたら高速道路の渋滞に巻き込まれたのはこれが初めてかも知れぬ。帰省ラッシュは航空便が取れぬことはあっても満席以上にはならぬわけで。
結果の説明要因(メカニズム)。
結果としてどうやら主要因として効いているのは『資源量』ということになりそうだ。二種資源比で見ていたためにマスクされていたが、負荷P=150で利用可能リン量が（リサイクルあり/なし）:= 90/4.5 (300日後) と大幅に違う。つまり、要因として下記の如く考えられるのではなかろーか。
というような流れで、重要度の順に、リサイクルによる資源量増加⇒空間による振動緩和⇒比率の不均一性、という感じ。説明としてはすっきりしたんだが、売りだった筈の栄養塩比率の不均一性を前面に押せなくなって、ストーリー的にはやや褪せちゃったかなーという微妙なところ。イントロダクションは一から考え直さないといけないし。とは云うものの、解からぬと首を捻るよりは楽な『作業』である。
説明の補強用に空間無しの条件も取り終えたんで、あとは、「なぜリサイクルなし･極端に富栄養でも残存種数が増えないか」というトコロをきちっと説明しきれば隙が埋る筈。
DonutPの検索バー、解決篇。
google検索の文字コード変更という記事にお世話になって、自分とこのも書き換え。なんだけど、自宅で使ってるのは書き換えないでも普通に使えてるんだが、何が違うんだろうか。
午後過ぎ研究室。
世間では連休とか言っているのを横目に、5月の1,2と風邪ひいて寝床で本を読んでいた。あまり生産的でない休日であった。
分散のデータだしの悩み中に、カワタ先生から個体数の分散も追加してみろとアドバイスをもらって、コード書き換え。で、分散計算のブロック内でエンバグしてるのを発見。が、栄養塩比分散の計算に関してはまったく影響なく、捕食圧分散の計算にも大きな影響はないようにも見える。大差ないとは思うが計算しなおし。
カワタ先生に4-5と仙台に居ませんという旨を云ったところ、6日に話し合いすべしとのお達し。というワケでそこまでにアウトラインの分散部分以外を書ききって、分散についてもある程度結果を揃えておくとする。