- 式１，８，１７，１８，１９を離散の式に書き直して説明を追加した。
- 式４はレフリーの指摘が正しく、訂正して説明を書き直した
- 式１６はレフリーの指摘が一部正しく一部勘違いであるので、修正後説明を加えた。
- 式２０は削除して、ミジンコの個体移動についてのシミュレーション内容を説明した
- シミュレーションで用いた藻類の組合せ(条件)についての説明を追加した。
- 藻類の競争能力についてのtrade-offを変更した内容について、Appendix１で説明した
- 藻類の空間的離散化についての問題点は、Appendix２で説明した
- 藻類の空間的なダイナミクスのスナップショットを、Appendix3に載せた
- mixingとして拡散係数を変えた条件についても説明した
- 長期間のシミュレーションとして２種になるまでの競争排除に掛かる時間のデータを載せた（Fig.2追加）
- 消費者が居ないときと居るときの長期間の藻類のダイナミクスのスナップショットを載せた（Fig.3追加)
- 拡散係数の大きさを変えたときの３００日目の種数を載せた（Fig.4追加)
- 旧Fig.2,3,4をナンバーシフト
- 藻類の競争にどのような形質が有利になっているかの結果を説明した
- 長期的なデータを載せたので、冒頭部分の３００日目という時間の妥当性を削除した
- 競争排除までの時間と消費者が居ない条件についての解釈を説明した。
- 拡散係数を変えた結果についての説明をした
- 藻類の形質パラメータを変更したらどうなるかについての部分を削除
- 競争に有利な形質についての記述を追加した。
●結果
●Discussion
とりあえず暫く寝てないんで、帰って昼くらいまで寝る。
02月22日(Wed)
午前中、研究室⇒セミナー(カ)。
本日の担当は山口さんで、研究の進捗報告。プレゼンテーションにやや難。といっても、（往時の僕のときのように）中身も理解度も不十分というのではなくて、逆に過積載で本人が振り回されてる感じ。ま、慌てなくても時間と発表回数が解決する、だろう。たぶん。
で、内容は足場固めな状況報告だったけど、結構議論が紛糾した。見ている分には、ヤルコトも優先順も決まってるようなもので、周りが言うほど研究方針についての不安はないんじゃないかとも思うのだが、果てさて。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
だいぶんヤルコトの項目が減ってきた。
競争戦略の解析、完了。拡散の計算、まだまだ終わらない。日本語の草稿はほぼ一通りできたので、英作文を開始。
スナップショット作成はメッシュが細かすぎて、gnuplotがオーバフローを起こしてしまった。1フレームあたり、せいぜいが100*100*26点くらいなものを、どうにも脆弱すぎないか？ などと嘆いてみても仕方ないんで、データの目を粗くして取り直し。俯瞰図で幾つか取ってみたんだけど、カラー図版必須になるよなあ…。ヤダなあ。
02月21日(Tue)
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
作図いろいろ。結果の原稿案（日本語）おしまいまで。スナップショットの作画を模索中。競争戦略の解析モジュールを書いて組み込み。計算開始。
本日はこんな感じ。今週中に河田先生に原稿を出すと宣言したので、もうひとふんばり。
02月20日(Mon)
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
午前中自宅で作文とtrade-off変更のテスト作業。trade-offの形とその他の固定条件を設定するだけのデータファイル下練れーたを作ったおかげで、パラメータ探索（という以前のあたりをつける段階）の作業は格段にやりやすくなった。結果を眺めるに、「れへりーの言うとおりに残存種数は底上げされてる感じになるが、基本的に定性的な結果は変わらず」、というレスポンスになりそうなので、trade-offの説明とパラメータ設定共々、この結果はAppendix行きで良いだろう。
ワークスペースを研究室にシフトして本計算開始。
作図作業あれこれ。拡散係数についての作図は一部の計算がまだ残ってると言うか終わってないのでダミーデータでテスト出力。排除時間と消費者無しについての作図完了。
02月18日(Sat)
午前中、研究室。
再投稿の締め切りも残すところ３週間。ということは、原稿を見てもらう時間を考えたら、少なくとも来週中には第一稿（再）を完成させねばならん…と言うことで。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
れへりーの宣わく：
"As they say, a picture's worth a thousand words, so imagine how valuable some 300 frame animations would be! "
に応えるべく動画作成に勤しむ。ところで再投稿するときに、動画ファイルはどういう扱いになるんだろうか。投稿規約になんか書いてあったかな？ 少なくともファイルのサイズや形式までは書いてなかったような。何日目かごとのスナップショットの方が良さそうな気がしてきた…。
午後過ぎから、trade-off変更のための作業あれこれ。夜までかかってデータ範囲の決定とデータファイルの出力スクリプト書き、完了。テスト計算を開始。
空腹にて撤収。
02月17日(Fri)
午前中、研究室。
お絵かきとデータ解析。自宅で作文、研究室でお絵かきというリズムが出来つつ、良くないな…。しかも作文用の確認作図で完成版じゃないので、（最終的にスクリプトに放り込むだけとはいえ）進捗になってないような。
夕刻、川内メディア研究棟にて生命科学の何やらとかいう集まり。当然バックレる心算だったのだけど、同じようなことを考える者があまりに多かったらしく（中略）結局参加することに。ご飯がそこそこおいしかったから、まあ良しとしようか。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
幾つか作画。ミジンコの移動量も増やした結果も欲しくなって計算を追加⇒作画保留。
ここ数日頭をひねっていたtrade-offの変更案。最大吸収速度とstorage capacityのtrade-offを固定して、subsistence quota(N⇔P)と吸収速度(N⇔P)への変更案、アイデア周りを固める。
Qminのほうは（N,Pで効き方の目盛りが違うため）線形にtrade-offを掛けちゃうとちょっとマズイ。で、QminP*QminN=K（反比例）を採用したのだが、この形、どの論文で見たのだったっけ？ 吸収速度の方は仮定自体にはそのまま変更無し。
午後からは、数値の選定と作文。結局、Andersen(1997)にある”典型的な”数字を使うことにする。
02月16日(Thu)
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
結果と議論の構成を弄りなおして、追加の結果に関する作文。Apeendixで良いといわれた消費者無しの結果は、競争排除の完了する時間についての議論から参照することで片付けた。
旧い知り合いの一人とYMで話をしていたら、先日の数値計算の近似と誤差についての問題を面白がって、原稿を見てくれた。ロジックを突き崩して論破してやろうというつもりだったらしく、割とマジメて見てくれた。前提に幾つか説明を付け足して、一部の構成を入れ替える羽目にはなったけれども、一応の防衛成功。それなりに手間隙かけたロジックなので、そう易々と崩されても困る。
02月14日(Tue)
午前中、研究室。
昨日夜に引き続き、午後、修論発表練習の最終回。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
モデル原稿の英作文は現状で大詰め。本日は挙動不審というか、色々とよく判らないドジを繰り返したため、遂にはアタマの心配をされる羽目に…。
先週末の空間的離散化についてもappendix原稿書き。まだ半分日本語のままなんだけど、数式の展開と変形と整理が延々と続いて、いったい何の論文なのやらという状態になっている。
河田先生にモデル部分の構成変更について相談してみたところ、レフリーに指示されてれてないのに大幅に変えなくても良いのでは、という返事が返ってきた。原稿はもとの構成に差し戻し。
いま仕掛けている計算のほうも、明日か明後日くらいには一通り終わる。いい加減逃避を止めて「形質値の変更問題」に取り組まないと二進も三進も立ち行かなくなる。
02月11日(Sat)
早朝起き。午後、研究室。
また雪。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
午後過ぎ、アポイントを頂いた数学科の高木泉先生に、先の空間的離散化に関する問題点をご相談。決着がつくまでおよそ３時間もの長きにわたって付き合って頂いた。いやはや、全くありがたいことで頭が上がらない。
おかげさまでこの問題についての対処は完全に解決した。「状況によって過大評価になるか過小評価になるかわからない」と書いていた部分は「生じる誤差は常に過大評価にしかならない」と、完全に覆ってしまった等、予想を大幅に上回るキレイな形で完璧に決着がついてしまった。
テイラー展開をわずか数回使うだけで問題点を簡明に切り崩してしまったのが、いまだに信じられない。「エキスパートが数学を使いこなすというのはこれほどのものか」という驚異が率直な感想。
さてこれを自分なりにキチンと咀嚼して英作文に取り組むとしよう。
モデル部分とAppendix送りにした部分の英作文続き。未着手の部分（消費者形質の仮定変更）が未着手なのは極めて重篤なんだけど、、それ以外は完了。あとはAppendixのほうの空間的な離散化の問題点についてを英作文するだけか。結構難儀だ。
02月10日(Fri)
切羽詰るとヒキコモってしまうのは、あんまし良くない傾向ではある。二日ほど家から出なかったせいで節々が痛い。
午前中、研究室。
街のほうを回ってから青葉山。
数学研究科の先生に数値計算に関するご相談のお願い。明日午後１４:３０よりとのアポイントを頂く。
明日の準備を含めて色々といっぱいいっぱいな感じになってるんで、夕刻よりの修論発表練習は（昨日の分も併せて）キャンセルさせてもらった。誠に申し訳ないです。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
モデル部分の構成を結構詰めて、大量にappendix送りに処す。が、この構成案についての独断はキケンだろうからしばし待機。
02月09日(Thu)
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
昨日（？:時間の感覚が希釈してるのでやや不正確だがたぶん２４時間以内だろう）から引き続いて、レフリーからの『参考までに読め』とコメントにあった、Broekhuizen(1999), J.P.Res.(21):1191-1216.の解読作業。昨日はほぼ一日をかかって、”らぐらんじやん”とやらの基本的な理解に終始する。基本的な骨子についてはこちらのサイト、体系的な概観としてはこちらのサイトがわかりやすかった。
で、渦鞭毛藻と珪藻の空間的な共存についての解析力学によるアプローチ、なのかな。付け焼刃の知識を一朝一夕に応用できてしまうほどのキャパシティは僕にはないので、式を見ても漠然とは判っても、そこから先には進めず。コメントの通り、自分の今のモデルに適用できそうにない、という所だけは判った。とりあえず、明日のご相談と併せて、日曜日までにはこの項目は片付く（予定）。
しかし、モデルの式を丁寧に追いかければどうにかなる、という持論だったんだけど、初見の手法に撃沈されて手も足も出ないというのは中々にキビシイ。
02月07日(Tue)
午前中、本を何冊か消化。『博士の愛した数式』、『ウンコな議論』読了。『エンデュアランス号漂流』、途中まで。
午後過ぎ、研究室。
先週でオシマイだったのをすっかり忘れてバイト先へノコノコと出向いてゆく。普段から開店休業状態が常ゆえに、特に気にも留めずそのまま論文など眺めていた。
交代の時間になっても誰も来ないのに流石に不審に思い、よくよく思い返してみたら、もう２月になってるのに気がついた。各種締切などは日時としてちゃんと留意してるにも拘らず、それが日常の感覚と乖離しているという状態だったらしく、ほとんど意識しないまま、定時タスクが自動起動した模様。…もっとも、世間ではこれを称して『暈け』というのであるが。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
なかなか一つづつクリア、とは行かず、どの項目も中途半端に進捗中というところ。ちっとも片付いてる感じにならないんで、いかにも気持ちがよろしくない。
といいつつ、藻類の形質を変えてみるのと、競争戦略の解析は未着手なんで、そっちも早いところ取り掛からないとなあ。
拡散係数を変え多結果を眺めつつ、もう少し条件点を足して計算追加。結果自体には問題ないんだが、もう少し条件メッシュを細かく取ってやらないと「連続的な絵」にならない。急場で付け足して（動作確認もしないで）突っ込んだ自動解析の部分が、案の定というかいつものごとく腐ってた所為で、手作業している現状にウンザリしてたりする。事前の十全なるテストは事後の百害を予防できる…というところか。今更なんだけど。
モデル部分、初回投稿分からすると随分appendixへと追いやられたが…。この構成で良いのかな？ 河田先生が帰国したら、即刻お伺いを立てるとしよう。
02月06日(Mon)
朝、自宅作業。
説明文の文面をひねりつつ、いい加減に英作文などぼちぼち始める。
午後過ぎ、研究室。
先週末の数値計算に関するディフェンスは数学家の先生に相談してみるということで、アポイントを取る。先方のご都合により今週末…？
02月03日(Fri)
朝、片平キャンパス。
本日は千葉研のD3二人によるD論発表。聴衆を含めて片平の人間など一人も居ないという理不尽さを抱えつつ、会場は片平なので、朝も早くから雪の降りしきる中わざわざ徒歩で向かう。
09:00より、若山さんによる発表。"And Ostracod said, "Let there be light": The evolution of optical signals in myodocopid Ostracoda（「光あれ」: ミオドコーパ目介形虫における光学信号の発達）"。
10:30より、三浦(収)君による発表。"Impact of parasites on host population dynamics: an example from the snail-trematode system in the intertidal zone （寄生虫が宿主の個体群動態に及ぼす影響： 潮間帯における巻貝−吸虫系を例として）"。
私用を済ませて、一旦自宅に立ち寄ってから青葉山。ここのところ歩き詰めで足の裏がひりひりする。
夕刻より、修論発表練習（カ）。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
藻類の拡散にまつわる空間的な離散化についてのディフェンス、まだまだまだ続き。自宅に帰って夜過ぎに、時間ステップが十分に細かく刻まれていれば、ある程度の空間的な差分化に伴う見積もり誤差は解消されている、という論調もアリかも、と思いついて文面の思案と確認のためのテスト計算。
相当短く纏めたつもりだったにもかかわらず、日本語で２ページにも及ぶ説明内容となってしまった（図を含む）。数値計算にまつわる技術的な問題に関して一通りの解説と解決を提示して、２枚で収まってるんだから御の字という気もする（これは当然Appendix行きだ）。
とはいうものの、エレガントに回避というよりは、力任せに殴り返しているような感じではある。
02月02日(Thu)
正午過ぎ、農学部キャンパス。
図書館農学部分館から借りていた本の返却。ついでに書架を見て回る。何冊か面白そうな本をぱらぱらと眺めたりしているうちに午後過ぎ。街のほうを回って青葉山まで歩き。僕にとっては結構な距離を歩いたせいで研究室についた頃にはヘロヘロになっていた。体力がない。
夕刻、発表練習(カ)。夜まで。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
藻類の拡散にまつわる空間的な離散化についてのディフェンス、まだまだ続き。あれこれアイデアを巡らせるが根本的な解決には至らず。レフリーは空間的離散化に関して、技術的な問題点について言及せよ（"some commentary on the technical issues involved needs to be added…"）といっているのだが、問題点について言及はできても、正当化も現実的な改善案も提示できそうにない。
現実的でなくても良いなら、藻類を細胞一つ一つを個体ベースモデルとして記述してしまえば万事解決する（記述自体は簡単だが計算できないだろう）。逆に言えば、それ以外に解決方法が見当たらない。困ったな。
02月01日(Wed)
最近、知り合いの間で「やわらか戦車」なるものが微妙に流行っていて、なんだろうと思ったら、「カレーパンのうた」を作ってた方の新作らしい。そういえば、その昔、これをエンドレスで聴き続けてたなあ…。
午前中、研究室⇒セミナー。
担当は飯島さんで、卒論の経過報告。グッピーの性選択形質である体色パターンに常在菌と競争者の密度が与える影響について。結果としてはあんまり芳しくないという内容なのかな。後半、山口さんの担当分は、発表者が風邪で延期。
午後、作画作業とかプログラム相談メール書きとか。ここ最近、「こんな系をモデルにしたい」とか「モデルのプログラムが上手くいかない」といったご相談を時折ではあるが頂くようになってきた。僕自身がいろんな方に頼ってきたし、今でも頼っている。こういった還元として、自分の知識や技術が他人の一助になるのは嬉しいものだ。
論文原稿改訂："Effects of CNR（略）、続き。
追加分の作図作業あれこれ。思った以上に時間ばかり掛かる。
夕刻より、マクロの方の発表練習。夜過ぎまで。